80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3137 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3137  maltoporin  100 
 
 		 423 aa  873    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0559098  normal  0.0102829 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0309  maltoporin  48.02 
 
 		 423 aa  394  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.288969  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3911  maltoporin  48.02 
 
 		 423 aa  394  1e-108  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.714195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0381  maltoporin  48.02 
 
 		 423 aa  394  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5517  maltoporin  45.2 
 
 		 446 aa  379  1e-104  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.338652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4488  maltoporin  45.34 
 
 		 452 aa  378  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4276  maltoporin  45.2 
 
 		 446 aa  379  1e-104  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4588  maltoporin  45.2 
 
 		 446 aa  379  1e-104  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4469  maltoporin  47.84 
 
 		 434 aa  381  1e-104  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.46123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0254  maltoporin  48.03 
 
 		 456 aa  380  1e-104  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3993  maltoporin  45.2 
 
 		 446 aa  379  1e-104  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.571058 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4498  maltoporin  44.76 
 
 		 446 aa  375  1e-103  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03908  maltoporin precursor  44.76 
 
 		 446 aa  376  1e-103  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4574  maltoporin  45.12 
 
 		 452 aa  376  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0364773 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4573  maltoporin  45.12 
 
 		 452 aa  377  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.254819  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4423  maltoporin  45.12 
 
 		 452 aa  376  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000179955 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4625  maltoporin  45.34 
 
 		 452 aa  377  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.121289 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03868  hypothetical protein  44.76 
 
 		 446 aa  376  1e-103  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3959  porin LamB type  44.76 
 
 		 446 aa  376  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0241  maltoporin  44.98 
 
 		 444 aa  364  1e-99  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001084  maltoporin  41.43 
 
 		 423 aa  269  5.9999999999999995e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.62709  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04821  maltoporin  40.6 
 
 		 447 aa  256  8e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4132  porin, LamB type  38.43 
 
 		 463 aa  233  4.0000000000000004e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5152  porin LamB type  36.45 
 
 		 416 aa  232  8.000000000000001e-60  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.430452  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4285  porin LamB type  37.73 
 
 		 441 aa  230  4e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4263  porin LamB type  37.2 
 
 		 468 aa  226  6e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0213  maltoporin  35.57 
 
 		 416 aa  208  1e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00663461  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22010  LamB type porin  35.38 
 
 		 380 aa  208  2e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.791841  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0457  porin, LamB type  33.33 
 
 		 531 aa  206  7e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.467074 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27200  LamB type porin  32.95 
 
 		 412 aa  206  9e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0178962  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1154  porin, LamB type  36.12 
 
 		 411 aa  204  3e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.193768  normal  0.463073 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2955  maltoporin  34.97 
 
 		 435 aa  204  3e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.970035  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3356  maltoporin  33.33 
 
 		 419 aa  203  4e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0975  maltoporin  33.1 
 
 		 419 aa  201  9.999999999999999e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1323  maltoporin  33.86 
 
 		 435 aa  201  9.999999999999999e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0920  maltoporin  33.1 
 
 		 419 aa  201  9.999999999999999e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51390  LamB type porin  33.79 
 
 		 412 aa  201  1.9999999999999998e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50270  LamB type porin  33.73 
 
 		 413 aa  199  9e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1282  maltoporin  33.78 
 
 		 423 aa  199  1.0000000000000001e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09190  LamB type porin  33.26 
 
 		 411 aa  187  4e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0328705  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50210  LamB type porin  34.38 
 
 		 410 aa  185  1.0000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.250171  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26940  LamB type porin  33.74 
 
 		 424 aa  181  2.9999999999999997e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.453855  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16650  LamB type porin  33.5 
 
 		 424 aa  179  7e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.628655  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33610  LamB type porin  31.42 
 
 		 407 aa  173  5.999999999999999e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6198  porin LamB type  30.38 
 
 		 445 aa  160  5e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0268727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0760  porin LamB type  26.48 
 
 		 540 aa  107  3e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.44731  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0350  porin LamB type  27.85 
 
 		 511 aa  100  5e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.672249  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3756  porin LamB type  28.15 
 
 		 538 aa  97.1  6e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0380817  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2437  porin LamB type  24.24 
 
 		 545 aa  93.6  5e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.589746  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2740  porin LamB type  25.23 
 
 		 518 aa  91.7  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.164999  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0394  porin LamB type  26.44 
 
 		 519 aa  89.4  1e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.215814  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2020  porin, LamB type  25.87 
 
 		 505 aa  87.8  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0033188  normal  0.185389 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3593  porin LamB type  27.09 
 
 		 539 aa  87.4  4e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.556224  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000601  maltoporin  26.56 
 
 		 479 aa  87  6e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00907071  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06946  hypothetical protein  25.86 
 
 		 432 aa  84  0.000000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0709  maltoporin precursor (outer membrane protein S)  27.81 
 
 		 425 aa  84  0.000000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1636  glucoside specific outer membrane porin BglH  27.21 
 
 		 557 aa  82.4  0.00000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1736  glucoside specific outer membrane porin BglH-like protein  26.76 
 
 		 557 aa  80.9  0.00000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3690  maltoporin precursor  27.07 
 
 		 395 aa  79  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2906  sucrose porin ScrY  26.1 
 
 		 505 aa  77  0.0000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00076782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0257  porin, LamB type  26.59 
 
 		 504 aa  76.6  0.0000000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51790  sucrose porin  26.68 
 
 		 539 aa  76.3  0.0000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.892988  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3435  porin LamB type  26.49 
 
 		 550 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0966151  hitchhiker  0.0055401 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4229  glucoside specific outer membrane porin BglH  24.6 
 
 		 538 aa  74.3  0.000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03548  hypothetical protein  23.79 
 
 		 538 aa  73.6  0.000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03604  carbohydrate-specific outer membrane porin, cryptic  23.79 
 
 		 538 aa  73.6  0.000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4274  porin LamB type  23.72 
 
 		 538 aa  73.2  0.000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4247  porin LamB type  23.72 
 
 		 538 aa  73.2  0.000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3934  glucoside specific outer membrane porin BglH  23.72 
 
 		 538 aa  73.2  0.000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.551157  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1706  porin LamB type  24.36 
 
 		 532 aa  72  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.973394  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1669  porin LamB type  25.64 
 
 		 532 aa  70.9  0.00000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51510  sucrose porin  26.98 
 
 		 535 aa  70.1  0.00000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05328  porin transmembrane protein  25.57 
 
 		 414 aa  70.1  0.00000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.245127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1781  maltoporin precursor  26.23 
 
 		 395 aa  70.1  0.00000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.488444  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1821  putative maltoporin  25.24 
 
 		 459 aa  68.2  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.140784  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0034  putative maltoporin  23.39 
 
 		 461 aa  67.8  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.3843  normal  0.238888 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2105  putative maltoporin  25 
 
 		 459 aa  64.7  0.000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.301881  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0890  sucrose porin precursor  25.5 
 
 		 540 aa  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0763  porin, LamB type  24.12 
 
 		 525 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00125923  normal  0.916374 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0553  maltoporin  25.71 
 
 		 450 aa  48.9  0.0002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>