More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0101 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_0101  methylisocitrate lyase  100 
 
 		 308 aa  620  1e-176  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.248963  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3496  methylisocitrate lyase  70.13 
 
 		 314 aa  416  9.999999999999999e-116  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.146967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0108  methylisocitrate lyase  61.39 
 
 		 302 aa  363  2e-99  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0279515  normal  0.0353052 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1524  methylisocitrate lyase  62.75 
 
 		 301 aa  360  2e-98  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000427671 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0568  methylisocitrate lyase  63.76 
 
 		 298 aa  351  7e-96  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2655  2,3-dimethylmalate lyase  67.59 
 
 		 292 aa  351  1e-95  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.147366  normal  0.299253 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1657  2,3-dimethylmalate lyase  61.67 
 
 		 306 aa  350  2e-95  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.106264  normal  0.68628 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1524  2,3-dimethylmalate lyase  60.93 
 
 		 301 aa  345  5e-94  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2479  methylisocitrate lyase  61.43 
 
 		 304 aa  343  2e-93  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0974909  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14150  methylisocitrate lyase  59.06 
 
 		 312 aa  343  2.9999999999999997e-93  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12030  methylisocitrate lyase  57.05 
 
 		 312 aa  341  1e-92  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.55917  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0781  methylisocitrate lyase  52.7 
 
 		 311 aa  308  5e-83  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0624  2,3-dimethylmalate lyase  53.74 
 
 		 306 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1702  methylisocitrate lyase  52.11 
 
 		 304 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0394396 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0783  methylisocitrate lyase  50.7 
 
 		 312 aa  301  7.000000000000001e-81  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.649003 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2158  methylisocitrate lyase  52.43 
 
 		 302 aa  289  4e-77  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.081733  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2378  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  52.08 
 
 		 302 aa  287  1e-76  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.628231  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2452  methylisocitrate lyase  52.08 
 
 		 302 aa  287  1e-76  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.344607  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0279  2,3-dimethylmalate lyase  52.63 
 
 		 274 aa  288  1e-76  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.577564  normal  0.130845 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3008  methylisocitrate lyase  52.08 
 
 		 302 aa  287  1e-76  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.62358 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2127  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  52.08 
 
 		 302 aa  286  2e-76  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2113  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  52.08 
 
 		 302 aa  286  2e-76  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2369  methylisocitrate lyase  52.08 
 
 		 302 aa  286  2e-76  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2317  methylisocitrate lyase  52.08 
 
 		 302 aa  287  2e-76  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2190  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  52.08 
 
 		 302 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2350  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  52.08 
 
 		 302 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1726  methylisocitrate lyase  52.43 
 
 		 302 aa  283  3.0000000000000004e-75  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0396  methylisocitrate lyase  50 
 
 		 285 aa  278  8e-74  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0696555  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0952  2-methylisocitrate lyase  48.77 
 
 		 298 aa  273  4.0000000000000004e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0800  methylisocitrate lyase  46.55 
 
 		 307 aa  271  1e-71  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0629223  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02397  2-methylisocitrate lyase  48.77 
 
 		 298 aa  271  1e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2822  2-methylisocitrate lyase  49.08 
 
 		 296 aa  268  1e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1820  2-methylisocitrate lyase  48 
 
 		 292 aa  265  5e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4791  2,3-dimethylmalate lyase  48.08 
 
 		 307 aa  263  2e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.147274  normal  0.246336 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003388  methylisocitrate lyase  47.37 
 
 		 298 aa  263  2e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1857  2-methylisocitrate lyase  46.91 
 
 		 292 aa  264  2e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1072  2-methylisocitrate lyase  50.53 
 
 		 301 aa  262  4.999999999999999e-69  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.765825  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03370  2-methylisocitrate lyase  47.27 
 
 		 291 aa  262  4.999999999999999e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0925  2-methylisocitrate lyase  47.99 
 
 		 292 aa  262  6e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2322  2-methylisocitrate lyase  46.55 
 
 		 292 aa  261  1e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.458801  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1419  2-methylisocitrate lyase  46.55 
 
 		 292 aa  261  1e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3629  2-methylisocitrate lyase  47.99 
 
 		 292 aa  261  1e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3945  2-methylisocitrate lyase  47.62 
 
 		 292 aa  260  2e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4021  2-methylisocitrate lyase  47.62 
 
 		 292 aa  260  2e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4140  2-methylisocitrate lyase  47.62 
 
 		 292 aa  260  2e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4047  2-methylisocitrate lyase  47.62 
 
 		 292 aa  260  2e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3644  2-methylisocitrate lyase  47.62 
 
 		 292 aa  260  2e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0345  2-methylisocitrate lyase  47.62 
 
 		 292 aa  259  3e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2499  2-methylisocitrate lyase  46.18 
 
 		 292 aa  259  4e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.741837  normal  0.047618 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3825  2-methylisocitrate lyase  47.62 
 
 		 292 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0315  2-methylisocitrate lyase  47.62 
 
