54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_3834 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_3834  RDD domain containing protein  100 
 
 
272 aa  517  1e-146  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0228507 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20730  predicted membrane protein/domain  45.19 
 
 
286 aa  210  2e-53  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00769566  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2522  RDD domain containing protein  49.42 
 
 
272 aa  203  2e-51  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.11329  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1836  RDD domain containing protein  44.31 
 
 
268 aa  195  5.000000000000001e-49  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1201  RDD domain-containing protein  45.63 
 
 
269 aa  191  9e-48  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1271  RDD domain containing protein  44.66 
 
 
266 aa  186  5e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000317829 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4863  RDD domain-containing protein  45.9 
 
 
262 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.964955  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4952  RDD domain-containing protein  45.9 
 
 
262 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.5334  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5231  RDD domain-containing protein  45.9 
 
 
262 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.435963  normal  0.746138 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2339  RDD domain containing protein  49.58 
 
 
282 aa  176  5e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0325969  hitchhiker  0.0000235215 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09260  predicted membrane protein/domain protein  49.59 
 
 
272 aa  174  9e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.144214 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5459  RDD domain-containing protein  45.34 
 
 
293 aa  174  9.999999999999999e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.564644 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4051  RDD domain containing protein  45.96 
 
 
288 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1397  membrane protein/domain-like protein  45.12 
 
 
343 aa  172  3.9999999999999995e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.309206 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2503  hypothetical protein  46.19 
 
 
264 aa  169  5e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3753  RDD domain containing protein  44 
 
 
285 aa  168  7e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3913  RDD domain-containing protein  44.86 
 
 
269 aa  165  8e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0538103  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13726  hypothetical protein  44.08 
 
 
310 aa  165  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0402342  normal  0.595615 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1333  RDD domain-containing protein  43.5 
 
 
280 aa  162  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.391018 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5849  RDD domain-containing protein  41.3 
 
 
316 aa  157  2e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.273522 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1614  RDD domain-containing protein  41.89 
 
 
323 aa  153  4e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0215766 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7601  RDD domain containing protein  40.32 
 
 
327 aa  150  2e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.202371  normal  0.206509 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0755  RDD  41.04 
 
 
340 aa  145  1e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.581888  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4825  RDD domain containing protein  41.71 
 
 
285 aa  128  9.000000000000001e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4266  RDD domain-containing protein  29.83 
 
 
274 aa  81.6  0.00000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000560964  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1596  RDD domain-containing protein  28.36 
 
 
258 aa  80.1  0.00000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3447  RDD domain-containing protein  27.6 
 
 
254 aa  73.2  0.000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.492648 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4809  RDD  26.67 
 
 
261 aa  70.9  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000284972  normal  0.915687 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3579  RDD domain containing protein  28.45 
 
 
265 aa  66.2  0.0000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000310569 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2132  hypothetical protein  30.82 
 
 
238 aa  63.9  0.000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09288  putative transmembrane protein  30 
 
 
237 aa  64.3  0.000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.875246  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4021  RDD  32.6 
 
 
241 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.897049  normal  0.0584976 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4317  hypothetical protein  34.83 
 
 
235 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.409014  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3843  RDD domain containing protein  35.26 
 
 
229 aa  61.2  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56100  hypothetical protein  28.1 
 
 
265 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4958  RDD domain containing protein  34.57 
 
 
231 aa  60.1  0.00000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000303152 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3574  RDD domain containing protein  28.08 
 
 
255 aa  58.5  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.737424  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1247  RDD domain containing protein  33.33 
 
 
137 aa  55.8  0.0000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4887  hypothetical protein  28.99 
 
 
223 aa  55.8  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.437888  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38330  hypothetical protein  30.57 
 
 
242 aa  55.8  0.0000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0824  RDD domain containing protein  25.13 
 
 
590 aa  55.5  0.0000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0333571  normal  0.0552944 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3316  RDD domain-containing protein  29.41 
 
 
241 aa  55.5  0.0000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0409  RDD  35.96 
 
 
231 aa  53.5  0.000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1157  RDD domain-containing protein  38.35 
 
 
175 aa  51.6  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0015  RDD domain-containing protein  38.96 
 
 
80 aa  51.2  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4439  RDD  30.2 
 
 
241 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.296549  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3069  RDD domain containing protein  31.25 
 
 
150 aa  50.1  0.00004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1701  RDD domain containing protein  32.14 
 
 
162 aa  49.3  0.00006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.0000000482282  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0371  RDD domain containing protein  33.8 
 
 
135 aa  49.7  0.00006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0232  RDD domain containing protein  22.94 
 
 
247 aa  47  0.0004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1682  RDD domain containing protein  27.27 
 
 
241 aa  46.6  0.0005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3744  RDD domain containing protein  25.96 
 
 
279 aa  46.6  0.0005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2713  RDD domain containing protein  29.79 
 
 
159 aa  44.7  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5436  RDD domain containing protein  34.03 
 
 
214 aa  43.9  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.939168  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>