61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS05328 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS05328  porin transmembrane protein  100 
 
 		 414 aa  831    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.245127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3690  maltoporin precursor  39.29 
 
 		 395 aa  218  1e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1781  maltoporin precursor  37.38 
 
 		 395 aa  213  7e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.488444  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27200  LamB type porin  26.33 
 
 		 412 aa  125  9e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0178962  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51390  LamB type porin  27.63 
 
 		 412 aa  125  2e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22010  LamB type porin  27.85 
 
 		 380 aa  124  2e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.791841  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16650  LamB type porin  27.49 
 
 		 424 aa  122  9.999999999999999e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.628655  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50270  LamB type porin  27.64 
 
 		 413 aa  122  9.999999999999999e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26940  LamB type porin  27.25 
 
 		 424 aa  120  3.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.453855  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09190  LamB type porin  26.96 
 
 		 411 aa  117  5e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0328705  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1154  porin, LamB type  28.14 
 
 		 411 aa  116  8.999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.193768  normal  0.463073 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50210  LamB type porin  28.15 
 
 		 410 aa  115  1.0000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.250171  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33610  LamB type porin  27.34 
 
 		 407 aa  108  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4285  porin LamB type  26.3 
 
 		 441 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4132  porin, LamB type  26.5 
 
 		 463 aa  96.3  9e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0309  maltoporin  25.05 
 
 		 423 aa  93.2  8e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.288969  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3911  maltoporin  25.05 
 
 		 423 aa  93.2  8e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.714195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0381  maltoporin  25.05 
 
 		 423 aa  93.2  8e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4263  porin LamB type  26.26 
 
 		 468 aa  92  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4469  maltoporin  24.31 
 
 		 434 aa  85.9  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.46123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5152  porin LamB type  25.11 
 
 		 416 aa  86.3  0.000000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.430452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0213  maltoporin  27.38 
 
 		 416 aa  85.5  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00663461  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1282  maltoporin  26.26 
 
 		 423 aa  84.7  0.000000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0241  maltoporin  22.91 
 
 		 444 aa  80.1  0.00000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3137  maltoporin  26.47 
 
 		 423 aa  80.1  0.00000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0559098  normal  0.0102829 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04821  maltoporin  24.1 
 
 		 447 aa  77  0.0000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3959  porin LamB type  24.09 
 
 		 446 aa  76.3  0.0000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4498  maltoporin  23.27 
 
 		 446 aa  76.3  0.0000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03868  hypothetical protein  24.09 
 
 		 446 aa  76.3  0.0000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03908  maltoporin precursor  24.09 
 
 		 446 aa  76.3  0.0000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3993  maltoporin  23.93 
 
 		 446 aa  76.3  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.571058 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4588  maltoporin  23.93 
 
 		 446 aa  76.3  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4276  maltoporin  23.93 
 
 		 446 aa  76.3  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5517  maltoporin  23.93 
 
 		 446 aa  76.3  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.338652  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1323  maltoporin  30.62 
 
 		 435 aa  75.1  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001084  maltoporin  24.17 
 
 		 423 aa  75.1  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.62709  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4488  maltoporin  23.93 
 
 		 452 aa  75.1  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4625  maltoporin  23.93 
 
 		 452 aa  75.5  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.121289 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4423  maltoporin  23.93 
 
 		 452 aa  73.9  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000179955 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4573  maltoporin  23.93 
 
 		 452 aa  73.9  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.254819  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4574  maltoporin  23.93 
 
 		 452 aa  73.9  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0364773 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2955  maltoporin  28.17 
 
 		 435 aa  72  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.970035  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0254  maltoporin  24.68 
 
 		 456 aa  64.7  0.000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0457  porin, LamB type  25.3 
 
 		 531 aa  61.6  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.467074 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3356  maltoporin  28.16 
 
 		 419 aa  54.3  0.000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0975  maltoporin  28.16 
 
 		 419 aa  54.3  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0920  maltoporin  28.16 
 
 		 419 aa  54.3  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6198  porin LamB type  23.61 
 
 		 445 aa  51.6  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0268727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2020  porin, LamB type  23.92 
 
 		 505 aa  51.2  0.00003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0033188  normal  0.185389 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2740  porin LamB type  26.18 
 
 		 518 aa  48.1  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.164999  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2105  putative maltoporin  30 
 
 		 459 aa  47.8  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.301881  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3756  porin LamB type  32.32 
 
 		 538 aa  47.8  0.0004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0380817  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3593  porin LamB type  31.82 
 
 		 539 aa  46.2  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.556224  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1821  putative maltoporin  29.33 
 
 		 459 aa  45.8  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.140784  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2906  sucrose porin ScrY  23.7 
 
 		 505 aa  45.4  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00076782  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0394  porin LamB type  29.35 
 
 		 519 aa  43.9  0.005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.215814  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0350  porin LamB type  29.51 
 
 		 511 aa  43.9  0.005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.672249  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51510  sucrose porin  29.82 
 
 		 535 aa  43.9  0.005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0553  maltoporin  28.73 
 
 		 450 aa  43.5  0.006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000601  maltoporin  23.71 
 
 		 479 aa  43.5  0.006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00907071  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1636  glucoside specific outer membrane porin BglH  26.01 
 
 		 557 aa  43.1  0.01  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>