More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_3496 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_3496  methylisocitrate lyase  100 
 
 
314 aa  630  1e-179  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.146967  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0101  methylisocitrate lyase  70.13 
 
 
308 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.248963  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0568  methylisocitrate lyase  71.72 
 
 
298 aa  408  1e-113  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1524  methylisocitrate lyase  68.01 
 
 
301 aa  392  1e-108  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000427671 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0108  methylisocitrate lyase  65.66 
 
 
302 aa  390  1e-107  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0279515  normal  0.0353052 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1524  2,3-dimethylmalate lyase  67 
 
 
301 aa  384  1e-106  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1657  2,3-dimethylmalate lyase  66.9 
 
 
306 aa  377  1e-104  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.106264  normal  0.68628 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14150  methylisocitrate lyase  62.33 
 
 
312 aa  372  1e-102  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2655  2,3-dimethylmalate lyase  72.03 
 
 
292 aa  370  1e-101  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.147366  normal  0.299253 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12030  methylisocitrate lyase  64.04 
 
 
312 aa  370  1e-101  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.55917  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2479  methylisocitrate lyase  65.4 
 
 
304 aa  366  1e-100  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0974909  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0783  methylisocitrate lyase  48.47 
 
 
312 aa  281  8.000000000000001e-75  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.649003 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0396  methylisocitrate lyase  49.09 
 
 
285 aa  272  4.0000000000000004e-72  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0696555  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0279  2,3-dimethylmalate lyase  50.38 
 
 
274 aa  266  2.9999999999999995e-70  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.577564  normal  0.130845 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1702  methylisocitrate lyase  47.65 
 
 
304 aa  266  4e-70  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.0394396 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3294  2-methylisocitrate lyase  49.12 
 
 
294 aa  265  7e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.203078 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0781  methylisocitrate lyase  48.04 
 
 
311 aa  265  8.999999999999999e-70  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0624  2,3-dimethylmalate lyase  48 
 
 
306 aa  263  2e-69  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3629  2-methylisocitrate lyase  49.26 
 
 
292 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3825  2-methylisocitrate lyase  49.26 
 
 
292 aa  259  6e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0315  2-methylisocitrate lyase  49.26 
 
 
292 aa  259  6e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1815  Citrate synthase  75.3 
 
 
419 aa  257  1e-67  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0345  2-methylisocitrate lyase  48.9 
 
 
292 aa  256  4e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0925  2-methylisocitrate lyase  48.91 
 
 
292 aa  253  2.0000000000000002e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3945  2-methylisocitrate lyase  48.16 
 
 
292 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4047  2-methylisocitrate lyase  48.16 
 
 
292 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4021  2-methylisocitrate lyase  48.16 
 
 
292 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3644  2-methylisocitrate lyase  48.16 
 
 
292 aa  252  6e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4140  2-methylisocitrate lyase  48.16 
 
 
292 aa  252  6e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2209  2-methylisocitrate lyase  50.54 
 
 
294 aa  251  9.000000000000001e-66  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.629465  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1311  2-methylisocitrate lyase  46.18 
 
 
296 aa  251  1e-65  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0110415  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1110  2-methylisocitrate lyase  46.18 
 
 
296 aa  249  4e-65  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.452189 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0952  2-methylisocitrate lyase  47.5 
 
 
298 aa  249  6e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02397  2-methylisocitrate lyase  46.67 
 
 
298 aa  247  1e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1726  methylisocitrate lyase  47.64 
 
 
302 aa  248  1e-64  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00286  2-methylisocitrate lyase  48.43 
 
 
296 aa  247  2e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00290  hypothetical protein  48.43 
 
 
296 aa  247  2e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0397  2-methylisocitrate lyase  49.1 
 
 
296 aa  246  3e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3975  2-methylisocitrate lyase  48 
 
 
298 aa  246  3e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.583072 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2158  methylisocitrate lyase  46.74 
 
 
302 aa  246  3e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.081733  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3861  2-methylisocitrate lyase  48 
 
 
298 aa  246  3e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0356  2-methylisocitrate lyase  49.1 
 
 
296 aa  246  3e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0403  2-methylisocitrate lyase  49.1 
 
 
296 aa  246  4e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0865  2-methylisocitrate lyase  49.82 
 
 
299 aa  246  4e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.698029  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0363  2-methylisocitrate lyase  49.1 
 
 
296 aa  246  4e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3293  2-methylisocitrate lyase  48.08 
 
 
296 aa  246  4.9999999999999997e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1197  2-methylisocitrate lyase  45.29 
 
 
297 aa  245  6.999999999999999e-64  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003388  methylisocitrate lyase  47.14 
 
 
298 aa  245  8e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3008  methylisocitrate lyase  46.38 
 
