More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4791 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_4791  2,3-dimethylmalate lyase  100 
 
 
307 aa  617  1e-175  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.147274  normal  0.246336 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2320  2,3-dimethylmalate lyase  81.31 
 
 
306 aa  488  1e-137  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0895569  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2648  methylisocitrate lyase  76.9 
 
 
305 aa  461  1e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.843725  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3510  methylisocitrate lyase  74.5 
 
 
306 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.120815  normal  0.0535493 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0622  methylisocitrate lyase  74.59 
 
 
304 aa  440  9.999999999999999e-123  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1346  methylisocitrate lyase  77 
 
 
304 aa  435  1e-121  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.183799  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0650  methylisocitrate lyase  76 
 
 
304 aa  430  1e-119  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1726  methylisocitrate lyase  54.49 
 
 
302 aa  325  7e-88  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0800  methylisocitrate lyase  52.61 
 
 
307 aa  324  1e-87  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0629223  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2158  methylisocitrate lyase  53.16 
 
 
302 aa  319  5e-86  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.081733  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2317  methylisocitrate lyase  53.16 
 
 
302 aa  318  9e-86  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3008  methylisocitrate lyase  52.82 
 
 
302 aa  317  2e-85  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.62358 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2378  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  52.82 
 
 
302 aa  316  3e-85  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.628231  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2452  methylisocitrate lyase  52.82 
 
 
302 aa  316  4e-85  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.344607  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2127  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  52.49 
 
 
302 aa  315  7e-85  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2113  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  52.49 
 
 
302 aa  315  7e-85  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2369  methylisocitrate lyase  52.49 
 
 
302 aa  315  7e-85  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2190  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  52.49 
 
 
302 aa  313  1.9999999999999998e-84  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2350  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  52.49 
 
 
302 aa  313  1.9999999999999998e-84  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1702  methylisocitrate lyase  53 
 
 
304 aa  291  1e-77  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.0394396 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0624  2,3-dimethylmalate lyase  53.31 
 
 
306 aa  290  2e-77  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0781  methylisocitrate lyase  53.66 
 
 
311 aa  288  6e-77  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0783  methylisocitrate lyase  49.13 
 
 
312 aa  287  1e-76  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.649003 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0396  methylisocitrate lyase  49.45 
 
 
285 aa  282  6.000000000000001e-75  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0696555  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0101  methylisocitrate lyase  48.08 
 
 
308 aa  272  4.0000000000000004e-72  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.248963  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1808  2-methylisocitrate lyase  50.34 
 
 
302 aa  260  2e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.988873  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2000  2-methylisocitrate lyase  50 
 
 
303 aa  258  9e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.440629  normal  0.42713 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2479  methylisocitrate lyase  49.82 
 
 
304 aa  256  3e-67  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0974909  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1831  2-methylisocitrate lyase  49.47 
 
 
298 aa  256  4e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.464615 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2155  2-methylisocitrate lyase  49.12 
 
 
298 aa  255  7e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0722195  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0279  2,3-dimethylmalate lyase  46.42 
 
 
274 aa  253  2.0000000000000002e-66  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.577564  normal  0.130845 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2209  2-methylisocitrate lyase  49.82 
 
 
294 aa  253  4.0000000000000004e-66  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.629465  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2334  2-methylisocitrate lyase  47.39 
 
 
296 aa  251  8.000000000000001e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.474392  hitchhiker  0.0000364152 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3436  2-methylisocitrate lyase  47.39 
 
 
296 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00574123  normal  0.104863 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2189  2-methylisocitrate lyase  49.1 
 
 
297 aa  251  1e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1587  2-methylisocitrate lyase  48.64 
 
 
302 aa  251  1e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000235696  normal  0.470108 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4356  2-methylisocitrate lyase  50.74 
 
 
303 aa  250  2e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1509  2-methylisocitrate lyase  48.42 
 
 
299 aa  250  2e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.265222  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1775  2-methylisocitrate lyase  47.39 
 
 
296 aa  250  3e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.367112  hitchhiker  0.000175442 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2400  2-methylisocitrate lyase  48.03 
 
 
311 aa  248  1e-64  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.951557  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0122  2-methylisocitrate lyase  49.65 
 
