More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1456 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1456  HxlR family transcriptional regulator  100 
 
 		 163 aa  327  6e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2008  HxlR family transcriptional regulator  44.76 
 
 		 165 aa  110  6e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1043  transcriptional regulator, HxlR family  43.24 
 
 		 159 aa  105  3e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.247378  normal  0.0761262 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3961  transcriptional regulator, HxlR family  43.31 
 
 		 183 aa  103  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00918513  normal  0.0163124 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9299  transcriptional regulator, HxlR family  44.78 
 
 		 176 aa  103  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3847  transcriptional regulator, HxlR family  43.31 
 
 		 183 aa  103  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00000228408  normal  0.91917 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1362  transcriptional regulator, HxlR family  44.8 
 
 		 147 aa  102  2e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.797488  normal  0.941236 
 
 
-
 
NC_003296  RS05541  hypothetical protein  41.86 
 
 		 183 aa  101  6e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.12073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1125  HxlR family transcriptional regulator  46.79 
 
 		 152 aa  97.4  8e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.985567  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4816  putative transcriptional regulator  40.13 
 
 		 165 aa  97.1  9e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.348008  normal  0.897664 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0945  transcriptional regulator, HxlR family  45.36 
 
 		 160 aa  95.9  2e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1705  HxlR family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 151 aa  95.1  3e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.188741  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3059  HxlR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 169 aa  95.5  3e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2559  HxlR family transcriptional regulator  43.38 
 
 		 150 aa  94.7  4e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.322435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3652  HxlR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 164 aa  94  8e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.229501  hitchhiker  9.17925e-19 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6614  transcriptional regulator, HxlR family  41.59 
 
 		 158 aa  94  8e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.113914 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0559  transcriptional regulator, HxlR family  43.69 
 
 		 149 aa  93.2  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.427048 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4650  putative transcriptional regulator  40.29 
 
 		 177 aa  93.6  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.807438  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0274  helix-turn-helix HxlR type  41.86 
 
 		 157 aa  92.4  2e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.117164  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4858  hypothetical protein  41.01 
 
 		 165 aa  92.8  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0825  putative transcriptional regulator  46.32 
 
 		 121 aa  92.4  2e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.661456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2274  transcriptional regulator, HxlR family  39.58 
 
 		 161 aa  92  3e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0555  HxlR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 147 aa  92  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.938313  normal  0.153039 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6089  transcriptional regulator, HxlR family  42.24 
 
 		 166 aa  91.7  4e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.289609  normal  0.074311 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1002  HxlR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 167 aa  90.9  6e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.263517  normal  0.892356 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1942  transcriptional regulator, HxlR family  40 
 
 		 168 aa  90.9  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1756  transcriptional regulator, HxlR family  43.43 
 
 		 168 aa  90.5  9e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0278537  normal  0.0530387 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2618  HxlR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 162 aa  90.5  9e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.863604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4116  HxlR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 163 aa  89.7  1e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.740581  normal  0.89012 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5152  hypothetical protein  44.79 
 
 		 188 aa  89.4  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0727486 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3317  transcriptional regulatory protein  45.63 
 
 		 154 aa  89.7  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2395  transcriptional regulator, putative  45.63 
 
 		 178 aa  89.4  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0237  hypothetical protein  40.74 
 
 		 177 aa  89.4  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1172  putative transcriptional regulator  45.63 
 
 		 154 aa  89.4  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1750  HxlR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 175 aa  89  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000237098  decreased coverage  0.000000333009 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3351  putative transcriptional regulator  45.63 
 
 		 154 aa  89.4  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.749409  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1643  HxlR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 155 aa  89  2e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0771001  normal  0.50601 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01410  hypothetical protein  41.86 
 
 		 157 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2581  putative transcriptional regulator  45.63 
 
 		 154 aa  89.4  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2459  transcriptional regulator, HxlR family  38.76 
 
 		 209 aa  88.6  3e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5249  HxlR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 193 aa  89  3e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.222556 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3362  transcriptional regulatory protein  45.63 
 
 		 268 aa  89  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.107485  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3217  putative transcriptional regulator  37.5 
 
 		 170 aa  88.2  4e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0311  putative transcriptional regulator  45.63 
 
 		 244 aa  88.2  4e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2760  transcriptional regulator, HxlR family  45.92 
 
