More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3424 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_3424  pyruvate carboxyltransferase  100 
 
 		 387 aa  798    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0602877  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1986  2-isopropylmalate synthase  77.37 
 
 		 503 aa  621  1e-177  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.680034 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5897  pyruvate carboxyltransferase  72.31 
 
 		 379 aa  568  1e-161  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.277778  normal  0.176603 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3670  pyruvate carboxyltransferase  71.58 
 
 		 384 aa  560  1e-158  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0979499  normal  0.164371 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3741  2-isopropylmalate synthase  66.76 
 
 		 386 aa  511  1e-144  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2865  pyruvate carboxyltransferase  62.37 
 
 		 393 aa  478  1e-134  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.134152  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1866  2-isopropylmalate synthase  59.52 
 
 		 510 aa  436  1e-121  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.229145 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0306  2-isopropylmalate synthase  56.45 
 
 		 503 aa  437  1e-121  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.168492 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1190  2-isopropylmalate synthase  54.72 
 
 		 503 aa  432  1e-120  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.636554  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0595  2-isopropylmalate synthase  56.99 
 
 		 532 aa  432  1e-120  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000207046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2143  2-isopropylmalate synthase  55.21 
 
 		 509 aa  431  1e-120  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.151808  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0226  2-isopropylmalate synthase  53.7 
 
 		 525 aa  429  1e-119  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.885298  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0602  2-isopropylmalate synthase  55.84 
 
 		 522 aa  426  1e-118  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1126  2-isopropylmalate synthase  54.85 
 
 		 536 aa  422  1e-117  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08820  2-isopropylmalate synthase  56.14 
 
 		 513 aa  424  1e-117  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.834737  normal  0.224483 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0739  2-isopropylmalate synthase  55.84 
 
 		 524 aa  416  9.999999999999999e-116  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001656  2-isopropylmalate synthase  53.66 
 
 		 515 aa  415  9.999999999999999e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0392  2-isopropylmalate synthase  53.12 
 
 		 517 aa  416  9.999999999999999e-116  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2065  2-isopropylmalate synthase  53.14 
 
 		 516 aa  412  1e-114  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0285  2-isopropylmalate synthase  53.7 
 
 		 505 aa  413  1e-114  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0830  2-isopropylmalate synthase  52.55 
 
 		 505 aa  411  1e-113  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.141095  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0749  2-isopropylmalate synthase  52.82 
 
 		 505 aa  410  1e-113  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0355  2-isopropylmalate synthase  53.83 
 
 		 509 aa  409  1e-113  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03085  2-isopropylmalate synthase  54.62 
 
 		 515 aa  409  1e-113  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0386  2-isopropylmalate synthase  53.08 
 
 		 522 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2174  2-isopropylmalate synthase  54.81 
 
 		 523 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4236  2-isopropylmalate synthase  53.35 
 
 		 522 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2153  2-isopropylmalate synthase  53.65 
 
 		 516 aa  405  1.0000000000000001e-112  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0385  2-isopropylmalate synthase  53.08 
 
 		 522 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0190  pyruvate carboxyltransferase  53.46 
 
 		 393 aa  405  1.0000000000000001e-112  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0397  2-isopropylmalate synthase  53.08 
 
 		 522 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000563336 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2255  2-isopropylmalate synthase  52.91 
 
 		 517 aa  407  1.0000000000000001e-112  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2011  pyruvate carboxyltransferase  55.32 
 
 		 382 aa  406  1.0000000000000001e-112  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000219669  normal  0.234944 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_734  isopropylmalate/homocitrate/citramalate synthase  52.28 
 
 		 505 aa  407  1.0000000000000001e-112  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.368888  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4550  2-isopropylmalate synthase  53.08 
 
 		 523 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.518555  normal  0.0133708 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00817  2-isopropylmalate synthase  52.09 
 
 		 544 aa  407  1.0000000000000001e-112  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3268  2-isopropylmalate synthase  53.77 
 
 		 519 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.983126  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2253  2-isopropylmalate synthase  53.32 
 
 		 541 aa  406  1.0000000000000001e-112  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.412449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0368  2-isopropylmalate synthase  52.82 
 
 		 522 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29150  predicted protein  52.01 
 
 		 624 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1721  2-isopropylmalate synthase  54.29 
 
 		 522 aa  406  1.0000000000000001e-112  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.455277 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0335  2-isopropylmalate synthase  52.28 
 
 		 522 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2275  2-isopropylmalate synthase  50.91 
 
 		 514 aa  402  1e-111  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0471  2-isopropylmalate synthase  53.08 
 
 		 522 aa  404  1e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3828  2-isopropylmalate synthase  53.35 
 
 		 523 aa  404  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.507391  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0832  2-isopropylmalate synthase  52.14 
 
 		 536 aa  403  1e-111  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1265  2-isopropylmalate synthase  54.03 
 
 		 512 aa  401  1e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000029461  decreased coverage  0.00000000000565514 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3588  2-isopropylmalate synthase  52.82 
 
 		 522 aa  404  1e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3820  2-isopropylmalate synthase  52.55 
 
 		 522 aa  404  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0860  2-isopropylmalate synthase  52.14 
 
 		 536 aa  403  1e-111  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.872251 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0411  2-isopropylmalate synthase  52.82 
 
