More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1346 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1346  methylisocitrate lyase  100 
 
 		 304 aa  604  9.999999999999999e-173  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.183799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2648  methylisocitrate lyase  80.67 
 
 		 305 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.843725  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4791  2,3-dimethylmalate lyase  77 
 
 		 307 aa  449  1e-125  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.147274  normal  0.246336 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2320  2,3-dimethylmalate lyase  75.33 
 
 		 306 aa  442  1e-123  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0895569  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3510  methylisocitrate lyase  75.33 
 
 		 306 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.120815  normal  0.0535493 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0650  methylisocitrate lyase  78.67 
 
 		 304 aa  443  1e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0622  methylisocitrate lyase  73.33 
 
 		 304 aa  428  1e-119  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1726  methylisocitrate lyase  51.84 
 
 		 302 aa  300  2e-80  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0800  methylisocitrate lyase  50.83 
 
 		 307 aa  296  2e-79  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0629223  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0624  2,3-dimethylmalate lyase  53.66 
 
 		 306 aa  290  2e-77  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2127  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  50.17 
 
 		 302 aa  288  7e-77  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2113  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  50.17 
 
 		 302 aa  288  7e-77  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2369  methylisocitrate lyase  50.17 
 
 		 302 aa  288  7e-77  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2317  methylisocitrate lyase  50.17 
 
 		 302 aa  288  8e-77  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2190  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  50.17 
 
 		 302 aa  287  1e-76  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2158  methylisocitrate lyase  49.83 
 
 		 302 aa  287  1e-76  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.081733  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2350  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  50.17 
 
 		 302 aa  287  1e-76  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2378  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  49.83 
 
 		 302 aa  287  2e-76  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.628231  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3008  methylisocitrate lyase  49.83 
 
 		 302 aa  286  2e-76  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.62358 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2452  methylisocitrate lyase  49.83 
 
 		 302 aa  286  2.9999999999999996e-76  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.344607  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1702  methylisocitrate lyase  51.06 
 
 		 304 aa  279  4e-74  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0394396 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0781  methylisocitrate lyase  51.9 
 
 		 311 aa  277  2e-73  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0783  methylisocitrate lyase  46.82 
 
 		 312 aa  273  2.0000000000000002e-72  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.649003 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0396  methylisocitrate lyase  49.45 
 
 		 285 aa  269  5e-71  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0696555  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0101  methylisocitrate lyase  48.12 
 
 		 308 aa  265  1e-69  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.248963  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0279  2,3-dimethylmalate lyase  48.12 
 
 		 274 aa  261  1e-68  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.577564  normal  0.130845 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0571  2-methylisocitrate lyase  48.49 
 
 		 298 aa  245  6.999999999999999e-64  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0506  2-methylisocitrate lyase  48.16 
 
 		 298 aa  244  9.999999999999999e-64  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0315  2-methylisocitrate lyase  47.12 
 
 		 292 aa  242  5e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3825  2-methylisocitrate lyase  47.12 
 
 		 292 aa  242  5e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1808  2-methylisocitrate lyase  47.2 
 
 		 302 aa  241  7.999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.988873  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2209  2-methylisocitrate lyase  49.1 
 
 		 294 aa  240  2e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.629465  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0141  2-methylisocitrate lyase  47.48 
 
 		 297 aa  240  2e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.758126  normal  0.590891 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2189  2-methylisocitrate lyase  47.12 
 
 		 297 aa  240  2e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5344  2-methylisocitrate lyase  47.12 
 
 		 297 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0562563  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4755  2-methylisocitrate lyase  47.12 
 
 		 297 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.730915  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5517  2-methylisocitrate lyase  47.12 
 
 		 297 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.36505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3629  2-methylisocitrate lyase  46.76 
 
 		 292 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0345  2-methylisocitrate lyase  46.4 
 
 		 292 aa  239  4e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3287  2-methylisocitrate lyase  45.68 
 
 		 297 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.179718  normal  0.0341449 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1072  2-methylisocitrate lyase  47.69 
 
 		 301 aa  238  1e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.765825  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2287  methylisocitrate lyase  46.04 
 
 		 297 aa  237  2e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.298126  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2334  2-methylisocitrate lyase  46.4 
 
 		 296 aa  236  4e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.474392  hitchhiker  0.0000364152 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4140  2-methylisocitrate lyase  45.68 
 
 		 292 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3436  2-methylisocitrate lyase  46.4 
 
 		 296 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00574123  normal  0.104863 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3644  2-methylisocitrate lyase  45.68 
 
 		 292 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2000  2-methylisocitrate lyase  46.08 
 
 		 303 aa  235  6e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.440629  normal  0.42713 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2085  2-methylisocitrate lyase  45.68 
 
 		 297 aa  235  6e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.36601  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1110  2-methylisocitrate lyase  45.02 
 
 		 296 aa  235  6e-61  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.452189 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1311  2-methylisocitrate lyase  44.37 
 
 		 296 aa  235  7e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0110415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4021  2-methylisocitrate lyase  45.32 
 
