More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2320 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A2320  2,3-dimethylmalate lyase  100 
 
 
306 aa  617  1e-176  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0895569  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4791  2,3-dimethylmalate lyase  81.31 
 
 
307 aa  490  1e-137  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.147274  normal  0.246336 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3510  methylisocitrate lyase  75.75 
 
 
306 aa  454  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.120815  normal  0.0535493 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2648  methylisocitrate lyase  75.67 
 
 
305 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.843725  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0650  methylisocitrate lyase  77.33 
 
 
304 aa  442  1e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0622  methylisocitrate lyase  73 
 
 
304 aa  434  1e-121  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1346  methylisocitrate lyase  75.33 
 
 
304 aa  424  1e-118  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.183799  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1726  methylisocitrate lyase  52.82 
 
 
302 aa  316  3e-85  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2317  methylisocitrate lyase  51.5 
 
 
302 aa  308  6.999999999999999e-83  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2127  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  51.5 
 
 
302 aa  308  8e-83  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2113  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  51.5 
 
 
302 aa  308  8e-83  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2369  methylisocitrate lyase  51.5 
 
 
302 aa  308  8e-83  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2158  methylisocitrate lyase  51.16 
 
 
302 aa  308  9e-83  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.081733  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2378  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  51.16 
 
 
302 aa  306  2.0000000000000002e-82  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.628231  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2190  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  51.5 
 
 
302 aa  306  2.0000000000000002e-82  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2350  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  51.5 
 
 
302 aa  306  2.0000000000000002e-82  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2452  methylisocitrate lyase  51.16 
 
 
302 aa  306  2.0000000000000002e-82  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.344607  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3008  methylisocitrate lyase  51.16 
 
 
302 aa  307  2.0000000000000002e-82  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.62358 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0800  methylisocitrate lyase  51.17 
 
 
307 aa  305  5.0000000000000004e-82  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0629223  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0624  2,3-dimethylmalate lyase  51.59 
 
 
306 aa  282  4.0000000000000003e-75  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1702  methylisocitrate lyase  50.88 
 
 
304 aa  281  7.000000000000001e-75  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.0394396 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0781  methylisocitrate lyase  51.24 
 
 
311 aa  276  2e-73  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0783  methylisocitrate lyase  46.98 
 
 
312 aa  273  2.0000000000000002e-72  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.649003 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0101  methylisocitrate lyase  48.79 
 
 
308 aa  269  5.9999999999999995e-71  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.248963  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0396  methylisocitrate lyase  47.81 
 
 
285 aa  268  1e-70  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0696555  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1808  2-methylisocitrate lyase  50.17 
 
 
302 aa  256  3e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.988873  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2000  2-methylisocitrate lyase  48.81 
 
 
303 aa  256  4e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.440629  normal  0.42713 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1072  2-methylisocitrate lyase  48.75 
 
 
301 aa  255  6e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.765825  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2209  2-methylisocitrate lyase  49.46 
 
 
294 aa  254  2.0000000000000002e-66  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.629465  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1857  2-methylisocitrate lyase  46.59 
 
 
292 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0279  2,3-dimethylmalate lyase  46.47 
 
 
274 aa  252  6e-66  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.577564  normal  0.130845 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1831  2-methylisocitrate lyase  47.59 
 
 
298 aa  250  2e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.464615 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2155  2-methylisocitrate lyase  47.24 
 
 
298 aa  249  4e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0722195  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03370  2-methylisocitrate lyase  46.48 
 
 
291 aa  249  4e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2085  2-methylisocitrate lyase  47.39 
 
 
297 aa  249  6e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.36601  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2287  methylisocitrate lyase  47.39 
 
 
297 aa  248  1e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.298126  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2322  2-methylisocitrate lyase  45.16 
 
 
292 aa  246  3e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.458801  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1587  2-methylisocitrate lyase  47.75 
 
 
302 aa  246  4e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000235696  normal  0.470108 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2822  2-methylisocitrate lyase  45.52 
 
 
296 aa  245  6e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1820  2-methylisocitrate lyase  45.52 
 
 
292 aa  245  6.999999999999999e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2499  2-methylisocitrate lyase  44.44 
 
 
292 aa  245  8e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.741837  normal  0.047618 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2334  2-methylisocitrate lyase  45.7 
 
 
296 aa  245  9e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.474392  hitchhiker  0.0000364152 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3436  2-methylisocitrate lyase  45.7 
 
 
296 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00574123  normal  0.104863 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1419  2-methylisocitrate lyase  45.49 
 
 
292 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1869  2-methylisocitrate lyase  46.21 
 
 
292 aa  244  1.9999999999999999e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.127999 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1775  2-methylisocitrate lyase  45.7 
 
 
296 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.367112  hitchhiker  0.000175442 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1664  2-methylisocitrate lyase  45.52 
 
 
292 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0506  2-methylisocitrate lyase  47.44 
 