 		 522 aa  403  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000204337 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3761  2-isopropylmalate synthase  52.82 
 
 		 522 aa  404  1e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.211233 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3472  2-isopropylmalate synthase  52.28 
 
 		 523 aa  403  1e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.817295 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0377  2-isopropylmalate synthase  52.25 
 
 		 515 aa  403  1e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1906  2-isopropylmalate synthase  52.96 
 
 		 512 aa  399  9.999999999999999e-111  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00355798  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4208  2-isopropylmalate synthase  53.02 
 
 		 526 aa  401  9.999999999999999e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1183  2-isopropylmalate synthase  52.73 
 
 		 515 aa  400  9.999999999999999e-111  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1948  2-isopropylmalate synthase  53 
 
 		 512 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2111  2-isopropylmalate synthase  53.32 
 
 		 531 aa  399  9.999999999999999e-111  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.556699  normal  0.462239 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1553  2-isopropylmalate synthase  51.81 
 
 		 556 aa  400  9.999999999999999e-111  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.491054 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0745  2-isopropylmalate synthase  51.57 
 
 		 524 aa  401  9.999999999999999e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2715  2-isopropylmalate synthase  50.13 
 
 		 520 aa  399  9.999999999999999e-111  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3607  2-isopropylmalate synthase  51.31 
 
 		 532 aa  400  9.999999999999999e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3715  2-isopropylmalate synthase  52.69 
 
 		 516 aa  401  9.999999999999999e-111  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000112658  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3535  2-isopropylmalate synthase  52.36 
 
 		 520 aa  399  9.999999999999999e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2936  2-isopropylmalate synthase  52.36 
 
 		 520 aa  399  9.999999999999999e-111  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0849  2-isopropylmalate synthase  54.81 
 
 		 523 aa  399  9.999999999999999e-111  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.118383  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0505  2-isopropylmalate synthase  51.44 
 
 		 507 aa  400  9.999999999999999e-111  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1965  2-isopropylmalate synthase  51.55 
 
 		 556 aa  399  9.999999999999999e-111  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.130131 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3795  2-isopropylmalate synthase  52.15 
 
 		 532 aa  399  9.999999999999999e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.946227  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0393  2-isopropylmalate synthase  53.08 
 
 		 523 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000340876 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1774  2-isopropylmalate synthase  53 
 
 		 512 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1758  2-isopropylmalate synthase  53.48 
 
 		 520 aa  399  9.999999999999999e-111  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3405  2-isopropylmalate synthase  52.36 
 
 		 520 aa  399  9.999999999999999e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3559  2-isopropylmalate synthase  51.6 
 
 		 528 aa  396  1e-109  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.296689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3434  2-isopropylmalate synthase  52.38 
 
 		 508 aa  397  1e-109  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2516  2-isopropylmalate synthase  51.3 
 
 		 511 aa  396  1e-109  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3171  2-isopropylmalate synthase  51.59 
 
 		 505 aa  397  1e-109  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.194336  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1077  2-isopropylmalate synthase  51.53 
 
 		 546 aa  397  1e-109  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1897  2-isopropylmalate synthase  50 
 
 		 523 aa  397  1e-109  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1981  2-isopropylmalate synthase  50.26 
 
 		 523 aa  397  1e-109  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0517  2-isopropylmalate synthase  51.07 
 
 		 515 aa  396  1e-109  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000128624  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0632  2-isopropylmalate synthase  51.88 
 
 		 525 aa  397  1e-109  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.310101  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2477  2-isopropylmalate synthase  52.15 
 
 		 516 aa  395  1e-109  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0093  2-isopropylmalate synthase  51.72 
 
 		 521 aa  397  1e-109  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0690  2-isopropylmalate synthase  51.56 
 
 		 516 aa  395  1e-109  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11711  2-isopropylmalate synthase  51.02 
 
 		 546 aa  396  1e-109  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42440  2-isopropylmalate synthase  50.78 
 
 		 516 aa  397  1e-109  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.892988  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1874  2-isopropylmalate synthase  49.22 
 
 		 522 aa  394  1e-108  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0315845 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0989  2-isopropylmalate synthase  52.41 
 
 		 515 aa  392  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000770176 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2101  2-isopropylmalate synthase  51.45 
 
 		 513 aa  392  1e-108  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0462257  normal  0.390804 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1907  2-isopropylmalate synthase  51.59 
 
 		 513 aa  392  1e-108  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3235  2-isopropylmalate synthase  49.61 
 
 		 521 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.134931  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2777  2-isopropylmalate synthase  49.47 
 
 		 511 aa  393  1e-108  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0334  2-isopropylmalate synthase  52.41 
 
 		 522 aa  392  1e-108  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1243  2-isopropylmalate synthase  52.67 
 
 		 568 aa  393  1e-108  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0594  2-isopropylmalate synthase  51.61 
 
 		 524 aa  392  1e-108  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11721  2-isopropylmalate synthase  50.77 
 
 		 546 aa  394  1e-108  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0903  2-isopropylmalate synthase  53.56 
 
 		 513 aa  394  1e-108  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0478  2-isopropylmalate synthase  51.88 
 
 		 518 aa  393  1e-108  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00000102603  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>