18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3542 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_3542  hypothetical protein  100 
 
 		 615 aa  1240    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3397  hypothetical protein  62.48 
 
 		 552 aa  624  1e-177  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22010  LamB type porin  25.92 
 
 		 380 aa  103  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.791841  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16650  LamB type porin  25.77 
 
 		 424 aa  99.4  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.628655  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27200  LamB type porin  27.24 
 
 		 412 aa  97.8  5e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0178962  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26940  LamB type porin  25.58 
 
 		 424 aa  97.8  5e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.453855  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09190  LamB type porin  24.72 
 
 		 411 aa  96.3  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0328705  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50270  LamB type porin  26.62 
 
 		 413 aa  94.4  6e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50210  LamB type porin  28.07 
 
 		 410 aa  92  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.250171  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51390  LamB type porin  27.15 
 
 		 412 aa  88.6  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1154  porin, LamB type  24.16 
 
 		 411 aa  82  0.00000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.193768  normal  0.463073 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33610  LamB type porin  26.55 
 
 		 407 aa  77.8  0.0000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4263  porin LamB type  23.69 
 
 		 468 aa  47.4  0.0009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0457  porin, LamB type  29.47 
 
 		 531 aa  46.2  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.467074 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1663  hypothetical protein  27.08 
 
 		 2449 aa  45.4  0.003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0254  maltoporin  22.72 
 
 		 456 aa  45.4  0.003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4132  porin, LamB type  23.5 
 
 		 463 aa  43.9  0.009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5152  porin LamB type  27.27 
 
 		 416 aa  43.9  0.01  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.430452  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>