53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2437 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2437  porin LamB type  100 
 
 		 545 aa  1123    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.589746  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1706  porin LamB type  59.24 
 
 		 532 aa  624  1e-177  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.973394  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1669  porin LamB type  56.74 
 
 		 532 aa  605  9.999999999999999e-173  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2740  porin LamB type  52.49 
 
 		 518 aa  569  1e-161  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.164999  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4274  porin LamB type  51.63 
 
 		 538 aa  555  1e-157  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4247  porin LamB type  51.63 
 
 		 538 aa  555  1e-157  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3934  glucoside specific outer membrane porin BglH  51.63 
 
 		 538 aa  555  1e-157  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.551157  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03604  carbohydrate-specific outer membrane porin, cryptic  51.45 
 
 		 538 aa  551  1e-156  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03548  hypothetical protein  51.45 
 
 		 538 aa  551  1e-156  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4229  glucoside specific outer membrane porin BglH  51.45 
 
 		 538 aa  551  1e-156  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1736  glucoside specific outer membrane porin BglH-like protein  50.81 
 
 		 557 aa  546  1e-154  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1636  glucoside specific outer membrane porin BglH  50.63 
 
 		 557 aa  544  1e-153  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0760  porin LamB type  45.47 
 
 		 540 aa  438  1e-121  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.44731  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1323  maltoporin  27.27 
 
 		 435 aa  145  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2955  maltoporin  27.67 
 
 		 435 aa  144  5e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.970035  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001084  maltoporin  27.61 
 
 		 423 aa  132  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.62709  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0213  maltoporin  27.84 
 
 		 416 aa  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00663461  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1282  maltoporin  26.79 
 
 		 423 aa  120  6e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3356  maltoporin  28.74 
 
 		 419 aa  118  1.9999999999999998e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0920  maltoporin  28.1 
 
 		 419 aa  117  5e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0975  maltoporin  28.1 
 
 		 419 aa  117  5e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04821  maltoporin  25.61 
 
 		 447 aa  108  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03868  hypothetical protein  24.54 
 
 		 446 aa  96.7  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5517  maltoporin  24.12 
 
 		 446 aa  96.3  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.338652  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4498  maltoporin  24.12 
 
 		 446 aa  96.7  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3993  maltoporin  24.12 
 
 		 446 aa  96.7  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.571058 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03908  maltoporin precursor  24.54 
 
 		 446 aa  96.7  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3959  porin LamB type  24.54 
 
 		 446 aa  96.7  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4276  maltoporin  24.12 
 
 		 446 aa  96.7  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4588  maltoporin  24.12 
 
 		 446 aa  96.7  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0241  maltoporin  25.33 
 
 		 444 aa  95.9  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3137  maltoporin  24.24 
 
 		 423 aa  93.2  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0559098  normal  0.0102829 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4469  maltoporin  25.72 
 
 		 434 aa  88.6  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.46123  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4488  maltoporin  24.09 
 
 		 452 aa  81.3  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4625  maltoporin  24.09 
 
 		 452 aa  81.3  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.121289 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4573  maltoporin  24.09 
 
 		 452 aa  80.9  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.254819  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4574  maltoporin  24.09 
 
 		 452 aa  80.9  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0364773 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4423  maltoporin  24.09 
 
 		 452 aa  80.9  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000179955 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0381  maltoporin  23.67 
 
 		 423 aa  77.8  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0309  maltoporin  23.67 
 
 		 423 aa  77.8  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.288969  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3911  maltoporin  23.67 
 
 		 423 aa  77.8  0.0000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.714195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1666  porin, LamB family  56.86 
 
 		 51 aa  71.6  0.00000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0254  maltoporin  22.47 
 
 		 456 aa  61.6  0.00000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0709  maltoporin precursor (outer membrane protein S)  22.92 
 
 		 425 aa  54.7  0.000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0257  porin, LamB type  23.68 
 
 		 504 aa  49.7  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51790  sucrose porin  22.87 
 
 		 539 aa  46.6  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.892988  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06946  hypothetical protein  22.38 
 
 		 432 aa  46.6  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2933  putative glycoporin  26.17 
 
 		 456 aa  47  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0271208  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2999  putative glycoporin  26.17 
 
 		 456 aa  46.2  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.419579  hitchhiker  0.000157267 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3016  putative glycoporin  26.17 
 
 		 456 aa  45.4  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000112246 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2105  putative maltoporin  23.55 
 
 		 459 aa  45.1  0.004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.301881  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1821  putative maltoporin  23.16 
 
 		 459 aa  44.3  0.006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.140784  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4263  porin LamB type  23.27 
 
 		 468 aa  43.5  0.01  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>