34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1240 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1240  alginate biosynthesis protein AlgK  100 
 
 		 470 aa  948    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.617938  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1060  Sel1 repeat-containing protein  94.26 
 
 		 470 aa  897    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.190754  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0957  Sel1 repeat-containing protein  72.98 
 
 		 468 aa  692    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.505154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4564  Sel1 domain-containing protein  69.26 
 
 		 516 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.392578  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1285  Sel1 domain protein repeat-containing protein  68.97 
 
 		 484 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.000475097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4440  Sel1 domain-containing protein  68.53 
 
 		 477 aa  601  1e-170  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.736326  normal  0.553998 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0886  Sel1 domain-containing protein  69.04 
 
 		 475 aa  585  1e-166  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.488862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18520  alginate biosynthetic protein AlgK precursor  61.56 
 
 		 475 aa  538  1e-151  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.119912  normal  0.727737 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1602  alginate biosynthetic protein AlgK precursor  60.85 
 
 		 475 aa  527  1e-148  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10940  Alginate biosynthetic protein AlgK  57.21 
 
 		 457 aa  511  1e-144  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.665621  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1028  Sel1 domain-containing protein  54.19 
 
 		 458 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2985  Sel1 domain-containing protein  30.81 
 
 		 504 aa  55.1  0.000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2652  Sel1 domain-containing protein  32.39 
 
 		 410 aa  55.1  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.52998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0852  hypothetical protein  29.84 
 
 		 789 aa  52  0.00002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00159871 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1450  peptidoglycan binding domain-containing protein  32.58 
 
 		 997 aa  51.2  0.00004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0762725 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0854  hypothetical protein  25.07 
 
 		 684 aa  50.8  0.00005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00109274 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2045  Sel1 domain protein repeat-containing protein  27.35 
 
 		 865 aa  50.1  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2705  Sel1 repeat-containing protein  28.57 
 
 		 241 aa  48.1  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1217  hypothetical protein  36.89 
 
 		 1402 aa  46.2  0.001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000624156 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2457  Sel1  30.3 
 
 		 348 aa  45.4  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.392587  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2814  Sel1 domain-containing protein  32.99 
 
 		 285 aa  45.4  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.499703  normal  0.271127 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1674  hypothetical protein  32.22 
 
 		 491 aa  45.1  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.411481  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3559  Sel1 domain protein repeat-containing protein  33.58 
 
 		 267 aa  44.7  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1337  Sel1 domain-containing protein  32.39 
 
 		 181 aa  44.7  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0906035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3770  Sel1 domain-containing protein  41.18 
 
 		 268 aa  44.7  0.004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.476398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1767  hypothetical protein  35.64 
 
 		 1037 aa  44.7  0.004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.636968 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2310  Sel1 domain protein repeat-containing protein  36.45 
 
 		 321 aa  44.7  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.519602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2686  hypothetical protein  36.45 
 
 		 365 aa  44.7  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.715666  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0851  hypothetical protein  29.41 
 
 		 961 aa  44.3  0.005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00404215 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1504  Sel1 domain protein repeat-containing protein  33.91 
 
 		 528 aa  44.3  0.005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2952  Sel1 domain-containing protein  31.96 
 
 		 285 aa  43.9  0.006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1212  hypothetical protein  24.29 
 
 		 304 aa  43.9  0.007  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000321675 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0895  hypothetical protein  33.04 
 
 		 1493 aa  43.5  0.008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.213201 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4839  Sel1 domain-containing protein  27.35 
 
 		 181 aa  43.1  0.01  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>