 		 168 aa  87.8  5e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000627135 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3584  HxlR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 149 aa  87.4  7e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.645738  normal  0.125361 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4546  transcriptional regulator HxlR family  38.46 
 
 		 193 aa  87.4  7e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.013645  normal  0.292561 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1171  HxlR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 149 aa  87.4  7e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13112  transcriptional regulator  38.93 
 
 		 158 aa  87.4  8e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0191  hypothetical protein  39.53 
 
 		 157 aa  87  9e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3799  transcriptional regulator, HxlR family  43.56 
 
 		 143 aa  86.3  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.466699  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0705  helix-turn-helix HxlR type  46.94 
 
 		 150 aa  87  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.708221 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0502  HxlR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 147 aa  86.3  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0537  HxlR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 147 aa  86.3  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0235  hypothetical protein  35.71 
 
 		 172 aa  86.3  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5284  HxlR family transcriptional regulator  40.37 
 
 		 145 aa  86.3  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0155969 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2369  transcriptional regulator, HxlR family  40.87 
 
 		 158 aa  85.9  2e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2357  HxlR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 158 aa  86.3  2e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.874796 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3620  hypothetical protein  44.55 
 
 		 151 aa  86.3  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.394591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2318  HxlR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 158 aa  86.3  2e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.594125  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0718  transcriptional regulator, HxlR family  46.94 
 
 		 166 aa  85.9  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.360073  normal  0.543743 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5101  HxlR family transcriptional regulator  47.47 
 
 		 126 aa  86.3  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4731  putative transcriptional regulator  46.24 
 
 		 147 aa  86.3  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2365  HxlR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 158 aa  86.3  2e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00413134  normal  0.867311 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3781  HxlR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 162 aa  85.5  3e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.397323  normal  0.659727 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4945  HxlR family transcriptional regulator  40.46 
 
 		 164 aa  85.5  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4153  transcriptional regulator, HxlR family  45.92 
 
 		 160 aa  85.5  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3999  transcriptional regulator, HxlR family  46.24 
 
 		 163 aa  85.1  4e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3886  transcriptional regulator, HxlR family  46.24 
 
 		 163 aa  85.1  4e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.321119 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5397  transcriptional regulator, HxlR family  43 
 
 		 290 aa  85.1  4e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.236016  normal  0.371514 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2705  HxlR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 147 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3667  hypothetical protein  36.92 
 
 		 146 aa  84.7  5e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.452017  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1513  HxlR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 179 aa  84.3  6e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.351588 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2987  hypothetical protein  42.42 
 
 		 187 aa  84.3  7e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.080358 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0545  putative transcriptional regulator  36.64 
 
 		 179 aa  84.3  7e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1502  HxlR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 160 aa  84  8e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7474  transcriptional regulator, HxlR family  44.23 
 
 		 161 aa  83.6  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3459  HxlR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 171 aa  83.6  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.892877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1482  HxlR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 160 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1106  HxlR family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 162 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0996  transcriptional regulator, HxlR family  38.78 
 
 		 150 aa  82.4  0.000000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1586  HxlR family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 162 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2035  HxlR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 154 aa  82  0.000000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.358691 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1848  putative transcriptional regulator  40.62 
 
 		 149 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.510456  normal  0.252044 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0547  HxlR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 147 aa  82  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.660753  normal  0.959277 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4183  HxlR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 149 aa  82.4  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4183  HxlR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 149 aa  82.4  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.186665 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3334  HxlR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 149 aa  82.4  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5484  HxlR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 148 aa  81.6  0.000000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.199529  normal  0.962234 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29060  putative transcriptional regulator  39.42 
 
 		 159 aa  81.6  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000757508 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2265  HxlR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 156 aa  81.6  0.000000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.528926  normal  0.12289 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43720  hypothetical protein  36.92 
 
 		 146 aa  81.6  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5646  transcriptional regulator, HxlR family  38.52 
 
 		 150 aa  80.9  0.000000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1563  HxlR family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 162 aa  80.9  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5126  HxlR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 152 aa  80.9  0.000000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2587  transcriptional regulator, HxlR family  38.33 
 
 		 176 aa  80.9  0.000000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.305153 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2048  transcriptional regulator, HxlR family  41.05 
 
 		 147 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000154982 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1663  transcriptional regulator, HxlR family  42.16 
 
 		 280 aa  79.7  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.10638 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4724  HxlR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 162 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.452524 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4908  HxlR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 156 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.186551  hitchhiker  0.000216293 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>