123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1285 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1285  Sel1 domain protein repeat-containing protein  100 
 
 
484 aa  968    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.000475097  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0957  Sel1 repeat-containing protein  69.34 
 
 
468 aa  648    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.505154  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4440  Sel1 domain-containing protein  98.74 
 
 
477 aa  943    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.736326  normal  0.553998 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4564  Sel1 domain-containing protein  96.14 
 
 
516 aa  854    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.392578  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0886  Sel1 domain-containing protein  95.1 
 
 
475 aa  816    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.488862  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1240  alginate biosynthesis protein AlgK  68.97 
 
 
470 aa  632  1e-180  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.617938  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1060  Sel1 repeat-containing protein  68.75 
 
 
470 aa  626  1e-178  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.190754  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18520  alginate biosynthetic protein AlgK precursor  59.31 
 
 
475 aa  509  1e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.119912  normal  0.727737 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1602  alginate biosynthetic protein AlgK precursor  58.85 
 
 
475 aa  502  1e-141  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10940  Alginate biosynthetic protein AlgK  55.97 
 
 
457 aa  488  1e-136  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.665621  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1028  Sel1 domain-containing protein  56.36 
 
 
458 aa  478  1e-134  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2652  Sel1 domain-containing protein  34.27 
 
 
410 aa  67.8  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.52998  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2718  Sel1 domain-containing protein  32.89 
 
 
254 aa  67  0.0000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2985  Sel1 domain-containing protein  30.81 
 
 
504 aa  62  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0781  Sel1 domain-containing protein  25.37 
 
 
393 aa  58.2  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000364549  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1217  hypothetical protein  26.16 
 
 
1402 aa  56.6  0.000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000624156 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2582  Sel1 domain-containing protein  29.71 
 
 
359 aa  55.5  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.805298  normal  0.0195888 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0854  hypothetical protein  32.23 
 
 
684 aa  55.5  0.000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00109274 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0852  hypothetical protein  29.91 
 
 
789 aa  54.3  0.000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00159871 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3011  Sel1 domain-containing protein  27.81 
 
 
278 aa  53.9  0.000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.652997 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1775  Sel1 domain protein repeat-containing protein  33.63 
 
 
267 aa  53.5  0.000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.219798  normal  0.55731 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3356  Sel1 domain-containing protein  30.43 
 
 
213 aa  52.8  0.00001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0708547  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3151  Sel1 domain-containing protein  33.96 
 
 
255 aa  52  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.221921  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2327  Sel1 domain protein repeat-containing protein  32.88 
 
 
382 aa  52.4  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.239652  normal  0.179053 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0851  hypothetical protein  25.26 
 
 
961 aa  52  0.00002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00404215 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2705  Sel1 repeat-containing protein  25.16 
 
 
241 aa  51.6  0.00003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1457  Sel1  33.61 
 
 
218 aa  51.6  0.00003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0573  Sel1  38.89 
 
 
267 aa  51.6  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1811  hypothetical protein  31.82 
 
 
208 aa  51.2  0.00004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2411  hypothetical protein  32.08 
 
 
235 aa  50.8  0.00005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0196875  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1736  Sel1 domain protein repeat-containing protein  29.36 
 
 
318 aa  51.2  0.00005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.425462  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1767  hypothetical protein  32.8 
 
 
1037 aa  50.4  0.00007  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.636968 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0727  hypothetical protein  23.9 
 
 
1366 aa  50.1  0.00009  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.989916 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2174  hypothetical protein  31.13 
 
 
373 aa  49.7  0.0001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0537  Sel1 repeat-containing protein  25.49 
 
 
680 aa  49.7  0.0001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.590266 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0510  Sel1  34.44 
 
 
205 aa  50.1  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.209308  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2003  Sel1 domain-containing protein  24.93 
 
 
831 aa  50.1  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0515794  normal  0.0202924 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2980  Sel1 domain-containing protein  27.48 
 
 
254 aa  50.1  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.296411  normal  0.456006 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2107  tetratricopeptide repeat protein  33.33 
 
 
722 aa  49.3  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00125104  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2894  hypothetical protein  34.09 
 
 
245 aa  49.3  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1612  Sel1  34.02 
 
 
232 aa  48.5  0.0002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0239674 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3265  Sel1 domain-containing protein  30.43 
 
 
218 aa  49.3  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000032376  hitchhiker  0.00000918521 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0682  Sel1 domain-containing protein  30.43 
 
 
218 aa  49.3  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000509857  hitchhiker  0.000284829 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2227  tetratricopeptide repeat protein  33.33 
 
 
722 aa  49.3  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.319314  normal  0.381347 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0696  Sel1 domain-containing protein  30.43 
 
 
218 aa  49.3  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0105771  hitchhiker  0.000122446 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4315  Sel1 domain-containing protein  34.48 
 
 
249 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0126902 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1127  Sel1 domain protein repeat-containing protein  30.83 
 
 
272 aa  48.5  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.111937  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2339  tetratricopeptide repeat protein  33.33 
 
 
722 aa  49.3  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000544512 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2175  tetratricopeptide repeat protein  33.33 
 
 
722 aa  49.3  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.765622  normal  0.35512 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2147  hypothetical protein  25.17 
 
