More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4999 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_1507  Radical SAM domain protein  67.3 
 
 		 591 aa  845    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4999  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 591 aa  1214    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.694875  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1899  radical SAM family protein  74.36 
 
 		 591 aa  936    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1705  Radical SAM domain protein  67.99 
 
 		 589 aa  848    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.871388  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2874  radical SAM family protein  54.8 
 
 		 605 aa  652    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.108963  normal  0.169432 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4810  radical SAM family protein  59.22 
 
 		 607 aa  695    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2490  radical SAM family protein  57.82 
 
 		 605 aa  700    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.497518  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3468  radical SAM family protein  74.74 
 
 		 592 aa  927    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.453671  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2772  Radical SAM domain protein  57.67 
 
 		 598 aa  710    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2428  radical SAM domain-containing protein  28.8 
 
 		 477 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000104661  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0831  radical SAM family protein  28.94 
 
 		 444 aa  129  1.0000000000000001e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00311604  normal  0.515432 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1178  radical SAM domain-containing protein  27.33 
 
 		 439 aa  126  1e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1994  radical SAM domain-containing protein  26.01 
 
 		 462 aa  125  2e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.725365  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3089  radical SAM domain-containing protein  26.08 
 
 		 444 aa  125  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3993  Radical SAM domain protein  28.95 
 
 		 449 aa  123  9e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0248  BchE/P-methylase family protein  30.52 
 
 		 428 aa  121  3e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  29.53 
 
 		 429 aa  121  3.9999999999999996e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0376  radical SAM domain-containing protein  29.2 
 
 		 433 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0414491  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1690  radical SAM family protein  27.75 
 
 		 428 aa  120  7e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0323  Radical SAM domain protein  27.73 
 
 		 433 aa  118  3e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.733207  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0021  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 		 445 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2205  Radical SAM domain protein  26.18 
 
 		 428 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0241  BchE/P-methylase family protein  28.28 
 
 		 430 aa  115  3e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.222091  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2351  Radical SAM domain protein  28.79 
 
 		 470 aa  115  3e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3130  Radical SAM domain protein  25.07 
 
 		 448 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3558  radical SAM domain-containing protein  27.5 
 
 		 490 aa  111  4.0000000000000004e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1806  Radical SAM domain protein  25.86 
 
 		 468 aa  110  6e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2566  radical SAM family protein  27.59 
 
 		 441 aa  109  1e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2171  radical SAM domain-containing protein  28.28 
 
 		 512 aa  109  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6080  radical SAM domain-containing protein  27.45 
 
 		 527 aa  107  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0853304  hitchhiker  0.00330735 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3135  radical SAM family Fe-S protein  28.1 
 
 		 490 aa  107  7e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.183959  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2462  radical SAM domain-containing protein  27.66 
 
 		 480 aa  107  9e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0116  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.17 
 
 		 461 aa  106  1e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2171  Radical SAM domain protein  26.42 
 
 		 509 aa  106  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1898  Radical SAM domain protein  28.69 
 
 		 459 aa  105  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1700  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  26.48 
 
 		 434 aa  105  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000292659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2273  radical SAM domain-containing protein  27.15 
 
 		 498 aa  105  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2302  Radical SAM domain protein  27.49 
 
 		 471 aa  105  3e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000207035  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2324  radical SAM domain-containing protein  27.19 
 
 		 434 aa  105  3e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1975  Radical SAM domain protein  27.18 
 
 		 468 aa  105  3e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00675749  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2204  Radical SAM domain protein  28.03 
 
 		 426 aa  105  3e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0200  radical SAM domain-containing protein  24.02 
 
 		 468 aa  104  5e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0997671  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13580  Radical SAM domain protein  26.34 
 
 		 446 aa  102  1e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0251  radical SAM domain-containing protein  25.33 
 
 		 493 aa  102  2e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  25.19 
 
 		 468 aa  102  2e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0919  radical SAM domain-containing protein  26.24 
 
 		 422 aa  102  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2118  Radical SAM domain protein  25.74 
 
 		 502 aa  102  3e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0407  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.65 
 
 		 466 aa  99.8  1e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.201202  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1598  Radical SAM domain protein  25.39 
 
 		 477 aa  98.2  4e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2731  Radical SAM domain protein  24.26 
 
 		 465 aa  98.2  4e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2599  radical SAM domain-containing protein  26.09 
 
 		 486 aa  97.8  5e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1320  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.07 
 
