More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2155 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_2155  2-methylisocitrate lyase  100 
 
 
298 aa  606  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0722195  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1831  2-methylisocitrate lyase  96.64 
 
 
298 aa  588  1e-167  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.464615 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2000  2-methylisocitrate lyase  92.28 
 
 
303 aa  563  1.0000000000000001e-159  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.440629  normal  0.42713 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1808  2-methylisocitrate lyase  87.59 
 
 
302 aa  527  1e-149  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.988873  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1587  2-methylisocitrate lyase  86.6 
 
 
302 aa  524  1e-148  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000235696  normal  0.470108 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4722  2-methylisocitrate lyase  83.11 
 
 
298 aa  513  1e-144  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53940  2-methylisocitrate lyase  83.11 
 
 
298 aa  513  1e-144  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23210  2-methylisocitrate lyase  80.55 
 
 
295 aa  497  1e-140  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2334  2-methylisocitrate lyase  80.48 
 
 
296 aa  494  1e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.474392  hitchhiker  0.0000364152 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1775  2-methylisocitrate lyase  80.48 
 
 
296 aa  494  1e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.367112  hitchhiker  0.000175442 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1764  2-methylisocitrate lyase  79.05 
 
 
296 aa  494  1e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.662627  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3436  2-methylisocitrate lyase  80.48 
 
 
296 aa  494  1e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00574123  normal  0.104863 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1935  2-methylisocitrate lyase  80.14 
 
 
294 aa  494  1e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146073  hitchhiker  0.00000021306 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2287  methylisocitrate lyase  76.77 
 
 
297 aa  486  1e-136  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.298126  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2085  2-methylisocitrate lyase  76.77 
 
 
297 aa  485  1e-136  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.36601  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4356  2-methylisocitrate lyase  79.59 
 
 
303 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3030  2-methylisocitrate lyase  76.09 
 
 
297 aa  468  1.0000000000000001e-131  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.424816  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0363  2-methylisocitrate lyase  76.21 
 
 
296 aa  464  9.999999999999999e-131  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00286  2-methylisocitrate lyase  75.86 
 
 
296 aa  462  1e-129  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3275  methylisocitrate lyase  75.86 
 
 
296 aa  462  1e-129  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00290  hypothetical protein  75.86 
 
 
296 aa  462  1e-129  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0397  2-methylisocitrate lyase  75.86 
 
 
296 aa  461  1e-129  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0356  2-methylisocitrate lyase  76.21 
 
 
296 aa  463  1e-129  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0403  2-methylisocitrate lyase  75.52 
 
 
296 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3293  2-methylisocitrate lyase  75.86 
 
 
296 aa  460  9.999999999999999e-129  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0420  2-methylisocitrate lyase  74.83 
 
 
295 aa  454  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0232158 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0408  2-methylisocitrate lyase  74.83 
 
 
295 aa  454  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000002587 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0402  2-methylisocitrate lyase  74.83 
 
 
295 aa  454  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0400  2-methylisocitrate lyase  74.83 
 
 
295 aa  454  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0664462  hitchhiker  0.000000000169441 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0462  2-methylisocitrate lyase  74.48 
 
 
295 aa  451  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.237337  hitchhiker  0.00000000745318 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2080  2-methylisocitrate lyase  74.06 
 
 
295 aa  447  1e-125  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.734153  normal  0.114818 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02718  2-methylisocitrate lyase  74.32 
 
 
298 aa  439  9.999999999999999e-123  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1509  2-methylisocitrate lyase  72.54 
 
 
299 aa  436  1e-121  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.265222  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0925  2-methylisocitrate lyase  69.2 
 
 
292 aa  413  1e-114  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1820  2-methylisocitrate lyase  66.21 
 
 
292 aa  403  1e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1857  2-methylisocitrate lyase  65.17 
 
 
292 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003388  methylisocitrate lyase  64.86 
 
 
298 aa  397  1e-109  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3287  2-methylisocitrate lyase  66.67 
 
 
297 aa  395  1e-109  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.179718  normal  0.0341449 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1666  2-methylisocitrate lyase  65.54 
 
 
295 aa  397  1e-109  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0141  2-methylisocitrate lyase  65.99 
 
 
297 aa  395  1e-109  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.758126  normal  0.590891 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0952  2-methylisocitrate lyase  64.63 
 
 
298 aa  396  1e-109  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02397  2-methylisocitrate lyase  63.85 
 
 
298 aa  395  1e-109  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1197  2-methylisocitrate lyase  64.97 
 
 
297 aa  396  1e-109  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5517  2-methylisocitrate lyase  65.99 
 
 
297 aa  394  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.36505  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1110  2-methylisocitrate lyase  64.63 
 
 
296 aa  392  1e-108  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.452189 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4755  2-methylisocitrate lyase  65.99 
 
 
297 aa  394  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.730915  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2499  2-methylisocitrate lyase  64.14 
 
 
292 aa  392  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.741837  normal  0.047618 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1664  2-methylisocitrate lyase  64.14 
 
 
292 aa  392  1e-108  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2111  2-methylisocitrate lyase  64.14 
 