 
298 aa  243  3e-63  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5517  2-methylisocitrate lyase  48.21 
 
 
297 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.36505  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2111  2-methylisocitrate lyase  44.8 
 
 
292 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.12913  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0571  2-methylisocitrate lyase  47.44 
 
 
298 aa  243  3.9999999999999997e-63  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5344  2-methylisocitrate lyase  48.21 
 
 
297 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0562563  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4755  2-methylisocitrate lyase  48.21 
 
 
297 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.730915  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0122  2-methylisocitrate lyase  48.59 
 
 
298 aa  242  7e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.528863  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3287  2-methylisocitrate lyase  47.14 
 
 
297 aa  242  7e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.179718  normal  0.0341449 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1935  2-methylisocitrate lyase  44.67 
 
 
294 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146073  hitchhiker  0.00000021306 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0141  2-methylisocitrate lyase  47.5 
 
 
297 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.758126  normal  0.590891 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3861  2-methylisocitrate lyase  46.83 
 
 
298 aa  239  4e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3975  2-methylisocitrate lyase  46.83 
 
 
298 aa  239  4e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.583072 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23210  2-methylisocitrate lyase  44.98 
 
 
295 aa  238  8e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0071  2-methylisocitrate lyase  46.98 
 
 
296 aa  236  3e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1764  2-methylisocitrate lyase  45.3 
 
 
296 aa  236  3e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.662627  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3825  2-methylisocitrate lyase  44.64 
 
 
292 aa  236  4e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0315  2-methylisocitrate lyase  44.64 
 
 
292 aa  236  4e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0925  2-methylisocitrate lyase  45.07 
 
 
292 aa  236  5.0000000000000005e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2189  2-methylisocitrate lyase  46.95 
 
 
297 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0420  2-methylisocitrate lyase  45.26 
 
 
295 aa  235  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0232158 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0408  2-methylisocitrate lyase  45.26 
 
 
295 aa  235  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000002587 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2080  2-methylisocitrate lyase  46.67 
 
 
295 aa  234  9e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.734153  normal  0.114818 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1666  2-methylisocitrate lyase  44.48 
 
 
295 aa  234  1.0000000000000001e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0400  2-methylisocitrate lyase  45.26 
 
 
295 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0664462  hitchhiker  0.000000000169441 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1122  2-methylisocitrate lyase  45.88 
 
 
304 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0402  2-methylisocitrate lyase  45.26 
 
 
295 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0356  2-methylisocitrate lyase  44.84 
 
 
296 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4722  2-methylisocitrate lyase  45.99 
 
 
298 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4356  2-methylisocitrate lyase  48.18 
 
 
303 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02718  2-methylisocitrate lyase  48.07 
 
 
298 aa  234  2.0000000000000002e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3629  2-methylisocitrate lyase  44.29 
 
 
292 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53940  2-methylisocitrate lyase  45.99 
 
 
298 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0345  2-methylisocitrate lyase  43.93 
 
 
292 aa  233  3e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0397  2-methylisocitrate lyase  44.64 
 
 
296 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00286  2-methylisocitrate lyase  44.64 
 
 
296 aa  232  5e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3275  methylisocitrate lyase  44.64 
 
 
296 aa  232  5e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00290  hypothetical protein  44.64 
 
 
296 aa  232  5e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0363  2-methylisocitrate lyase  44.64 
 
 
296 aa  232  6e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0462  2-methylisocitrate lyase  44.91 
 
 
295 aa  232  6e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.237337  hitchhiker  0.00000000745318 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3293  2-methylisocitrate lyase  44.64 
 
 
296 aa  232  6e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0403  2-methylisocitrate lyase  44.64 
 
 
296 aa  232  7.000000000000001e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3030  2-methylisocitrate lyase  47.02 
 
 
297 aa  231  2e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.424816  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3644  2-methylisocitrate lyase  43.57 
 
 
292 aa  231  2e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4140  2-methylisocitrate lyase  43.57 
 
 
292 aa  231  2e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02397  2-methylisocitrate lyase  42.61 
 
 
298 aa  230  3e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4021  2-methylisocitrate lyase  43.21 
 
 
292 aa  230  3e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4047  2-methylisocitrate lyase  43.21 
 
 
292 aa  230  3e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3945  2-methylisocitrate lyase  43.21 
 
 
292 aa  230  3e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14150  methylisocitrate lyase  45.65 
 
 
312 aa  230  3e-59  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1311  2-methylisocitrate lyase  42.46 
 
 
296 aa  229  3e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0110415  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0052  2-methylisocitrate lyase  43.37 
 
 
297 aa  229  4e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2605  2-methylisocitrate lyase  46.21 
 
 
293 aa  229  4e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.221019  hitchhiker  0.000512853 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2655  2,3-dimethylmalate lyase  47.83 
 
 
292 aa  229  5e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.147366  normal  0.299253 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>