53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1821 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_2105  putative maltoporin  96.51 
 
 		 459 aa  930    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.301881  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1821  putative maltoporin  100 
 
 		 459 aa  956    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.140784  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0034  putative maltoporin  73.91 
 
 		 461 aa  732    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.3843  normal  0.238888 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0709  maltoporin precursor (outer membrane protein S)  47.79 
 
 		 425 aa  409  1e-113  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06946  hypothetical protein  46.74 
 
 		 432 aa  381  1e-104  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3911  maltoporin  25.65 
 
 		 423 aa  91.7  3e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.714195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0381  maltoporin  25.65 
 
 		 423 aa  91.7  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0309  maltoporin  25.65 
 
 		 423 aa  91.7  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.288969  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4469  maltoporin  27.2 
 
 		 434 aa  90.5  5e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.46123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0254  maltoporin  25.13 
 
 		 456 aa  87  7e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4574  maltoporin  23.66 
 
 		 452 aa  82.4  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0364773 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4573  maltoporin  23.94 
 
 		 452 aa  82  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.254819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04821  maltoporin  25.52 
 
 		 447 aa  82.4  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4423  maltoporin  23.66 
 
 		 452 aa  82.4  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000179955 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001084  maltoporin  26.23 
 
 		 423 aa  81.3  0.00000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.62709  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0241  maltoporin  24.2 
 
 		 444 aa  80.9  0.00000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4625  maltoporin  23.44 
 
 		 452 aa  80.5  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.121289 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4488  maltoporin  23.71 
 
 		 452 aa  80.1  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1323  maltoporin  26.29 
 
 		 435 aa  80.1  0.00000000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2955  maltoporin  25.82 
 
 		 435 aa  77.8  0.0000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.970035  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4498  maltoporin  23.57 
 
 		 446 aa  76.6  0.0000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5517  maltoporin  23.47 
 
 		 446 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.338652  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03868  hypothetical protein  23.47 
 
 		 446 aa  75.5  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3993  maltoporin  23.47 
 
 		 446 aa  75.5  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.571058 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03908  maltoporin precursor  23.47 
 
 		 446 aa  75.5  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4588  maltoporin  23.47 
 
 		 446 aa  75.5  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4276  maltoporin  23.47 
 
 		 446 aa  75.5  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0213  maltoporin  25.56 
 
 		 416 aa  75.1  0.000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00663461  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3959  porin LamB type  23.47 
 
 		 446 aa  75.5  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3137  maltoporin  25.24 
 
 		 423 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0559098  normal  0.0102829 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0457  porin, LamB type  23.68 
 
 		 531 aa  64.7  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.467074 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1781  maltoporin precursor  34.72 
 
 		 395 aa  60.1  0.00000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.488444  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0760  porin LamB type  24.07 
 
 		 540 aa  59.3  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.44731  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3690  maltoporin precursor  35.62 
 
 		 395 aa  56.2  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4229  glucoside specific outer membrane porin BglH  24.04 
 
 		 538 aa  55.5  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1282  maltoporin  27.78 
 
 		 423 aa  54.7  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5152  porin LamB type  30.56 
 
 		 416 aa  55.1  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.430452  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4247  porin LamB type  23.76 
 
 		 538 aa  53.1  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3934  glucoside specific outer membrane porin BglH  23.76 
 
 		 538 aa  53.1  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.551157  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4274  porin LamB type  23.76 
 
 		 538 aa  53.1  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03604  carbohydrate-specific outer membrane porin, cryptic  23.53 
 
 		 538 aa  50.8  0.00004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03548  hypothetical protein  23.53 
 
 		 538 aa  50.8  0.00004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1706  porin LamB type  22.36 
 
 		 532 aa  50.8  0.00004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.973394  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1669  porin LamB type  22.55 
 
 		 532 aa  49.3  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6198  porin LamB type  22.15 
 
 		 445 aa  49.3  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0268727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2740  porin LamB type  22.82 
 
 		 518 aa  47.4  0.0005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.164999  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3356  maltoporin  24.77 
 
 		 419 aa  47.4  0.0006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0920  maltoporin  24.77 
 
 		 419 aa  47.4  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0975  maltoporin  24.77 
 
 		 419 aa  47.4  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05328  porin transmembrane protein  29.33 
 
 		 414 aa  46.6  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.245127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1154  porin, LamB type  28.67 
 
 		 411 aa  46.2  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.193768  normal  0.463073 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2437  porin LamB type  23.16 
 
 		 545 aa  43.9  0.006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.589746  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09190  LamB type porin  22.61 
 
 		 411 aa  43.1  0.01  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0328705  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>