 
373 aa  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0906  Sel1 domain-containing protein  32.98 
 
 
249 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0760134 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1450  peptidoglycan binding domain-containing protein  29.32 
 
 
997 aa  48.5  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0762725 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0895  hypothetical protein  32.41 
 
 
1493 aa  48.1  0.0003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.213201 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2457  Sel1  29.41 
 
 
348 aa  48.1  0.0004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.392587  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2703  Sel1 domain-containing protein  24.92 
 
 
693 aa  48.1  0.0004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00296283 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2686  hypothetical protein  31.11 
 
 
365 aa  47.8  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.715666  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1450  Sel1 domain protein repeat-containing protein  26.67 
 
 
380 aa  47.8  0.0004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1431  Sel1 domain-containing protein  26.15 
 
 
817 aa  47.8  0.0005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.726695 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2045  Sel1 domain protein repeat-containing protein  31.97 
 
 
865 aa  47.8  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1512  Sel1 domain protein repeat-containing protein  33.73 
 
 
890 aa  47.8  0.0005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.522788  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2310  Sel1 domain protein repeat-containing protein  30.19 
 
 
321 aa  47.4  0.0006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.519602  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1079  Sel1 domain protein repeat-containing protein  23.91 
 
 
328 aa  47.4  0.0006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.909914  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2814  Sel1 domain-containing protein  36.99 
 
 
285 aa  47.4  0.0006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.499703  normal  0.271127 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3936  sodium-type flagellar protein MotX  29.71 
 
 
206 aa  47.4  0.0007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6931  putative Beta-lactamase  35.48 
 
 
368 aa  47.4  0.0007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.565773 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0863  Sel1 domain protein repeat-containing protein  33.33 
 
 
256 aa  47  0.0008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.442351  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4473  Sel1-like protein  30.7 
 
 
366 aa  47  0.0009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0360  hypothetical protein  29.91 
 
 
305 aa  46.2  0.001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.162937  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1490  TPR repeat-containing protein  28.47 
 
 
303 aa  46.2  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.471259999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0448  Sel1 domain protein repeat-containing protein  26.77 
 
 
223 aa  46.2  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.153887  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3827  Sel1 domain-containing protein  28.44 
 
 
485 aa  46.6  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.147478  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3648  Sel1 domain-containing protein  29.71 
 
 
218 aa  46.6  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000102064  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0893  Sel1 domain-containing protein  33.33 
 
 
249 aa  46.6  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.131651 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0706  Sel1 domain-containing protein  29.71 
 
 
218 aa  46.2  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00465752  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3079  Sel1 domain-containing protein  35.85 
 
 
384 aa  46.6  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0573421  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0736  Sel1 domain-containing protein  29.71 
 
 
218 aa  46.6  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00305878  hitchhiker  0.000755145 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0727  Sel1 domain protein repeat-containing protein  29.71 
 
 
218 aa  46.6  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.159211  hitchhiker  0.00000977989 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0738  Sel1  34.88 
 
 
1105 aa  45.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4319  Sel1  31.3 
 
 
367 aa  45.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.754604  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2952  Sel1 domain-containing protein  35.62 
 
 
285 aa  45.4  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3702  Sel1-like repeat-containing serine/threonine protein kinase  25.95 
 
 
448 aa  45.8  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0463  Sel1 domain protein repeat-containing protein  28.67 
 
 
255 aa  45.4  0.002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1888  Sel1 domain protein repeat-containing protein  28.86 
 
 
346 aa  45.4  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.15133  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0225  Sel1 domain protein repeat-containing protein  28.93 
 
 
347 aa  45.4  0.002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0950  hypothetical protein  31.25 
 
 
839 aa  45.8  0.002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4785  Sel1 domain protein repeat-containing protein  26.23 
 
 
181 aa  45.1  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0833699 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4233  Sel1  27.59 
 
 
315 aa  45.1  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4661  Sel1 domain-containing protein  26.23 
 
 
181 aa  45.1  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.150722  normal  0.332421 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3372  Sel1 domain-containing protein  31.85 
 
 
685 aa  45.1  0.003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0437762  normal  0.412593 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0449  Sel1 domain-containing protein  32 
 
 
276 aa  45.1  0.003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2739  Sel1 repeat-containing protein  36.26 
 
 
346 aa  44.7  0.004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0269187  normal  0.433518 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3290  Sel1 domain-containing protein  26.94 
 
 
228 aa  44.3  0.004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000129217  hitchhiker  0.00111993 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0307  Sel1 domain protein repeat-containing protein  27.5 
 
 
811 aa  44.7  0.004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1584  hypothetical protein  31.25 
 
 
185 aa  44.7  0.004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0106246 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1171  hypothetical protein  29.25 
 
 
267 aa  44.3  0.005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.786913  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0737  hypothetical protein  34.34 
 
 
184 aa  44.3  0.005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.574637 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0104  Sel1 repeat-containing protein  26.32 
 
 
489 aa  44.3  0.005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1533  TPR repeat-containing protein  29.57 
 
 
976 aa  44.3  0.005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3451  hypothetical protein  35.35 
 
 
475 aa  44.3  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1283  enhanced entry protein EnhC  34.07 
 
 
1044 aa  44.3  0.005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.216274  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>