 		 292 aa  235  8e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4047  2-methylisocitrate lyase  45.32 
 
 		 292 aa  235  8e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3945  2-methylisocitrate lyase  45.32 
 
 		 292 aa  235  8e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1587  2-methylisocitrate lyase  45.88 
 
 		 302 aa  234  2.0000000000000002e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000235696  normal  0.470108 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0122  2-methylisocitrate lyase  46.43 
 
 		 298 aa  233  3e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.528863  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1831  2-methylisocitrate lyase  45.23 
 
 		 298 aa  233  3e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.464615 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3294  2-methylisocitrate lyase  44.76 
 
 		 294 aa  233  3e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.203078 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1775  2-methylisocitrate lyase  46.04 
 
 		 296 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.367112  hitchhiker  0.000175442 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03370  2-methylisocitrate lyase  43.88 
 
 		 291 aa  232  6e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1935  2-methylisocitrate lyase  45.32 
 
 		 294 aa  232  6e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146073  hitchhiker  0.00000021306 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0420  2-methylisocitrate lyase  45.68 
 
 		 295 aa  231  8.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0232158 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0408  2-methylisocitrate lyase  45.68 
 
 		 295 aa  231  8.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000002587 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0925  2-methylisocitrate lyase  43.88 
 
 		 292 aa  231  1e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2479  methylisocitrate lyase  45.52 
 
 		 304 aa  231  1e-59  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0974909  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0402  2-methylisocitrate lyase  45.68 
 
 		 295 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0400  2-methylisocitrate lyase  45.68 
 
 		 295 aa  230  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0664462  hitchhiker  0.000000000169441 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23210  2-methylisocitrate lyase  44.72 
 
 		 295 aa  230  2e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3496  methylisocitrate lyase  42.81 
 
 		 314 aa  230  2e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.146967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2655  2,3-dimethylmalate lyase  47.46 
 
 		 292 aa  229  4e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.147366  normal  0.299253 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2155  2-methylisocitrate lyase  45.23 
 
 		 298 aa  229  4e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0722195  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14150  methylisocitrate lyase  42.86 
 
 		 312 aa  229  5e-59  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3861  2-methylisocitrate lyase  44.6 
 
 		 298 aa  229  6e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3975  2-methylisocitrate lyase  44.6 
 
 		 298 aa  229  6e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.583072 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4356  2-methylisocitrate lyase  46.79 
 
 		 303 aa  229  6e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0462  2-methylisocitrate lyase  45.32 
 
 		 295 aa  228  7e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.237337  hitchhiker  0.00000000745318 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1509  2-methylisocitrate lyase  46.21 
 
 		 299 aa  228  7e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.265222  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1820  2-methylisocitrate lyase  43.88 
 
 		 292 aa  228  9e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02397  2-methylisocitrate lyase  43.21 
 
 		 298 aa  228  1e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2822  2-methylisocitrate lyase  44.96 
 
 		 296 aa  228  1e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2322  2-methylisocitrate lyase  43.46 
 
 		 292 aa  228  1e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.458801  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2499  2-methylisocitrate lyase  43.53 
 
 		 292 aa  228  1e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.741837  normal  0.047618 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4722  2-methylisocitrate lyase  44.96 
 
 		 298 aa  227  2e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1197  2-methylisocitrate lyase  43.49 
 
 		 297 aa  227  2e-58  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53940  2-methylisocitrate lyase  44.96 
 
 		 298 aa  227  2e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0108  methylisocitrate lyase  43.69 
 
 		 302 aa  226  3e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0279515  normal  0.0353052 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0952  2-methylisocitrate lyase  42.91 
 
 		 298 aa  226  3e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1764  2-methylisocitrate lyase  44.6 
 
 		 296 aa  226  4e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.662627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2111  2-methylisocitrate lyase  43.53 
 
 		 292 aa  226  4e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.12913  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1857  2-methylisocitrate lyase  43.53 
 
 		 292 aa  226  4e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0356  2-methylisocitrate lyase  44.1 
 
 		 296 aa  225  8e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00286  2-methylisocitrate lyase  43.75 
 
 		 296 aa  224  1e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3275  methylisocitrate lyase  43.75 
 
 		 296 aa  224  1e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00290  hypothetical protein  43.75 
 
 		 296 aa  224  1e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3293  2-methylisocitrate lyase  43.75 
 
 		 296 aa  224  1e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0397  2-methylisocitrate lyase  43.75 
 
 		 296 aa  224  2e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2400  2-methylisocitrate lyase  44.41 
 
 		 311 aa  224  2e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.951557  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0568  methylisocitrate lyase  46.4 
 
 		 298 aa  223  4e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0363  2-methylisocitrate lyase  43.4 
 
 		 296 aa  222  6e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0865  2-methylisocitrate lyase  43.93 
 
 		 299 aa  222  6e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.698029  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0403  2-methylisocitrate lyase  43.4 
 
 		 296 aa  222  6e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>