 		 472 aa  97.8  5e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0069427  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3848  hypothetical protein  29.33 
 
 		 532 aa  97.8  5e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0151131  normal  0.930541 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  25.84 
 
 		 441 aa  97.4  6e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0215  Radical SAM domain protein  24.14 
 
 		 483 aa  97.1  7e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2116  Radical SAM domain protein  27.1 
 
 		 475 aa  97.1  8e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000436427  normal  0.738755 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0267  Radical SAM domain protein  24.87 
 
 		 469 aa  95.9  2e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.626864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1938  Radical SAM domain protein  24.83 
 
 		 500 aa  95.9  2e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1946  radical SAM domain-containing protein  26.3 
 
 		 523 aa  95.1  3e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3182  radical SAM domain-containing protein  26.33 
 
 		 534 aa  95.1  3e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0165397  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1280  radical SAM/B12 binding domain-containing protein  27.13 
 
 		 503 aa  94.7  4e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  25.6 
 
 		 441 aa  94  6e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1459  Radical SAM domain protein  26.74 
 
 		 477 aa  94  7e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.71373  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  26.97 
 
 		 484 aa  93.6  9e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4269  Radical SAM domain protein  27.7 
 
 		 527 aa  93.6  9e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.529915  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1503  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.06 
 
 		 478 aa  93.2  1e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0448289  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2195  Radical SAM domain protein  27.54 
 
 		 471 aa  92.8  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  26.54 
 
 		 472 aa  92.8  1e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2147  Radical SAM domain protein  27.54 
 
 		 471 aa  93.2  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3842  radical SAM domain-containing protein  27.78 
 
 		 547 aa  92.4  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.18892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0838  Radical SAM domain protein  25.58 
 
 		 472 aa  92  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1718  radical SAM family protein  28.19 
 
 		 527 aa  92  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.545031  normal  0.172284 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5391  Radical SAM domain protein  26.67 
 
 		 471 aa  92  3e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0104  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.27 
 
 		 471 aa  91.7  4e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.016324  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0738  Radical SAM domain protein  33.96 
 
 		 525 aa  90.9  5e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.170027 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  27.33 
 
 		 529 aa  90.9  5e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2276  Fe-S oxidoreductase  25.2 
 
 		 553 aa  90.9  6e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0810466  normal  0.289169 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1091  radical SAM domain-containing protein  25.87 
 
 		 503 aa  90.9  6e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0346077  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2757  Radical SAM domain protein  22.38 
 
 		 462 aa  90.9  6e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1063  radical SAM domain protein  25.87 
 
 		 503 aa  90.1  9e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000246609  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2689  radical SAM family protein  28.44 
 
 		 527 aa  90.5  9e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0986  radical SAM domain-containing protein  28.2 
 
 		 600 aa  90.1  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4381  Radical SAM domain protein  26.1 
 
 		 547 aa  89.7  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.401964 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2895  cobalamin vitamin B12-binding / radical SAM protein  30.15 
 
 		 546 aa  89.7  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4012  radical SAM domain-containing protein  26.1 
 
 		 547 aa  89.7  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.809186  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1466  Radical SAM domain protein  25.3 
 
 		 467 aa  90.1  1e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0159808  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.84 
 
 		 472 aa  89.4  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0940  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.31 
 
 		 461 aa  89  2e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.481544 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2340  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.78 
 
 		 524 aa  89  2e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2140  radical SAM domain-containing protein  26.88 
 
 		 604 aa  89  3e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3580  radical SAM family protein  27.16 
 
 		 527 aa  88.6  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.161582  normal  0.666907 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2971  radical SAM family protein  26.58 
 
 		 504 aa  88.2  4e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1895  radical SAM domain-containing protein  25.65 
 
 		 476 aa  88.2  4e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4531  Radical SAM domain protein  30.26 
 
 		 533 aa  87.8  5e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.410992 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4494  Radical SAM domain protein  25.79 
 
 		 547 aa  87.8  6e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.265076  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1034  Radical SAM domain protein  24.27 
 
 		 474 aa  87.4  7e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  26.2 
 
 		 451 aa  87  9e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1424  Radical SAM domain protein  23.92 
 
 		 520 aa  87  9e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.186266 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2962  hypothetical protein  26 
 
 		 528 aa  86.7  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.770652  normal  0.353316 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2939  radical SAM domain-containing protein  28 
 
 		 521 aa  87  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.379543 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>