59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3316 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3316  RDD domain-containing protein  100 
 
 		 241 aa  471  1e-132  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38330  hypothetical protein  71.62 
 
 		 242 aa  322  4e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4021  RDD  65.27 
 
 		 241 aa  315  5e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.897049  normal  0.0584976 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56100  hypothetical protein  68.72 
 
 		 265 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4317  hypothetical protein  69.06 
 
 		 235 aa  310  1e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.409014  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4887  hypothetical protein  73.73 
 
 		 223 aa  306  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.437888  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4439  RDD  70.67 
 
 		 241 aa  274  7e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.296549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0409  RDD  49.1 
 
 		 231 aa  193  2e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3843  RDD domain containing protein  48.91 
 
 		 229 aa  171  7.999999999999999e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3447  RDD domain-containing protein  35.56 
 
 		 254 aa  111  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.492648 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3579  RDD domain containing protein  35.5 
 
 		 265 aa  109  4.0000000000000004e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000310569 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1596  RDD domain-containing protein  36.65 
 
 		 258 aa  106  4e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3744  RDD domain containing protein  32.51 
 
 		 279 aa  97.4  2e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4266  RDD domain-containing protein  32.11 
 
 		 274 aa  95.9  5e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000560964  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4809  RDD  30.43 
 
 		 261 aa  89  5e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000284972  normal  0.915687 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2503  hypothetical protein  38.89 
 
 		 264 aa  86.3  4e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3574  RDD domain containing protein  35.71 
 
 		 255 aa  84  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.737424  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5849  RDD domain-containing protein  41.21 
 
 		 316 aa  83.6  0.000000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.273522 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3753  RDD domain containing protein  36.14 
 
 		 285 aa  81.3  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4051  RDD domain containing protein  36.36 
 
 		 288 aa  77.8  0.0000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0824  RDD domain containing protein  31.49 
 
 		 590 aa  77  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0333571  normal  0.0552944 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3069  RDD domain containing protein  41.06 
 
 		 150 aa  76.6  0.0000000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1201  RDD domain-containing protein  37.58 
 
 		 269 aa  76.6  0.0000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09288  putative transmembrane protein  33.33 
 
 		 237 aa  75.9  0.0000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.875246  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1614  RDD domain-containing protein  33.53 
 
 		 323 aa  72.8  0.000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0215766 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1397  membrane protein/domain-like protein  38.64 
 
 		 343 aa  69.3  0.00000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.309206 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13726  hypothetical protein  32.21 
 
 		 310 aa  68.2  0.0000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0402342  normal  0.595615 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1836  RDD domain containing protein  36.11 
 
 		 268 aa  66.2  0.0000000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3129  RDD domain containing protein  37.23 
 
 		 304 aa  65.9  0.0000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.403499 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1333  RDD domain-containing protein  33.79 
 
 		 280 aa  65.5  0.0000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.391018 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4863  RDD domain-containing protein  33.33 
 
 		 262 aa  65.5  0.0000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.964955  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5231  RDD domain-containing protein  33.33 
 
 		 262 aa  65.5  0.0000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.435963  normal  0.746138 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4952  RDD domain-containing protein  33.33 
 
 		 262 aa  65.5  0.0000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.5334  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7601  RDD domain containing protein  36.49 
 
 		 327 aa  63.9  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.202371  normal  0.206509 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4958  RDD domain containing protein  32.84 
 
 		 231 aa  62.8  0.000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000303152 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5459  RDD domain-containing protein  33.62 
 
 		 293 aa  60.1  0.00000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.564644 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0755  RDD  34.64 
 
 		 340 aa  58.9  0.00000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.581888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3834  RDD domain containing protein  29.44 
 
 		 272 aa  57.4  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0228507 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20730  predicted membrane protein/domain  29.01 
 
 		 286 aa  56.6  0.0000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00769566  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1157  RDD domain-containing protein  44.68 
 
 		 175 aa  56.6  0.0000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1745  RDD domain containing protein  32.19 
 
 		 151 aa  55.5  0.0000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1682  RDD domain containing protein  28.38 
 
 		 241 aa  54.7  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3913  RDD domain-containing protein  35.51 
 
 		 269 aa  54.7  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0538103  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2522  RDD domain containing protein  31.91 
 
 		 272 aa  54.7  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.11329  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1271  RDD domain containing protein  36.13 
 
 		 266 aa  53.5  0.000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000317829 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4825  RDD domain containing protein  31.54 
 
 		 285 aa  53.5  0.000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2132  hypothetical protein  30.2 
 
 		 238 aa  52.8  0.000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09260  predicted membrane protein/domain protein  34.72 
 
 		 272 aa  52.8  0.000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.144214 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2334  RDD domain containing protein  42.11 
 
 		 207 aa  52.8  0.000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0232  RDD domain containing protein  26.59 
 
 		 247 aa  52  0.000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2339  RDD domain containing protein  37.14 
 
 		 282 aa  49.3  0.00006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0325969  hitchhiker  0.0000235215 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1078  RDD domain-containing protein  31.58 
 
 		 191 aa  47.8  0.0002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.30777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2233  RDD domain-containing protein  28.48 
 
 		 247 aa  44.3  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00562558  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2675  RDD domain-containing protein  29.07 
 
 		 306 aa  44.3  0.002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1405  RDD domain-containing protein  32.08 
 
 		 200 aa  43.5  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000118543  hitchhiker  0.000767347 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2968  RDD domain-containing protein  29.31 
 
 		 288 aa  43.1  0.004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0360376 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0015  RDD domain-containing protein  40.58 
 
 		 80 aa  42.7  0.006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2713  RDD domain containing protein  29.33 
 
 		 159 aa  42.4  0.007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3993  RDD domain containing protein  36.9 
 
 		 177 aa  42.4  0.007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>