62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0755 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0755  RDD  100 
 
 
340 aa  661    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.581888  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5849  RDD domain-containing protein  72.98 
 
 
316 aa  359  3e-98  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.273522 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1614  RDD domain-containing protein  46.77 
 
 
323 aa  197  2.0000000000000003e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0215766 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1397  membrane protein/domain-like protein  49.18 
 
 
343 aa  185  1.0000000000000001e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.309206 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4952  RDD domain-containing protein  45.97 
 
 
262 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.5334  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4863  RDD domain-containing protein  45.97 
 
 
262 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.964955  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5231  RDD domain-containing protein  45.97 
 
 
262 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.435963  normal  0.746138 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4051  RDD domain containing protein  47.86 
 
 
288 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7601  RDD domain containing protein  46.37 
 
 
327 aa  165  8e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.202371  normal  0.206509 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3834  RDD domain containing protein  41.04 
 
 
272 aa  160  4e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0228507 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2522  RDD domain containing protein  41.5 
 
 
272 aa  159  8e-38  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.11329  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5459  RDD domain-containing protein  43.2 
 
 
293 aa  157  3e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.564644 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13726  hypothetical protein  44.61 
 
 
310 aa  152  8e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0402342  normal  0.595615 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1201  RDD domain-containing protein  42.58 
 
 
269 aa  150  4e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1333  RDD domain-containing protein  43.27 
 
 
280 aa  145  1e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.391018 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3913  RDD domain-containing protein  42.27 
 
 
269 aa  145  1e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0538103  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1836  RDD domain containing protein  38.65 
 
 
268 aa  141  9.999999999999999e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20730  predicted membrane protein/domain  35.88 
 
 
286 aa  141  1.9999999999999998e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00769566  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2339  RDD domain containing protein  43.15 
 
 
282 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0325969  hitchhiker  0.0000235215 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3753  RDD domain containing protein  41.13 
 
 
285 aa  139  6e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09260  predicted membrane protein/domain protein  40.47 
 
 
272 aa  125  1e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.144214 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1271  RDD domain containing protein  39.37 
 
 
266 aa  122  7e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000317829 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2503  hypothetical protein  39.52 
 
 
264 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4825  RDD domain containing protein  41.91 
 
 
285 aa  118  9.999999999999999e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4809  RDD  31.65 
 
 
261 aa  79  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000284972  normal  0.915687 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3843  RDD domain containing protein  37.25 
 
 
229 aa  73.2  0.000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0824  RDD domain containing protein  35.19 
 
 
590 aa  66.6  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0333571  normal  0.0552944 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4021  RDD  36.99 
 
 
241 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.897049  normal  0.0584976 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0409  RDD  36.62 
 
 
231 aa  64.3  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4958  RDD domain containing protein  30.67 
 
 
231 aa  61.6  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000303152 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38330  hypothetical protein  34.32 
 
 
242 aa  61.2  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4317  hypothetical protein  38.29 
 
 
235 aa  62  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.409014  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2132  hypothetical protein  32.03 
 
 
238 aa  60.8  0.00000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4266  RDD domain-containing protein  30.67 
 
 
274 aa  61.2  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000560964  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0232  RDD domain containing protein  24.08 
 
 
247 aa  60.5  0.00000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3316  RDD domain-containing protein  34.64 
 
 
241 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09288  putative transmembrane protein  28.86 
 
 
237 aa  58.9  0.0000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.875246  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3447  RDD domain-containing protein  30.97 
 
 
254 aa  59.3  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.492648 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56100  hypothetical protein  32.74 
 
 
265 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4439  RDD  43.33 
 
 
241 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.296549  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3069  RDD domain containing protein  34.69 
 
 
150 aa  57.4  0.0000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3574  RDD domain containing protein  29.26 
 
 
255 aa  55.5  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.737424  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1682  RDD domain containing protein  29.49 
 
 
241 aa  55.5  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1684  hypothetical protein  67.92 
 
 
521 aa  54.7  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.308769  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1596  RDD domain-containing protein  30.23 
 
 
258 aa  54.3  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3579  RDD domain containing protein  30.67 
 
 
265 aa  53.9  0.000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000310569 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4887  hypothetical protein  41.58 
 
 
223 aa  53.1  0.000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.437888  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3078  hypothetical protein  34.04 
 
 
406 aa  47.4  0.0004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3744  RDD domain containing protein  26.43 
 
 
279 aa  45.8  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2416  hypothetical protein  28.26 
 
 
270 aa  45.8  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4017  ATP-dependent metalloprotease FtsH  48.89 
 
 
793 aa  45.4  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21570  predicted membrane protein/domain  30 
 
 
668 aa  45.1  0.002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.497077  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0015  RDD domain-containing protein  41.67 
 
 
80 aa  45.1  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1157  RDD domain-containing protein  43.66 
 
 
175 aa  45.1  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0726  RDD domain containing protein  35.21 
 
 
156 aa  44.3  0.003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2020  intracellular motility protein A  38.53 
 
 
460 aa  44.3  0.003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4626  RDD domain containing protein  26.42 
 
 
247 aa  44.7  0.003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.624916  normal  0.497258 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4871  putative transmembrane protein  47.54 
 
 
959 aa  43.9  0.004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.763378  normal  0.552077 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2713  RDD domain containing protein  27.4 
 
 
159 aa  43.5  0.005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0528  Hep_Hag family protein  40.96 
 
 
378 aa  43.1  0.006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1078  RDD domain-containing protein  23.68 
 
 
191 aa  43.1  0.006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.30777  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2675  RDD domain-containing protein  31.06 
 
 
306 aa  42.7  0.009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>