66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1154 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1154  porin, LamB type  100 
 
 		 411 aa  850    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.193768  normal  0.463073 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22010  LamB type porin  68.32 
 
 		 380 aa  552  1e-156  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.791841  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50270  LamB type porin  65.52 
 
 		 413 aa  538  9.999999999999999e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27200  LamB type porin  64.16 
 
 		 412 aa  534  1e-150  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0178962  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26940  LamB type porin  67.44 
 
 		 424 aa  530  1e-149  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.453855  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16650  LamB type porin  66.93 
 
 		 424 aa  527  1e-148  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.628655  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51390  LamB type porin  63 
 
 		 412 aa  521  1e-147  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09190  LamB type porin  60.53 
 
 		 411 aa  513  1e-144  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0328705  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50210  LamB type porin  64.18 
 
 		 410 aa  510  1e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.250171  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33610  LamB type porin  56.31 
 
 		 407 aa  480  1e-134  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3137  maltoporin  36.12 
 
 		 423 aa  209  6e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0559098  normal  0.0102829 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4469  maltoporin  33.56 
 
 		 434 aa  201  9.999999999999999e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.46123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0254  maltoporin  33.41 
 
 		 456 aa  196  5.000000000000001e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4263  porin LamB type  33.41 
 
 		 468 aa  196  6e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4132  porin, LamB type  33.11 
 
 		 463 aa  196  8.000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4573  maltoporin  32.19 
 
 		 452 aa  192  9e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.254819  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4423  maltoporin  32.19 
 
 		 452 aa  192  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000179955 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4574  maltoporin  32.19 
 
 		 452 aa  192  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0364773 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4488  maltoporin  32.19 
 
 		 452 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4625  maltoporin  32.19 
 
 		 452 aa  191  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.121289 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4285  porin LamB type  33.03 
 
 		 441 aa  189  9e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3911  maltoporin  32.34 
 
 		 423 aa  188  1e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.714195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0381  maltoporin  32.34 
 
 		 423 aa  188  1e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0309  maltoporin  32.34 
 
 		 423 aa  188  1e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.288969  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03868  hypothetical protein  33.04 
 
 		 446 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3959  porin LamB type  33.04 
 
 		 446 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03908  maltoporin precursor  33.04 
 
 		 446 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4498  maltoporin  32.83 
 
 		 446 aa  185  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0241  maltoporin  32.02 
 
 		 444 aa  185  2.0000000000000003e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5517  maltoporin  32.61 
 
 		 446 aa  184  3e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.338652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4588  maltoporin  32.39 
 
 		 446 aa  183  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3993  maltoporin  32.39 
 
 		 446 aa  183  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.571058 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4276  maltoporin  32.39 
 
 		 446 aa  183  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5152  porin LamB type  34.76 
 
 		 416 aa  167  2.9999999999999998e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.430452  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0457  porin, LamB type  29.2 
 
 		 531 aa  149  8e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.467074 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001084  maltoporin  30.5 
 
 		 423 aa  139  7.999999999999999e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.62709  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6198  porin LamB type  27.97 
 
 		 445 aa  137  3.0000000000000003e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0268727  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3690  maltoporin precursor  31.55 
 
 		 395 aa  136  5e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04821  maltoporin  29.28 
 
 		 447 aa  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0920  maltoporin  28.12 
 
 		 419 aa  127  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0975  maltoporin  28.12 
 
 		 419 aa  127  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3356  maltoporin  28.12 
 
 		 419 aa  127  3e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1781  maltoporin precursor  29.36 
 
 		 395 aa  126  7e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.488444  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1323  maltoporin  26.87 
 
 		 435 aa  119  7.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1282  maltoporin  29.08 
 
 		 423 aa  117  3e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2955  maltoporin  26.43 
 
 		 435 aa  112  9e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.970035  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0213  maltoporin  28.06 
 
 		 416 aa  105  2e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00663461  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3397  hypothetical protein  26.63 
 
 		 552 aa  103  7e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05328  porin transmembrane protein  28.64 
 
 		 414 aa  102  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.245127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0257  porin, LamB type  27.85 
 
 		 504 aa  93.6  6e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0890  sucrose porin precursor  27.96 
 
 		 540 aa  92.8  9e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2906  sucrose porin ScrY  27.31 
 
 		 505 aa  92.8  9e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00076782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2020  porin, LamB type  27.31 
 
 		 505 aa  92  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0033188  normal  0.185389 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0350  porin LamB type  26.4 
 
 		 511 aa  90.5  5e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.672249  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0394  porin LamB type  25.66 
 
 		 519 aa  89.7  9e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.215814  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51510  sucrose porin  27.29 
 
 		 535 aa  89.4  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0763  porin, LamB type  26.26 
 
 		 525 aa  85.5  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00125923  normal  0.916374 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3593  porin LamB type  26.33 
 
 		 539 aa  84.3  0.000000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.556224  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3542  hypothetical protein  24.16 
 
 		 615 aa  83.6  0.000000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000601  maltoporin  27.63 
 
 		 479 aa  82.8  0.00000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00907071  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3756  porin LamB type  26.26 
 
 		 538 aa  80.5  0.00000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0380817  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3435  porin LamB type  25.96 
 
 		 550 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0966151  hitchhiker  0.0055401 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51790  sucrose porin  24.13 
 
 		 539 aa  59.7  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.892988  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0553  maltoporin  27.87 
 
 		 450 aa  57.4  0.0000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2105  putative maltoporin  29.33 
 
 		 459 aa  47.8  0.0004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.301881  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1821  putative maltoporin  28.67 
 
 		 459 aa  46.2  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.140784  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>