78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2955 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_1323  maltoporin  87.82 
 
 		 435 aa  800    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2955  maltoporin  100 
 
 		 435 aa  901    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.970035  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1282  maltoporin  54.18 
 
 		 423 aa  448  1e-125  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0920  maltoporin  52.73 
 
 		 419 aa  445  1.0000000000000001e-124  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3356  maltoporin  52.95 
 
 		 419 aa  446  1.0000000000000001e-124  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0975  maltoporin  52.73 
 
 		 419 aa  445  1.0000000000000001e-124  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001084  maltoporin  46.3 
 
 		 423 aa  322  9.000000000000001e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.62709  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04821  maltoporin  44.67 
 
 		 447 aa  306  5.0000000000000004e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3137  maltoporin  34.97 
 
 		 423 aa  204  3e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0559098  normal  0.0102829 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0381  maltoporin  33.11 
 
 		 423 aa  188  1e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3911  maltoporin  33.11 
 
 		 423 aa  188  1e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.714195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0309  maltoporin  33.11 
 
 		 423 aa  188  1e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.288969  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4469  maltoporin  33.05 
 
 		 434 aa  186  9e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.46123  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4488  maltoporin  31.94 
 
 		 452 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4423  maltoporin  31.94 
 
 		 452 aa  184  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000179955 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4574  maltoporin  31.94 
 
 		 452 aa  184  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0364773 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4625  maltoporin  31.94 
 
 		 452 aa  184  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.121289 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4573  maltoporin  31.94 
 
 		 452 aa  184  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.254819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0241  maltoporin  31.63 
 
 		 444 aa  181  2.9999999999999997e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4498  maltoporin  32.13 
 
 		 446 aa  177  3e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03908  maltoporin precursor  32.36 
 
 		 446 aa  176  8e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03868  hypothetical protein  32.36 
 
 		 446 aa  176  8e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3959  porin LamB type  32.36 
 
 		 446 aa  176  8e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5517  maltoporin  31.91 
 
 		 446 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.338652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4276  maltoporin  31.91 
 
 		 446 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3993  maltoporin  31.91 
 
 		 446 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.571058 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4588  maltoporin  31.91 
 
 		 446 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0254  maltoporin  28.9 
 
 		 456 aa  162  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0760  porin LamB type  29.34 
 
 		 540 aa  162  1e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.44731  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0213  maltoporin  29.35 
 
 		 416 aa  157  2e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00663461  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1736  glucoside specific outer membrane porin BglH-like protein  28.87 
 
 		 557 aa  146  6e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1669  porin LamB type  27.8 
 
 		 532 aa  146  6e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1636  glucoside specific outer membrane porin BglH  28.87 
 
 		 557 aa  145  1e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2437  porin LamB type  27.67 
 
 		 545 aa  144  4e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.589746  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1706  porin LamB type  27.27 
 
 		 532 aa  144  4e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.973394  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2740  porin LamB type  27.02 
 
 		 518 aa  135  9.999999999999999e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.164999  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4229  glucoside specific outer membrane porin BglH  27.15 
 
 		 538 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4247  porin LamB type  26.91 
 
 		 538 aa  133  5e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4274  porin LamB type  26.91 
 
 		 538 aa  133  5e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3934  glucoside specific outer membrane porin BglH  26.91 
 
 		 538 aa  133  5e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.551157  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03604  carbohydrate-specific outer membrane porin, cryptic  26.45 
 
 		 538 aa  133  6.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03548  hypothetical protein  26.45 
 
 		 538 aa  133  6.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4285  porin LamB type  30.08 
 
 		 441 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4132  porin, LamB type  28.23 
 
 		 463 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1154  porin, LamB type  26.43 
 
 		 411 aa  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.193768  normal  0.463073 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4263  porin LamB type  27.71 
 
 		 468 aa  112  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22010  LamB type porin  28.11 
 
 		 380 aa  99.4  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.791841  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27200  LamB type porin  27.1 
 
 		 412 aa  96.3  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0178962  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51390  LamB type porin  26.45 
 
 		 412 aa  92  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5152  porin LamB type  24.28 
 
 		 416 aa  91.7  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.430452  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09190  LamB type porin  26.46 
 
 		 411 aa  89.7  9e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0328705  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26940  LamB type porin  27.05 
 
 		 424 aa  89  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.453855  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16650  LamB type porin  27.05 
 
 		 424 aa  89  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.628655  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50210  LamB type porin  27.66 
 
 		 410 aa  89  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.250171  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50270  LamB type porin  25.65 
 
 		 413 aa  87.8  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0457  porin, LamB type  24.15 
 
 		 531 aa  82  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.467074 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1821  putative maltoporin  25.82 
 
 		 459 aa  77.8  0.0000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.140784  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2105  putative maltoporin  26.22 
 
 		 459 aa  73.9  0.000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.301881  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0350  porin LamB type  24.78 
 
 		 511 aa  73.6  0.000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.672249  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6198  porin LamB type  31.21 
 
 		 445 aa  72  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0268727  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33610  LamB type porin  25.97 
 
 		 407 aa  72  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05328  porin transmembrane protein  28.17 
 
 		 414 aa  72  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.245127  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3756  porin LamB type  32.16 
 
 		 538 aa  68.2  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0380817  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0890  sucrose porin precursor  25.17 
 
 		 540 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0709  maltoporin precursor (outer membrane protein S)  23.35 
 
 		 425 aa  67.4  0.0000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3593  porin LamB type  32.67 
 
 		 539 aa  67  0.0000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.556224  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0763  porin, LamB type  25.61 
 
 		 525 aa  65.1  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00125923  normal  0.916374 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0394  porin LamB type  30.72 
 
 		 519 aa  64.3  0.000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.215814  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06946  hypothetical protein  23.06 
 
 		 432 aa  62  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0257  porin, LamB type  29.93 
 
 		 504 aa  60.8  0.00000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2906  sucrose porin ScrY  30.61 
 
 		 505 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00076782  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51790  sucrose porin  28.24 
 
 		 539 aa  57.4  0.0000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.892988  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000601  maltoporin  25.6 
 
 		 479 aa  57.4  0.0000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00907071  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0553  maltoporin  25.43 
 
 		 450 aa  56.6  0.0000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51510  sucrose porin  27.54 
 
 		 535 aa  56.2  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0034  putative maltoporin  29.52 
 
 		 461 aa  55.8  0.000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.3843  normal  0.238888 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2020  porin, LamB type  30.41 
 
 		 505 aa  53.9  0.000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0033188  normal  0.185389 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1781  maltoporin precursor  29.46 
 
 		 395 aa  44.7  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.488444  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>