79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1028 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1028  Sel1 domain-containing protein  100 
 
 		 458 aa  901    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18520  alginate biosynthetic protein AlgK precursor  58.1 
 
 		 475 aa  501  1e-140  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.119912  normal  0.727737 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10940  Alginate biosynthetic protein AlgK  57.99 
 
 		 457 aa  498  1e-140  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.665621  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1602  alginate biosynthetic protein AlgK precursor  57.88 
 
 		 475 aa  496  1e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0957  Sel1 repeat-containing protein  55.9 
 
 		 468 aa  495  1e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.505154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1060  Sel1 repeat-containing protein  54.88 
 
 		 470 aa  481  1e-134  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.190754  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1240  alginate biosynthesis protein AlgK  54.19 
 
 		 470 aa  471  1e-132  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.617938  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4564  Sel1 domain-containing protein  56.76 
 
 		 516 aa  463  1e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.392578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4440  Sel1 domain-containing protein  56.59 
 
 		 477 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.736326  normal  0.553998 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1285  Sel1 domain protein repeat-containing protein  56.36 
 
 		 484 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.000475097  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0886  Sel1 domain-containing protein  56.71 
 
 		 475 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.488862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2705  Sel1 repeat-containing protein  30.19 
 
 		 241 aa  66.2  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0854  hypothetical protein  23.76 
 
 		 684 aa  62.4  0.00000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00109274 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2718  Sel1 domain-containing protein  33.56 
 
 		 254 aa  62.4  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2652  Sel1 domain-containing protein  30.87 
 
 		 410 aa  60.1  0.00000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.52998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0852  hypothetical protein  33.06 
 
 		 789 aa  56.6  0.0000008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00159871 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2985  Sel1 domain-containing protein  33.92 
 
 		 504 aa  56.6  0.0000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0405  hypothetical protein  29.71 
 
 		 202 aa  54.7  0.000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1450  peptidoglycan binding domain-containing protein  34.34 
 
 		 997 aa  54.7  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0762725 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3151  Sel1 domain-containing protein  37.37 
 
 		 255 aa  53.9  0.000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.221921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0781  Sel1 domain-containing protein  25.52 
 
 		 393 aa  52.8  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000364549  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1811  hypothetical protein  33.03 
 
 		 208 aa  52.4  0.00001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1450  Sel1 domain protein repeat-containing protein  25.85 
 
 		 380 aa  51.2  0.00003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3702  Sel1-like repeat-containing serine/threonine protein kinase  24.48 
 
 		 448 aa  51.6  0.00003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1217  hypothetical protein  30.4 
 
 		 1402 aa  51.2  0.00004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000624156 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2310  Sel1 domain protein repeat-containing protein  29.11 
 
 		 321 aa  50.8  0.00005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.519602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2686  hypothetical protein  29.49 
 
 		 365 aa  50.8  0.00005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.715666  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4948  Sel1 repeat-containing protein  29.91 
 
 		 184 aa  50.8  0.00005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.962981 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2003  Sel1 domain-containing protein  24.55 
 
 		 831 aa  50.1  0.00009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0515794  normal  0.0202924 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1674  hypothetical protein  32.69 
 
 		 491 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.411481  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1161  TPR repeat-containing protein  33.02 
 
 		 305 aa  48.9  0.0002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000511237  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1767  hypothetical protein  31.3 
 
 		 1037 aa  48.9  0.0002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.636968 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1490  TPR repeat-containing protein  26.17 
 
 		 303 aa  48.9  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.471259999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1127  Sel1 domain protein repeat-containing protein  26.43 
 
 		 272 aa  48.1  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.111937  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2980  Sel1 domain-containing protein  26.28 
 
 		 254 aa  48.5  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.296411  normal  0.456006 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0851  hypothetical protein  22.25 
 
 		 961 aa  48.1  0.0003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00404215 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1612  Sel1  30.97 
 
 		 232 aa  48.5  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0239674 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0104  Sel1 repeat-containing protein  37.89 
 
 		 489 aa  48.5  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3695  Sel1 domain-containing protein  31.68 
 
