21 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3993 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_3993  RDD domain containing protein  100 
 
 		 177 aa  340  7e-93  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0232  RDD domain containing protein  32.59 
 
 		 247 aa  66.2  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09288  putative transmembrane protein  39 
 
 		 237 aa  62.4  0.000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.875246  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4958  RDD domain containing protein  39.39 
 
 		 231 aa  58.2  0.00000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000303152 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2132  hypothetical protein  38.67 
 
 		 238 aa  57.8  0.00000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1682  RDD domain containing protein  35.8 
 
 		 241 aa  57.4  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0015  RDD domain-containing protein  42.67 
 
 		 80 aa  50.4  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0798  hypothetical protein  33.78 
 
 		 170 aa  45.8  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2233  RDD domain-containing protein  44.78 
 
 		 247 aa  45.8  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00562558  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0824  RDD domain containing protein  44 
 
 		 590 aa  45.8  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0333571  normal  0.0552944 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1157  RDD domain-containing protein  37.23 
 
 		 175 aa  44.7  0.0007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4809  RDD  39.53 
 
 		 261 aa  43.9  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000284972  normal  0.915687 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4021  RDD  33.61 
 
 		 241 aa  43.1  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.897049  normal  0.0584976 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3316  RDD domain-containing protein  36.9 
 
 		 241 aa  42.4  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38330  hypothetical protein  34.02 
 
 		 242 aa  42  0.005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56100  hypothetical protein  34.83 
 
 		 265 aa  42  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0409  RDD  39.74 
 
 		 231 aa  41.6  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4887  hypothetical protein  35.96 
 
 		 223 aa  41.6  0.006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.437888  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1061  RDD domain containing protein  31.54 
 
 		 211 aa  41.6  0.007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1405  RDD domain-containing protein  42.25 
 
 		 200 aa  41.2  0.008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000118543  hitchhiker  0.000767347 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0170  RDD domain-containing protein  23.33 
 
 		 145 aa  40.8  0.01  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.00000000534855  decreased coverage  0.00967799 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>