More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3670 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3670  pyruvate carboxyltransferase  100 
 
 		 384 aa  786    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0979499  normal  0.164371 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5897  pyruvate carboxyltransferase  80.47 
 
 		 379 aa  641    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.277778  normal  0.176603 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1986  2-isopropylmalate synthase  70.74 
 
 		 503 aa  563  1.0000000000000001e-159  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.680034 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3424  pyruvate carboxyltransferase  71.58 
 
 		 387 aa  560  1e-158  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0602877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3741  2-isopropylmalate synthase  66.84 
 
 		 386 aa  526  1e-148  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2865  pyruvate carboxyltransferase  62.8 
 
 		 393 aa  467  9.999999999999999e-131  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.134152  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1866  2-isopropylmalate synthase  61.84 
 
 		 510 aa  458  9.999999999999999e-129  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.229145 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08820  2-isopropylmalate synthase  60.79 
 
 		 513 aa  454  1.0000000000000001e-126  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.834737  normal  0.224483 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3268  2-isopropylmalate synthase  56.46 
 
 		 519 aa  436  1e-121  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.983126  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03085  2-isopropylmalate synthase  57.07 
 
 		 515 aa  433  1e-120  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0385  2-isopropylmalate synthase  55.29 
 
 		 522 aa  430  1e-119  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4236  2-isopropylmalate synthase  54.5 
 
 		 522 aa  428  1e-119  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0471  2-isopropylmalate synthase  55.29 
 
 		 522 aa  429  1e-119  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3828  2-isopropylmalate synthase  55.03 
 
 		 523 aa  428  1e-119  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.507391  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0632  2-isopropylmalate synthase  56.35 
 
 		 525 aa  428  1e-119  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.310101  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0397  2-isopropylmalate synthase  55.29 
 
 		 522 aa  430  1e-119  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000563336 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0306  2-isopropylmalate synthase  54.9 
 
 		 503 aa  428  1e-119  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.168492 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3472  2-isopropylmalate synthase  53.83 
 
 		 523 aa  427  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.817295 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0386  2-isopropylmalate synthase  55.03 
 
 		 522 aa  427  1e-118  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0392  2-isopropylmalate synthase  55.94 
 
 		 517 aa  427  1e-118  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3588  2-isopropylmalate synthase  54.23 
 
 		 522 aa  426  1e-118  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0368  2-isopropylmalate synthase  54.23 
 
 		 522 aa  427  1e-118  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0411  2-isopropylmalate synthase  54.76 
 
 		 522 aa  425  1e-118  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000204337 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3761  2-isopropylmalate synthase  54.23 
 
 		 522 aa  426  1e-118  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.211233 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1190  2-isopropylmalate synthase  54.67 
 
 		 503 aa  425  1e-118  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.636554  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0393  2-isopropylmalate synthase  54.23 
 
 		 523 aa  424  1e-117  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000340876 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4550  2-isopropylmalate synthase  54.23 
 
 		 523 aa  424  1e-117  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.518555  normal  0.0133708 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3820  2-isopropylmalate synthase  54.62 
 
 		 522 aa  423  1e-117  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2143  2-isopropylmalate synthase  54.64 
 
 		 509 aa  422  1e-117  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.151808  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0595  2-isopropylmalate synthase  55.67 
 
 		 532 aa  423  1e-117  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000207046  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2011  pyruvate carboxyltransferase  58.54 
 
 		 382 aa  422  1e-117  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000219669  normal  0.234944 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0335  2-isopropylmalate synthase  53.7 
 
 		 522 aa  421  1e-117  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0602  2-isopropylmalate synthase  54.95 
 
 		 522 aa  418  1e-116  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3607  2-isopropylmalate synthase  55.03 
 
 		 532 aa  419  1e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0226  2-isopropylmalate synthase  55.26 
 
 		 525 aa  418  1e-116  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.885298  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001656  2-isopropylmalate synthase  54.35 
 
 		 515 aa  418  1e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0285  2-isopropylmalate synthase  54.47 
 
 		 505 aa  419  1e-116  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2065  2-isopropylmalate synthase  55.67 
 
 		 516 aa  418  1e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3795  2-isopropylmalate synthase  55.03 
 
 		 532 aa  419  1e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.946227  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0830  2-isopropylmalate synthase  54.11 
 
 		 505 aa  415  9.999999999999999e-116  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.141095  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00817  2-isopropylmalate synthase  54.62 
 
 		 544 aa  416  9.999999999999999e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0745  2-isopropylmalate synthase  53.97 
 
 		 524 aa  416  9.999999999999999e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0594  2-isopropylmalate synthase  55.03 
 
 		 524 aa  417  9.999999999999999e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00076  2-isopropylmalate synthase  54.76 
 
 		 523 aa  414  1e-114  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3524  2-isopropylmalate synthase  54.76 
 
 		 523 aa  414  1e-114  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2936  2-isopropylmalate synthase  54.76 
 
 		 520 aa  414  1e-114  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0749  2-isopropylmalate synthase  54.11 
 
 		 505 aa  413  1e-114  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0377  2-isopropylmalate synthase  53.93 
 
 		 515 aa  412  1e-114  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1758  2-isopropylmalate synthase  53.97 
 
 		 520 aa  412  1e-114  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0068  2-isopropylmalate synthase  54.76 
 
