50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3744 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_3744  RDD domain containing protein  100 
 
 
279 aa  569  1e-161  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1596  RDD domain-containing protein  34.23 
 
 
258 aa  114  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4266  RDD domain-containing protein  32.79 
 
 
274 aa  105  9e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000560964  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3447  RDD domain-containing protein  31.25 
 
 
254 aa  105  9e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.492648 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0409  RDD  33.78 
 
 
231 aa  103  3e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4021  RDD  30.67 
 
 
241 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.897049  normal  0.0584976 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3579  RDD domain containing protein  30.48 
 
 
265 aa  93.6  3e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000310569 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4317  hypothetical protein  30.43 
 
 
235 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.409014  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56100  hypothetical protein  32.05 
 
 
265 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3316  RDD domain-containing protein  35.67 
 
 
241 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4887  hypothetical protein  33.63 
 
 
223 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.437888  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38330  hypothetical protein  31.11 
 
 
242 aa  87.4  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3843  RDD domain containing protein  31.33 
 
 
229 aa  87  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3574  RDD domain containing protein  34.66 
 
 
255 aa  85.9  7e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.737424  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4439  RDD  29.18 
 
 
241 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.296549  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09288  putative transmembrane protein  25.77 
 
 
237 aa  69.3  0.00000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.875246  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0824  RDD domain containing protein  28.57 
 
 
590 aa  67.8  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0333571  normal  0.0552944 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0232  RDD domain containing protein  26.38 
 
 
247 aa  66.2  0.0000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3129  RDD domain containing protein  31.11 
 
 
304 aa  63.5  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.403499 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4809  RDD  27.76 
 
 
261 aa  63.5  0.000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000284972  normal  0.915687 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2675  RDD domain-containing protein  32.95 
 
 
306 aa  60.5  0.00000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3753  RDD domain containing protein  28.99 
 
 
285 aa  58.9  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3069  RDD domain containing protein  34.41 
 
 
150 aa  55.8  0.0000008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1745  RDD domain containing protein  29.94 
 
 
151 aa  55.8  0.0000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4958  RDD domain containing protein  31.36 
 
 
231 aa  55.1  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000303152 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4051  RDD domain containing protein  31.01 
 
 
288 aa  55.1  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1682  RDD domain containing protein  29.65 
 
 
241 aa  54.7  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2132  hypothetical protein  26.83 
 
 
238 aa  53.1  0.000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5459  RDD domain-containing protein  29.73 
 
 
293 aa  52.8  0.000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.564644 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1836  RDD domain containing protein  25.46 
 
 
268 aa  52.8  0.000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5849  RDD domain-containing protein  28.12 
 
 
316 aa  51.6  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.273522 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1157  RDD domain-containing protein  31.96 
 
 
175 aa  50.1  0.00004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13726  hypothetical protein  25.86 
 
 
310 aa  49.7  0.00005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0402342  normal  0.595615 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2522  RDD domain containing protein  27.62 
 
 
272 aa  48.5  0.0001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.11329  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1614  RDD domain-containing protein  27.12 
 
 
323 aa  48.1  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0215766 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1397  membrane protein/domain-like protein  27.54 
 
 
343 aa  47.8  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.309206 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1333  RDD domain-containing protein  25.33 
 
 
280 aa  47  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.391018 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0461  RDD  23.78 
 
 
323 aa  47  0.0004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.253425  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20730  predicted membrane protein/domain  27.95 
 
 
286 aa  46.6  0.0004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00769566  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4863  RDD domain-containing protein  24.89 
 
 
262 aa  46.6  0.0004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.964955  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4952  RDD domain-containing protein  24.89 
 
 
262 aa  46.6  0.0004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.5334  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5231  RDD domain-containing protein  24.89 
 
 
262 aa  46.6  0.0004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.435963  normal  0.746138 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2503  hypothetical protein  27.85 
 
 
264 aa  46.6  0.0005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3834  RDD domain containing protein  25.96 
 
 
272 aa  46.6  0.0005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0228507 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0755  RDD  26.22 
 
 
340 aa  45.8  0.0008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.581888  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2233  RDD domain-containing protein  27.19 
 
 
247 aa  45.1  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00562558  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1201  RDD domain-containing protein  25.4 
 
 
269 aa  44.3  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3913  RDD domain-containing protein  30.68 
 
 
269 aa  44.7  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0538103  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4825  RDD domain containing protein  25.87 
 
 
285 aa  43.5  0.003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2334  RDD domain containing protein  31.17 
 
 
207 aa  42.4  0.009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>