72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0350 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_0394  porin LamB type  94.61 
 
 		 519 aa  939    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.215814  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2906  sucrose porin ScrY  64.51 
 
 		 505 aa  692    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00076782  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0350  porin LamB type  100 
 
 		 511 aa  1050    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.672249  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3756  porin LamB type  76.11 
 
 		 538 aa  844    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0380817  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2020  porin, LamB type  63.14 
 
 		 505 aa  663    Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0033188  normal  0.185389 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3593  porin LamB type  74.21 
 
 		 539 aa  830    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.556224  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0257  porin, LamB type  48.36 
 
 		 504 aa  461  9.999999999999999e-129  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000601  maltoporin  46.94 
 
 		 479 aa  440  9.999999999999999e-123  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00907071  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0890  sucrose porin precursor  50.44 
 
 		 540 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0763  porin, LamB type  49.23 
 
 		 525 aa  433  1e-120  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00125923  normal  0.916374 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51510  sucrose porin  47.53 
 
 		 535 aa  416  9.999999999999999e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51790  sucrose porin  47.08 
 
 		 539 aa  414  1e-114  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.892988  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3435  porin LamB type  41.04 
 
 		 550 aa  385  1e-105  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0966151  hitchhiker  0.0055401 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0457  porin, LamB type  25.82 
 
 		 531 aa  117  6e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.467074 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001084  maltoporin  26.04 
 
 		 423 aa  101  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.62709  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3137  maltoporin  27.85 
 
 		 423 aa  100  9e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0559098  normal  0.0102829 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4132  porin, LamB type  27.6 
 
 		 463 aa  96.3  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4488  maltoporin  27.73 
 
 		 452 aa  95.5  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4573  maltoporin  27.73 
 
 		 452 aa  95.1  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.254819  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4625  maltoporin  27.51 
 
 		 452 aa  94  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.121289 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4574  maltoporin  27.51 
 
 		 452 aa  93.6  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0364773 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4423  maltoporin  27.51 
 
 		 452 aa  93.6  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000179955 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0309  maltoporin  27.49 
 
 		 423 aa  91.3  4e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.288969  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4498  maltoporin  27.03 
 
 		 446 aa  91.3  4e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0381  maltoporin  27.49 
 
 		 423 aa  91.3  4e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3911  maltoporin  27.49 
 
 		 423 aa  91.3  4e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.714195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5517  maltoporin  27.25 
 
 		 446 aa  91.3  4e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.338652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4588  maltoporin  27.03 
 
 		 446 aa  90.9  5e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3993  maltoporin  27.03 
 
 		 446 aa  90.9  5e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.571058 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4276  maltoporin  27.03 
 
 		 446 aa  90.9  5e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03868  hypothetical protein  27.03 
 
 		 446 aa  90.1  8e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03908  maltoporin precursor  27.03 
 
 		 446 aa  90.1  8e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3959  porin LamB type  27.03 
 
 		 446 aa  90.1  8e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1154  porin, LamB type  26.08 
 
 		 411 aa  88.2  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.193768  normal  0.463073 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4263  porin LamB type  24.95 
 
 		 468 aa  85.1  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0241  maltoporin  26.09 
 
 		 444 aa  83.6  0.000000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04821  maltoporin  24.89 
 
 		 447 aa  83.6  0.000000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4285  porin LamB type  24.95 
 
 		 441 aa  82.8  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4469  maltoporin  24.72 
 
 		 434 aa  78.6  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.46123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4204  hypothetical protein  55.67 
 
 		 469 aa  77.8  0.0000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22010  LamB type porin  25 
 
 		 380 aa  77  0.0000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.791841  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27200  LamB type porin  25.57 
 
 		 412 aa  76.3  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0178962  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0213  maltoporin  24.6 
 
 		 416 aa  73.6  0.000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00663461  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51390  LamB type porin  25.85 
 
 		 412 aa  73.6  0.000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5152  porin LamB type  23.26 
 
 		 416 aa  73.6  0.000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.430452  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2955  maltoporin  24.78 
 
 		 435 aa  72.8  0.00000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.970035  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16650  LamB type porin  24.94 
 
 		 424 aa  67  0.0000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.628655  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26940  LamB type porin  24.89 
 
 		 424 aa  66.2  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.453855  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0975  maltoporin  23.7 
 
 		 419 aa  65.5  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0920  maltoporin  23.7 
 
 		 419 aa  65.5  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3356  maltoporin  23.7 
 
 		 419 aa  64.7  0.000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50270  LamB type porin  25.06 
 
 		 413 aa  64.7  0.000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0254  maltoporin  24.95 
 
 		 456 aa  61.6  0.00000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09190  LamB type porin  25.57 
 
 		 411 aa  60.5  0.00000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0328705  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33610  LamB type porin  23.34 
 
 		 407 aa  59.3  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2933  putative glycoporin  30.18 
 
 		 456 aa  57.4  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0271208  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50210  LamB type porin  28.95 
 
 		 410 aa  55.8  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.250171  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2999  putative glycoporin  29.59 
 
 		 456 aa  55.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.419579  hitchhiker  0.000157267 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0766  glycoporin  27.98 
 
 		 494 aa  54.3  0.000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0618406  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2964  putative glycoporin  29.59 
 
 		 456 aa  52.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.25903  hitchhiker  0.00105838 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3016  putative glycoporin  29.59 
 
 		 456 aa  53.5  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000112246 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1282  maltoporin  26.42 
 
 		 423 aa  50.8  0.00006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03786  putative glycoporin  35.56 
 
 		 464 aa  50.4  0.00008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03735  hypothetical protein  35.56 
 
 		 464 aa  50.4  0.00008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2740  porin LamB type  24.15 
 
 		 518 aa  48.9  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.164999  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4291  glycoporin RafY  34.65 
 
 		 464 aa  49.3  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.216775 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3690  maltoporin precursor  23.84 
 
 		 395 aa  48.5  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5352  glycoporin RafY  34.44 
 
 		 464 aa  48.1  0.0004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1323  maltoporin  24.22 
 
 		 435 aa  47.8  0.0005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0246  hypothetical protein  33.73 
 
 		 212 aa  45.4  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1101  hypothetical protein  34.43 
 
 		 157 aa  44.3  0.005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05328  porin transmembrane protein  29.51 
 
 		 414 aa  44.3  0.006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.245127  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>