 		 292 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2111  2-methylisocitrate lyase  46.55 
 
 		 292 aa  258  7e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.12913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2320  2,3-dimethylmalate lyase  48.79 
 
 		 306 aa  257  2e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0895569  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1664  2-methylisocitrate lyase  46.18 
 
 		 292 aa  257  2e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1869  2-methylisocitrate lyase  45.82 
 
 		 292 aa  256  3e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.127999 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0650  methylisocitrate lyase  47.44 
 
 		 304 aa  256  5e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2400  2-methylisocitrate lyase  48.42 
 
 		 311 aa  255  7e-67  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.951557  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1311  2-methylisocitrate lyase  44.57 
 
 		 296 aa  255  8e-67  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0110415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1110  2-methylisocitrate lyase  44.93 
 
 		 296 aa  254  1.0000000000000001e-66  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.452189 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2648  methylisocitrate lyase  46.24 
 
 		 305 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.843725  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0622  methylisocitrate lyase  46.24 
 
 		 304 aa  253  4.0000000000000004e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3294  2-methylisocitrate lyase  46.15 
 
 		 294 aa  250  2e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.203078 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1815  Citrate synthase  50.53 
 
 		 419 aa  249  3e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0071  2-methylisocitrate lyase  49.08 
 
 		 296 aa  248  8e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1197  2-methylisocitrate lyase  44.2 
 
 		 297 aa  248  1e-64  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2209  2-methylisocitrate lyase  50.92 
 
 		 294 aa  247  2e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.629465  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00286  2-methylisocitrate lyase  46.38 
 
 		 296 aa  246  3e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0397  2-methylisocitrate lyase  46.38 
 
 		 296 aa  246  3e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00290  hypothetical protein  46.38 
 
 		 296 aa  246  3e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0356  2-methylisocitrate lyase  46.38 
 
 		 296 aa  246  3e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0403  2-methylisocitrate lyase  46.38 
 
 		 296 aa  246  4e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0363  2-methylisocitrate lyase  46.38 
 
 		 296 aa  246  4e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3293  2-methylisocitrate lyase  46.38 
 
 		 296 aa  246  4e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0420  2-methylisocitrate lyase  46.38 
 
 		 295 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0232158 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0408  2-methylisocitrate lyase  46.38 
 
 		 295 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000002587 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3275  methylisocitrate lyase  46.01 
 
 		 296 aa  243  3e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0402  2-methylisocitrate lyase  46.38 
 
 		 295 aa  243  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0400  2-methylisocitrate lyase  46.01 
 
 		 295 aa  242  5e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0664462  hitchhiker  0.000000000169441 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1666  2-methylisocitrate lyase  44.32 
 
 		 295 aa  241  7.999999999999999e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0462  2-methylisocitrate lyase  46.01 
 
 		 295 aa  241  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.237337  hitchhiker  0.00000000745318 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2605  2-methylisocitrate lyase  44.21 
 
 		 293 aa  241  1e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.221019  hitchhiker  0.000512853 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0054  2-methylisocitrate lyase  45.09 
 
 		 297 aa  240  2.9999999999999997e-62  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0052  2-methylisocitrate lyase  45.09 
 
 		 297 aa  239  2.9999999999999997e-62  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4356  2-methylisocitrate lyase  45.23 
 
 		 303 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0865  2-methylisocitrate lyase  47.89 
 
 		 299 aa  239  4e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.698029  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0141  2-methylisocitrate lyase  45.42 
 
 		 297 aa  239  5e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.758126  normal  0.590891 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0122  2-methylisocitrate lyase  45.04 
 
 		 298 aa  238  6.999999999999999e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.528863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3510  methylisocitrate lyase  43.69 
 
 		 306 aa  237  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.120815  normal  0.0535493 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1346  methylisocitrate lyase  48.12 
 
 		 304 aa  237  2e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.183799  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2334  2-methylisocitrate lyase  45.26 
 
 		 296 aa  236  3e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.474392  hitchhiker  0.0000364152 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4755  2-methylisocitrate lyase  44.32 
 
 		 297 aa  236  3e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.730915  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5344  2-methylisocitrate lyase  44.32 
 
 		 297 aa  236  3e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0562563  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5517  2-methylisocitrate lyase  44.32 
 
 		 297 aa  236  3e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.36505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3436  2-methylisocitrate lyase  45.26 
 
 		 296 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00574123  normal  0.104863 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4722  2-methylisocitrate lyase  45.26 
 
 		 298 aa  235  7e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53940  2-methylisocitrate lyase  45.26 
 
 		 298 aa  235  7e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1764  2-methylisocitrate lyase  44.89 
 
 		 296 aa  234  9e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.662627  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1509  2-methylisocitrate lyase  47.81 
 
 		 299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.265222  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3861  2-methylisocitrate lyase  41.79 
 
 		 298 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0819  2-methylisocitrate lyase  45.26 
 
 		 290 aa  234  2.0000000000000002e-60  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.445655  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>