64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_4021 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_4021  RDD  100 
 
 
241 aa  477  1e-134  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.897049  normal  0.0584976 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4317  hypothetical protein  83.26 
 
 
235 aa  395  1e-109  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.409014  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3316  RDD domain-containing protein  65.27 
 
 
241 aa  295  3e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38330  hypothetical protein  64.73 
 
 
242 aa  286  2e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4439  RDD  65.25 
 
 
241 aa  275  5e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.296549  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56100  hypothetical protein  59.18 
 
 
265 aa  269  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4887  hypothetical protein  62.67 
 
 
223 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.437888  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0409  RDD  47.75 
 
 
231 aa  195  4.0000000000000005e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3843  RDD domain containing protein  45.54 
 
 
229 aa  156  3e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3579  RDD domain containing protein  42.07 
 
 
265 aa  115  5e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000310569 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3447  RDD domain-containing protein  44.22 
 
 
254 aa  108  9.000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.492648 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1596  RDD domain-containing protein  44.22 
 
 
258 aa  107  2e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3574  RDD domain containing protein  42.24 
 
 
255 aa  98.2  1e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.737424  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3744  RDD domain containing protein  30.67 
 
 
279 aa  94.7  1e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4266  RDD domain-containing protein  37.5 
 
 
274 aa  92  7e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000560964  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4809  RDD  35.59 
 
 
261 aa  92  8e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000284972  normal  0.915687 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0824  RDD domain containing protein  33.33 
 
 
590 aa  86.3  4e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0333571  normal  0.0552944 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2503  hypothetical protein  40.41 
 
 
264 aa  84.7  0.000000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1614  RDD domain-containing protein  35.91 
 
 
323 aa  80.5  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0215766 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09288  putative transmembrane protein  35.06 
 
 
237 aa  74.3  0.000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.875246  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4051  RDD domain containing protein  34.64 
 
 
288 aa  75.1  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3069  RDD domain containing protein  36.99 
 
 
150 aa  74.7  0.000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1397  membrane protein/domain-like protein  34.55 
 
 
343 aa  73.2  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.309206 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5849  RDD domain-containing protein  36.21 
 
 
316 aa  72.4  0.000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.273522 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3753  RDD domain containing protein  28.96 
 
 
285 aa  69.3  0.00000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5231  RDD domain-containing protein  39.83 
 
 
262 aa  68.2  0.0000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.435963  normal  0.746138 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4952  RDD domain-containing protein  39.83 
 
 
262 aa  68.2  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.5334  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4863  RDD domain-containing protein  39.83 
 
 
262 aa  68.2  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.964955  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1201  RDD domain-containing protein  33.53 
 
 
269 aa  67.8  0.0000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0755  RDD  36.99 
 
 
340 aa  66.2  0.0000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.581888  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3129  RDD domain containing protein  37.61 
 
 
304 aa  64.7  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.403499 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1836  RDD domain containing protein  30.67 
 
 
268 aa  65.1  0.000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5459  RDD domain-containing protein  35.83 
 
 
293 aa  65.1  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.564644 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3834  RDD domain containing protein  32.6 
 
 
272 aa  63.2  0.000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0228507 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7601  RDD domain containing protein  34.46 
 
 
327 aa  62  0.000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.202371  normal  0.206509 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2132  hypothetical protein  32.41 
 
 
238 aa  59.7  0.00000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1682  RDD domain containing protein  29.22 
 
 
241 aa  59.7  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1333  RDD domain-containing protein  33.79 
 
 
280 aa  59.3  0.00000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.391018 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13726  hypothetical protein  33.33 
 
 
310 aa  58.5  0.0000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0402342  normal  0.595615 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2522  RDD domain containing protein  40.79 
 
 
272 aa  56.6  0.0000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.11329  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0232  RDD domain containing protein  31.61 
 
 
247 aa  57  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1157  RDD domain-containing protein  41.11 
 
 
175 aa  56.2  0.0000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20730  predicted membrane protein/domain  29.65 
 
 
286 aa  55.8  0.0000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00769566  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1271  RDD domain containing protein  34.1 
 
 
266 aa  55.5  0.0000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000317829 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2334  RDD domain containing protein  40.59 
 
 
207 aa  53.9  0.000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0461  RDD  30.41 
 
 
323 aa  53.9  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.253425  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1745  RDD domain containing protein  42.65 
 
 
151 aa  52.4  0.000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3913  RDD domain-containing protein  36.67 
 
 
269 aa  52  0.000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0538103  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1405  RDD domain-containing protein  41.77 
 
 
200 aa  51.2  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000118543  hitchhiker  0.000767347 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2968  RDD domain-containing protein  29.71 
 
 
288 aa  51.6  0.00001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0360376 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2339  RDD domain containing protein  33.81 
 
 
282 aa  51.2  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0325969  hitchhiker  0.0000235215 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2675  RDD domain-containing protein  33.72 
 
 
306 aa  50.1  0.00003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4825  RDD domain containing protein  30.86 
 
 
285 aa  47.4  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4958  RDD domain containing protein  31.47 
 
 
231 aa  47.8  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000303152 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1175  RDD domain-containing protein  32.08 
 
 
166 aa  43.9  0.002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2713  RDD domain containing protein  29.19 
 
 
159 aa  43.9  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1078  RDD domain-containing protein  36.08 
 
 
191 aa  43.5  0.003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.30777  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3078  hypothetical protein  30.18 
 
 
406 aa  43.9  0.003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3993  RDD domain containing protein  33.61 
 
 
177 aa  43.1  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09260  predicted membrane protein/domain protein  38.57 
 
 
272 aa  42.7  0.004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.144214 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1940  RDD domain-containing protein  27.59 
 
 
246 aa  43.1  0.004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000546955  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1145  hypothetical protein  32.08 
 
 
166 aa  42.7  0.005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0015  RDD domain-containing protein  44.93 
 
 
80 aa  42.7  0.005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2514  RDD domain-containing protein  36.36 
 
 
453 aa  42.4  0.007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>