 
302 aa  245  8e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.62358 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1072  2-methylisocitrate lyase  50.18 
 
 
301 aa  245  8e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.765825  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3275  methylisocitrate lyase  48.08 
 
 
296 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1509  2-methylisocitrate lyase  50.36 
 
 
299 aa  244  9.999999999999999e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.265222  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2317  methylisocitrate lyase  46.38 
 
 
302 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2452  methylisocitrate lyase  46.38 
 
 
302 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.344607  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1820  2-methylisocitrate lyase  47.43 
 
 
292 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2378  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  46.38 
 
 
302 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.628231  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2127  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  46.38 
 
 
302 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2113  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  46.38 
 
 
302 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0141  2-methylisocitrate lyase  48.2 
 
 
297 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.758126  normal  0.590891 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2369  methylisocitrate lyase  46.38 
 
 
302 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4722  2-methylisocitrate lyase  49.08 
 
 
298 aa  243  3e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53940  2-methylisocitrate lyase  49.08 
 
 
298 aa  243  3e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03370  2-methylisocitrate lyase  46.69 
 
 
291 aa  243  3.9999999999999997e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2190  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  46.38 
 
 
302 aa  242  5e-63  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2350  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  46.38 
 
 
302 aa  242  5e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2400  2-methylisocitrate lyase  48.73 
 
 
311 aa  242  5e-63  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.951557  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0420  2-methylisocitrate lyase  48.39 
 
 
295 aa  242  7e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0232158 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0408  2-methylisocitrate lyase  48.39 
 
 
295 aa  242  7e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000002587 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3287  2-methylisocitrate lyase  47.84 
 
 
297 aa  242  7e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.179718  normal  0.0341449 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4755  2-methylisocitrate lyase  47.84 
 
 
297 aa  242  7.999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.730915  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5344  2-methylisocitrate lyase  47.84 
 
 
297 aa  242  7.999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0562563  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5517  2-methylisocitrate lyase  47.84 
 
 
297 aa  242  7.999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.36505  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2822  2-methylisocitrate lyase  46.72 
 
 
296 aa  241  1e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0402  2-methylisocitrate lyase  48.39 
 
 
295 aa  241  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1869  2-methylisocitrate lyase  45.59 
 
 
292 aa  240  2e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.127999 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2499  2-methylisocitrate lyase  46.32 
 
 
292 aa  241  2e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.741837  normal  0.047618 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0400  2-methylisocitrate lyase  48.03 
 
 
295 aa  240  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0664462  hitchhiker  0.000000000169441 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1419  2-methylisocitrate lyase  46.69 
 
 
292 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1857  2-methylisocitrate lyase  46.69 
 
 
292 aa  239  4e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1664  2-methylisocitrate lyase  46.32 
 
 
292 aa  239  5.999999999999999e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0122  2-methylisocitrate lyase  47.72 
 
 
298 aa  238  1e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.528863  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0800  methylisocitrate lyase  42.32 
 
 
307 aa  237  1e-61  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0629223  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2322  2-methylisocitrate lyase  46.32 
 
 
292 aa  238  1e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.458801  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0462  2-methylisocitrate lyase  48.03 
 
 
295 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.237337  hitchhiker  0.00000000745318 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2334  2-methylisocitrate lyase  48.35 
 
 
296 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.474392  hitchhiker  0.0000364152 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1808  2-methylisocitrate lyase  48.57 
 
 
302 aa  237  2e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.988873  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23210  2-methylisocitrate lyase  48.35 
 
 
295 aa  237  2e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2189  2-methylisocitrate lyase  48.01 
 
 
297 aa  237  2e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0071  2-methylisocitrate lyase  47.31 
 
 
296 aa  236  3e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3436  2-methylisocitrate lyase  48.35 
 
 
296 aa  236  4e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00574123  normal  0.104863 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0052  2-methylisocitrate lyase  44.96 
 
 
297 aa  236  5.0000000000000005e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2111  2-methylisocitrate lyase  45.96 
 
 
292 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.12913  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2287  methylisocitrate lyase  47.62 
 
 
297 aa  235  7e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.298126  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4356  2-methylisocitrate lyase  49.62 
 
 
303 aa  235  8e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2085  2-methylisocitrate lyase  47.62 
 
 
297 aa  235  9e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.36601  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1764  2-methylisocitrate lyase  47.99 
 
 
296 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.662627  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1775  2-methylisocitrate lyase  47.99 
 
 
296 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.367112  hitchhiker  0.000175442 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0054  2-methylisocitrate lyase  44.6 
 
 
297 aa  233  3e-60  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1935  2-methylisocitrate lyase  47.25 
 
 
294 aa  232  6e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146073  hitchhiker  0.00000021306 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1666  2-methylisocitrate lyase  44.89 
 
 
295 aa  231  1e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>