 
292 aa  393  1e-108  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.12913  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1311  2-methylisocitrate lyase  64.97 
 
 
296 aa  392  1e-108  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0110415  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5344  2-methylisocitrate lyase  65.99 
 
 
297 aa  394  1e-108  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0562563  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1419  2-methylisocitrate lyase  64.48 
 
 
292 aa  391  1e-108  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03370  2-methylisocitrate lyase  64.48 
 
 
291 aa  391  1e-108  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3975  2-methylisocitrate lyase  64.21 
 
 
298 aa  388  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.583072 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3861  2-methylisocitrate lyase  64.21 
 
 
298 aa  388  1e-107  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0571  2-methylisocitrate lyase  68.17 
 
 
298 aa  390  1e-107  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2322  2-methylisocitrate lyase  63.79 
 
 
292 aa  390  1e-107  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.458801  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0506  2-methylisocitrate lyase  67.82 
 
 
298 aa  390  1e-107  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1072  2-methylisocitrate lyase  66.67 
 
 
301 aa  385  1e-106  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.765825  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0122  2-methylisocitrate lyase  65.98 
 
 
298 aa  385  1e-106  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.528863  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2189  2-methylisocitrate lyase  65.17 
 
 
297 aa  385  1e-106  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2822  2-methylisocitrate lyase  62.46 
 
 
296 aa  382  1e-105  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0052  2-methylisocitrate lyase  62.16 
 
 
297 aa  375  1e-103  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3945  2-methylisocitrate lyase  62.07 
 
 
292 aa  374  1e-102  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4140  2-methylisocitrate lyase  62.07 
 
 
292 aa  374  1e-102  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0345  2-methylisocitrate lyase  61.38 
 
 
292 aa  372  1e-102  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0054  2-methylisocitrate lyase  61.82 
 
 
297 aa  373  1e-102  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3644  2-methylisocitrate lyase  62.07 
 
 
292 aa  374  1e-102  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5389  2-methylisocitrate lyase  65.32 
 
 
297 aa  374  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.36576  normal  0.795706 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0865  2-methylisocitrate lyase  64.46 
 
 
299 aa  371  1e-102  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.698029  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4047  2-methylisocitrate lyase  62.07 
 
 
292 aa  374  1e-102  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4021  2-methylisocitrate lyase  62.07 
 
 
292 aa  374  1e-102  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1869  2-methylisocitrate lyase  61.38 
 
 
292 aa  372  1e-102  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.127999 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4842  2-methylisocitrate lyase  65.32 
 
 
297 aa  374  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3825  2-methylisocitrate lyase  61.03 
 
 
292 aa  369  1e-101  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3629  2-methylisocitrate lyase  61.03 
 
 
292 aa  369  1e-101  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0315  2-methylisocitrate lyase  61.03 
 
 
292 aa  369  1e-101  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0288  2-methylisocitrate lyase  65.17 
 
 
297 aa  366  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.804341  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1166  2-methylisocitrate lyase  65.17 
 
 
297 aa  366  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1870  2-methylisocitrate lyase  65.17 
 
 
297 aa  366  1e-100  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2143  2-methylisocitrate lyase  65.17 
 
 
297 aa  366  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1735  2-methylisocitrate lyase  65.17 
 
 
297 aa  366  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0879  2-methylisocitrate lyase  65.17 
 
 
308 aa  366  1e-100  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0071  2-methylisocitrate lyase  61.77 
 
 
296 aa  365  1e-100  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3294  2-methylisocitrate lyase  61.09 
 
 
294 aa  367  1e-100  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.203078 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0382  2-methylisocitrate lyase  65.17 
 
 
297 aa  366  1e-100  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.332108  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2605  2-methylisocitrate lyase  61.38 
 
 
293 aa  363  2e-99  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.221019  hitchhiker  0.000512853 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2400  2-methylisocitrate lyase  61.72 
 
 
311 aa  360  2e-98  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.951557  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1122  2-methylisocitrate lyase  60.55 
 
 
304 aa  354  8.999999999999999e-97  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2421  2-methylisocitrate lyase  60.41 
 
 
293 aa  342  4e-93  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.467633  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6706  2-methylisocitrate lyase  65.86 
 
 
297 aa  342  5e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2209  2-methylisocitrate lyase  57.29 
 
 
294 aa  330  2e-89  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.629465  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0819  2-methylisocitrate lyase  58.04 
 
 
290 aa  321  9.000000000000001e-87  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.445655  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1177  2-methylisocitrate lyase  58.04 
 
 
290 aa  321  9.000000000000001e-87  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.984478  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1726  methylisocitrate lyase  47.02 
 
 
302 aa  251  1e-65  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4791  2,3-dimethylmalate lyase  49.12 
 
 
307 aa  247  1e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.147274  normal  0.246336 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2158  methylisocitrate lyase  45.23 
 
 
302 aa  247  2e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.081733  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2452  methylisocitrate lyase  45.23 
 
 
302 aa  246  3e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.344607  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3008  methylisocitrate lyase  45.23 
 
 
302 aa  246  3e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.62358 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2369  methylisocitrate lyase  44.88 
 
 
302 aa  245  4.9999999999999997e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>