 		 523 aa  414  1e-114  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0081  2-isopropylmalate synthase  54.76 
 
 		 523 aa  414  1e-114  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3535  2-isopropylmalate synthase  54.76 
 
 		 520 aa  414  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3583  2-isopropylmalate synthase  54.76 
 
 		 523 aa  414  1e-114  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000384081 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3405  2-isopropylmalate synthase  54.76 
 
 		 520 aa  414  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0079  2-isopropylmalate synthase  54.76 
 
 		 523 aa  414  1e-114  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0190  pyruvate carboxyltransferase  53.77 
 
 		 393 aa  414  1e-114  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0077  2-isopropylmalate synthase  54.76 
 
 		 523 aa  414  1e-114  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00075  hypothetical protein  54.76 
 
 		 523 aa  414  1e-114  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0079  2-isopropylmalate synthase  54.76 
 
 		 523 aa  414  1e-114  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.999327 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4208  2-isopropylmalate synthase  54.76 
 
 		 526 aa  411  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1126  2-isopropylmalate synthase  54.73 
 
 		 536 aa  408  1e-113  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0355  2-isopropylmalate synthase  54.4 
 
 		 509 aa  408  1e-113  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1265  2-isopropylmalate synthase  55.59 
 
 		 512 aa  410  1e-113  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000029461  decreased coverage  0.00000000000565514 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_734  isopropylmalate/homocitrate/citramalate synthase  53.85 
 
 		 505 aa  411  1e-113  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.368888  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0622  2-isopropylmalate synthase  53.33 
 
 		 523 aa  405  1.0000000000000001e-112  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0282494 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0334  2-isopropylmalate synthase  53.51 
 
 		 522 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0832  2-isopropylmalate synthase  53.79 
 
 		 536 aa  405  1.0000000000000001e-112  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0216  2-isopropylmalate synthase  52.77 
 
 		 519 aa  407  1.0000000000000001e-112  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.408005 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2477  2-isopropylmalate synthase  52.8 
 
 		 516 aa  405  1.0000000000000001e-112  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0860  2-isopropylmalate synthase  53.79 
 
 		 536 aa  405  1.0000000000000001e-112  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.872251 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1906  2-isopropylmalate synthase  54.26 
 
 		 512 aa  403  1e-111  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00355798  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0739  2-isopropylmalate synthase  55.12 
 
 		 524 aa  402  1e-111  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2255  2-isopropylmalate synthase  53.32 
 
 		 517 aa  402  1e-111  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1193  2-isopropylmalate synthase  52.11 
 
 		 504 aa  403  1e-111  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.408954  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3715  2-isopropylmalate synthase  53.46 
 
 		 516 aa  404  1e-111  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000112658  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1965  2-isopropylmalate synthase  53.56 
 
 		 556 aa  400  9.999999999999999e-111  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.130131 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1553  2-isopropylmalate synthase  53.56 
 
 		 556 aa  400  9.999999999999999e-111  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.491054 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0129  2-isopropylmalate synthase  52.91 
 
 		 523 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0229765 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0129  2-isopropylmalate synthase  52.91 
 
 		 523 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1897  2-isopropylmalate synthase  51.99 
 
 		 523 aa  399  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1907  2-isopropylmalate synthase  52.39 
 
 		 513 aa  401  9.999999999999999e-111  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0122  2-isopropylmalate synthase  52.91 
 
 		 523 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.624748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3325  2-isopropylmalate synthase  53.46 
 
 		 519 aa  399  9.999999999999999e-111  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0124  2-isopropylmalate synthase  52.91 
 
 		 523 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.041588 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1981  2-isopropylmalate synthase  51.99 
 
 		 523 aa  399  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42440  2-isopropylmalate synthase  51.83 
 
 		 516 aa  398  9.999999999999999e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.892988  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2918  2-isopropylmalate synthase  53.02 
 
 		 407 aa  398  9.999999999999999e-111  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.447422  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0478  2-isopropylmalate synthase  53.99 
 
 		 518 aa  399  9.999999999999999e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00000102603  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1874  2-isopropylmalate synthase  51.32 
 
 		 522 aa  398  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0315845 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1948  2-isopropylmalate synthase  52.76 
 
 		 512 aa  398  9.999999999999999e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1774  2-isopropylmalate synthase  52.76 
 
 		 512 aa  398  9.999999999999999e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0125  2-isopropylmalate synthase  52.91 
 
 		 523 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.16499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0438  2-isopropylmalate synthase  50.79 
 
 		 504 aa  395  1e-109  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.734565  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1183  2-isopropylmalate synthase  53.58 
 
 		 515 aa  395  1e-109  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2742  2-isopropylmalate synthase  53.19 
 
 		 515 aa  395  1e-109  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1499  2-isopropylmalate synthase  53.19 
 
 		 515 aa  395  1e-109  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1982  2-isopropylmalate synthase  51.46 
 
 		 523 aa  395  1e-109  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.527114  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2153  2-isopropylmalate synthase  52.85 
 
 		 516 aa  395  1e-109  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3108  2-isopropylmalate synthase  52.49 
 
 		 512 aa  397  1e-109  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.462035 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2041  2-isopropylmalate synthase  53.3 
 
 		 511 aa  397  1e-109  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>