 		 1475 aa  47.8  0.0004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.909134 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4473  Sel1-like protein  33.33 
 
 		 366 aa  47.8  0.0004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1307  hypothetical protein  25.58 
 
 		 376 aa  47.4  0.0005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0432  hypothetical protein  29.85 
 
 		 246 aa  47  0.0006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1564  tetratricopeptide repeat protein  28.16 
 
 		 509 aa  47.4  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2230  Sel1  31.03 
 
 		 264 aa  47.4  0.0006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0660698 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1310  hypothetical protein  31.4 
 
 		 376 aa  47.4  0.0006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0399  Sel1 domain-containing protein  35.19 
 
 		 254 aa  47.4  0.0006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.255142 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1504  Sel1 domain protein repeat-containing protein  31.07 
 
 		 528 aa  47  0.0007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1533  TPR repeat-containing protein  25.78 
 
 		 976 aa  46.6  0.0008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02823  hypothetical protein  36.56 
 
 		 256 aa  47  0.0008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1775  Sel1 domain protein repeat-containing protein  30.09 
 
 		 267 aa  46.2  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.219798  normal  0.55731 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1381  tetratricopeptide repeat protein  28.16 
 
 		 509 aa  46.2  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.261787  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1736  Sel1 domain protein repeat-containing protein  30 
 
 		 318 aa  46.6  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.425462  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0106  serine/threonine protein kinase  26.7 
 
 		 454 aa  46.6  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1680  Sel1 domain-containing protein  32.46 
 
 		 940 aa  46.2  0.001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.428252 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4319  Sel1  32.58 
 
 		 367 aa  45.8  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.754604  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1234  enhanced entry protein enhC, tetratricopeptide repeat family  25.06 
 
 		 1078 aa  46.2  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.155783  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2484  Sel1 domain protein repeat-containing protein  26.92 
 
 		 287 aa  45.4  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.514708  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4661  Sel1 domain-containing protein  33.33 
 
 		 181 aa  45.4  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.150722  normal  0.332421 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1890  tetratricopeptide repeat protein  29.41 
 
 		 509 aa  45.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0490487 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4839  Sel1 domain-containing protein  33.33 
 
 		 181 aa  45.8  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4785  Sel1 domain protein repeat-containing protein  33.33 
 
 		 181 aa  45.4  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0833699 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2849  Sel1 domain-containing protein  37.14 
 
 		 89 aa  45.4  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0412947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1283  enhanced entry protein EnhC  25.61 
 
 		 1044 aa  45.4  0.002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.216274  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1954  tetratricopeptide repeat protein  28.16 
 
 		 509 aa  45.1  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0463  Sel1 domain protein repeat-containing protein  25.17 
 
 		 255 aa  44.7  0.003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4775  Sel1-like  33.03 
 
 		 368 aa  45.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3372  Sel1 domain-containing protein  26.05 
 
 		 685 aa  44.3  0.004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0437762  normal  0.412593 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0635  Sel1 domain-containing protein  29.13 
 
 		 181 aa  44.7  0.004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00101027  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0307  Sel1 domain protein repeat-containing protein  34.82 
 
 		 811 aa  44.7  0.004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2739  Sel1 repeat-containing protein  31.06 
 
 		 346 aa  44.3  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0269187  normal  0.433518 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2411  hypothetical protein  27.5 
 
 		 235 aa  44.3  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0196875  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1586  Sel1 domain-containing protein  34.58 
 
 		 380 aa  43.9  0.006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.139807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0937  serine/threonine protein kinase  28.91 
 
 		 1430 aa  43.9  0.007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0370289 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4343  Sel1 repeat-containing protein  28.71 
 
 		 182 aa  43.5  0.008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1106  TPR repeat- and Sel1 domain-containing protein  25.38 
 
 		 523 aa  43.5  0.008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0733  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.6 
 
 		 256 aa  43.5  0.008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2583  TPR repeat-containing protein  28.02 
 
 		 729 aa  43.5  0.009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2174  hypothetical protein  21.97 
 
 		 373 aa  43.1  0.01  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04070  TPR repeat-containing protein  23.97 
 
 		 1032 aa  43.1  0.01  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.350939 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>