33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_1060 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1240  alginate biosynthesis protein AlgK  94.26 
 
 		 470 aa  897    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.617938  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1060  Sel1 repeat-containing protein  100 
 
 		 470 aa  947    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.190754  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0957  Sel1 repeat-containing protein  72.98 
 
 		 468 aa  687    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.505154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4564  Sel1 domain-containing protein  68.83 
 
 		 516 aa  599  1e-170  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.392578  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1285  Sel1 domain protein repeat-containing protein  68.75 
 
 		 484 aa  596  1e-169  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.000475097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4440  Sel1 domain-containing protein  68.32 
 
 		 477 aa  594  1e-168  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.736326  normal  0.553998 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0886  Sel1 domain-containing protein  68.82 
 
 		 475 aa  578  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.488862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18520  alginate biosynthetic protein AlgK precursor  61.56 
 
 		 475 aa  536  1e-151  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.119912  normal  0.727737 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1602  alginate biosynthetic protein AlgK precursor  60.85 
 
 		 475 aa  526  1e-148  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10940  Alginate biosynthetic protein AlgK  56.55 
 
 		 457 aa  503  1e-141  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.665621  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1028  Sel1 domain-containing protein  54.88 
 
 		 458 aa  481  1e-134  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2652  Sel1 domain-containing protein  32.39 
 
 		 410 aa  55.8  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.52998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2985  Sel1 domain-containing protein  30.85 
 
 		 504 aa  55.5  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1450  peptidoglycan binding domain-containing protein  34.85 
 
 		 997 aa  55.1  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0762725 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0852  hypothetical protein  29.84 
 
 		 789 aa  52.8  0.00001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00159871 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2045  Sel1 domain protein repeat-containing protein  30.12 
 
 		 865 aa  50.8  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0854  hypothetical protein  32.74 
 
 		 684 aa  49.7  0.0001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00109274 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1217  hypothetical protein  27.54 
 
 		 1402 aa  49.7  0.0001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000624156 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0851  hypothetical protein  25.91 
 
 		 961 aa  48.1  0.0004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00404215 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2705  Sel1 repeat-containing protein  29.29 
 
 		 241 aa  46.6  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0895  hypothetical protein  33.91 
 
 		 1493 aa  46.6  0.001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.213201 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1674  hypothetical protein  33.33 
 
 		 491 aa  45.8  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.411481  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1504  Sel1 domain protein repeat-containing protein  35.34 
 
 		 528 aa  45.4  0.002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1212  hypothetical protein  25.75 
 
 		 304 aa  45.8  0.002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000321675 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2411  hypothetical protein  31.4 
 
 		 235 aa  44.7  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0196875  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0449  Sel1 domain-containing protein  35.56 
 
 		 276 aa  45.1  0.003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3559  Sel1 domain protein repeat-containing protein  32.56 
 
 		 267 aa  45.1  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0432  hypothetical protein  35.58 
 
 		 1002 aa  45.1  0.003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0267452 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3770  Sel1 domain-containing protein  41.18 
 
 		 268 aa  44.7  0.004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.476398  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4785  Sel1 domain protein repeat-containing protein  27.87 
 
 		 181 aa  44.3  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0833699 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4839  Sel1 domain-containing protein  27.87 
 
 		 181 aa  44.3  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4661  Sel1 domain-containing protein  28.1 
 
 		 181 aa  43.5  0.008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.150722  normal  0.332421 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3011  Sel1 domain-containing protein  28.69 
 
 		 278 aa  43.5  0.009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.652997 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>