69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0890 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0890  sucrose porin precursor  100 
 
 		 540 aa  1108    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0763  porin, LamB type  94.1 
 
 		 525 aa  926    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00125923  normal  0.916374 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51510  sucrose porin  57.68 
 
 		 535 aa  547  1e-154  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51790  sucrose porin  53.01 
 
 		 539 aa  524  1e-147  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.892988  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2906  sucrose porin ScrY  48.29 
 
 		 505 aa  474  1e-132  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00076782  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3756  porin LamB type  48.54 
 
 		 538 aa  465  1e-129  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0380817  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2020  porin, LamB type  48.57 
 
 		 505 aa  460  9.999999999999999e-129  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0033188  normal  0.185389 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3593  porin LamB type  48.73 
 
 		 539 aa  460  9.999999999999999e-129  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.556224  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0350  porin LamB type  47.12 
 
 		 511 aa  441  9.999999999999999e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.672249  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0394  porin LamB type  46.98 
 
 		 519 aa  437  1e-121  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.215814  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0257  porin, LamB type  50.55 
 
 		 504 aa  438  1e-121  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000601  maltoporin  46.76 
 
 		 479 aa  418  9.999999999999999e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00907071  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3435  porin LamB type  40 
 
 		 550 aa  335  1e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0966151  hitchhiker  0.0055401 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1154  porin, LamB type  26.45 
 
 		 411 aa  93.6  8e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.193768  normal  0.463073 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0457  porin, LamB type  24.91 
 
 		 531 aa  92.4  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.467074 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001084  maltoporin  25.87 
 
 		 423 aa  90.9  6e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.62709  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22010  LamB type porin  25.12 
 
 		 380 aa  83.6  0.000000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.791841  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27200  LamB type porin  26.96 
 
 		 412 aa  80.5  0.00000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0178962  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04821  maltoporin  25.11 
 
 		 447 aa  77.4  0.0000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4263  porin LamB type  25.69 
 
 		 468 aa  75.9  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50270  LamB type porin  27.54 
 
 		 413 aa  75.9  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09190  LamB type porin  28.41 
 
 		 411 aa  75.5  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0328705  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4132  porin, LamB type  25.35 
 
 		 463 aa  75.1  0.000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03908  maltoporin precursor  25.26 
 
 		 446 aa  72.4  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3959  porin LamB type  25.26 
 
 		 446 aa  72.4  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4498  maltoporin  25.26 
 
 		 446 aa  72.4  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03868  hypothetical protein  25.26 
 
 		 446 aa  72.4  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26940  LamB type porin  26.98 
 
 		 424 aa  71.2  0.00000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.453855  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51390  LamB type porin  24.49 
 
 		 412 aa  70.9  0.00000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16650  LamB type porin  26.51 
 
 		 424 aa  70.5  0.00000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.628655  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4276  maltoporin  24.84 
 
 		 446 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3993  maltoporin  24.84 
 
 		 446 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.571058 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4588  maltoporin  24.84 
 
 		 446 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5517  maltoporin  24.84 
 
 		 446 aa  68.9  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.338652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3137  maltoporin  25.75 
 
 		 423 aa  68.2  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0559098  normal  0.0102829 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0241  maltoporin  23.5 
 
 		 444 aa  66.6  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2955  maltoporin  25.84 
 
 		 435 aa  65.5  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.970035  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50210  LamB type porin  25.9 
 
 		 410 aa  63.5  0.000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.250171  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0213  maltoporin  26.53 
 
 		 416 aa  62.4  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00663461  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0254  maltoporin  24.73 
 
 		 456 aa  61.2  0.00000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0975  maltoporin  23.6 
 
 		 419 aa  60.8  0.00000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0920  maltoporin  23.6 
 
 		 419 aa  60.8  0.00000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3356  maltoporin  23.6 
 
 		 419 aa  60.5  0.00000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1323  maltoporin  23.9 
 
 		 435 aa  59.3  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5152  porin LamB type  24.11 
 
 		 416 aa  58.5  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.430452  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0381  maltoporin  24.39 
 
 		 423 aa  57.8  0.0000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0309  maltoporin  24.39 
 
 		 423 aa  57.8  0.0000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.288969  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3911  maltoporin  24.39 
 
 		 423 aa  57.8  0.0000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.714195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4625  maltoporin  28.41 
 
 		 452 aa  57.8  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.121289 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4488  maltoporin  28.41 
 
 		 452 aa  57.8  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4574  maltoporin  28.41 
 
 		 452 aa  56.6  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0364773 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4573  maltoporin  28.41 
 
 		 452 aa  56.6  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.254819  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4423  maltoporin  28.41 
 
 		 452 aa  56.6  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000179955 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33610  LamB type porin  26.98 
 
 		 407 aa  55.8  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0760  porin LamB type  22.11 
 
 		 540 aa  55.5  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.44731  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4469  maltoporin  28.9 
 
 		 434 aa  55.1  0.000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.46123  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1282  maltoporin  28.81 
 
 		 423 aa  53.9  0.000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1736  glucoside specific outer membrane porin BglH-like protein  23.49 
 
 		 557 aa  53.9  0.000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4285  porin LamB type  23.39 
 
 		 441 aa  53.5  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1636  glucoside specific outer membrane porin BglH  25 
 
 		 557 aa  52.8  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2437  porin LamB type  24.25 
 
 		 545 aa  50.1  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.589746  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6198  porin LamB type  23.71 
 
 		 445 aa  46.2  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0268727  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03786  putative glycoporin  43.66 
 
 		 464 aa  45.8  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03735  hypothetical protein  43.66 
 
 		 464 aa  45.8  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4291  glycoporin RafY  39.51 
 
 		 464 aa  45.8  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.216775 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5352  glycoporin RafY  39.51 
 
 		 464 aa  44.7  0.004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1706  porin LamB type  25.1 
 
 		 532 aa  44.3  0.005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.973394  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1821  putative maltoporin  30.1 
 
 		 459 aa  44.3  0.006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.140784  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2105  putative maltoporin  30.1 
 
 		 459 aa  43.5  0.009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.301881  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>