 
298 aa  247  2e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.528863  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1935  2-methylisocitrate lyase  46.34 
 
 
294 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146073  hitchhiker  0.00000021306 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5344  2-methylisocitrate lyase  48.57 
 
 
297 aa  247  2e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0562563  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5517  2-methylisocitrate lyase  48.57 
 
 
297 aa  247  2e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.36505  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4755  2-methylisocitrate lyase  48.57 
 
 
297 aa  247  2e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.730915  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3287  2-methylisocitrate lyase  47.5 
 
 
297 aa  246  3e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.179718  normal  0.0341449 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2080  2-methylisocitrate lyase  48.07 
 
 
295 aa  246  3e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.734153  normal  0.114818 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0141  2-methylisocitrate lyase  48.21 
 
 
297 aa  245  6e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.758126  normal  0.590891 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0571  2-methylisocitrate lyase  46.64 
 
 
298 aa  244  9.999999999999999e-64  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0506  2-methylisocitrate lyase  46.64 
 
 
298 aa  244  9.999999999999999e-64  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23210  2-methylisocitrate lyase  46.37 
 
 
295 aa  244  9.999999999999999e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2287  methylisocitrate lyase  46.64 
 
 
297 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.298126  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4722  2-methylisocitrate lyase  48.06 
 
 
298 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53940  2-methylisocitrate lyase  48.06 
 
 
298 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3861  2-methylisocitrate lyase  47.18 
 
 
298 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3975  2-methylisocitrate lyase  47.18 
 
 
298 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.583072 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0356  2-methylisocitrate lyase  45.55 
 
 
296 aa  243  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02397  2-methylisocitrate lyase  45.07 
 
 
298 aa  242  5e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0420  2-methylisocitrate lyase  46.32 
 
 
295 aa  242  6e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0232158 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2085  2-methylisocitrate lyase  46.29 
 
 
297 aa  242  6e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.36601  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0408  2-methylisocitrate lyase  46.32 
 
 
295 aa  242  6e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000002587 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0568  methylisocitrate lyase  48.08 
 
 
298 aa  242  6e-63  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1072  2-methylisocitrate lyase  47.69 
 
 
301 aa  242  6e-63  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.765825  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0403  2-methylisocitrate lyase  45.52 
 
 
296 aa  242  7e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0397  2-methylisocitrate lyase  45.21 
 
 
296 aa  241  7.999999999999999e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3629  2-methylisocitrate lyase  45.36 
 
 
292 aa  241  9e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00286  2-methylisocitrate lyase  45.21 
 
 
296 aa  241  1e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3275  methylisocitrate lyase  45.21 
 
 
296 aa  241  1e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3293  2-methylisocitrate lyase  45.21 
 
 
296 aa  241  1e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0402  2-methylisocitrate lyase  46.32 
 
 
295 aa  241  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1764  2-methylisocitrate lyase  45.64 
 
 
296 aa  241  1e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.662627  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1820  2-methylisocitrate lyase  45.52 
 
 
292 aa  241  1e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1857  2-methylisocitrate lyase  45.52 
 
 
292 aa  241  1e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3030  2-methylisocitrate lyase  48.07 
 
 
297 aa  241  1e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.424816  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00290  hypothetical protein  45.21 
 
 
296 aa  241  1e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0071  2-methylisocitrate lyase  47.33 
 
 
296 aa  240  2e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0400  2-methylisocitrate lyase  45.96 
 
 
295 aa  241  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0664462  hitchhiker  0.000000000169441 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1311  2-methylisocitrate lyase  45.58 
 
 
296 aa  240  2e-62  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0110415  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0925  2-methylisocitrate lyase  45.77 
 
 
292 aa  239  2.9999999999999997e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0315  2-methylisocitrate lyase  45 
 
 
292 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3825  2-methylisocitrate lyase  45 
 
 
292 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1110  2-methylisocitrate lyase  45.94 
 
 
296 aa  239  5e-62  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.452189 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0462  2-methylisocitrate lyase  45.96 
 
 
295 aa  239  5e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.237337  hitchhiker  0.00000000745318 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0363  2-methylisocitrate lyase  45.36 
 
 
296 aa  239  5e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02718  2-methylisocitrate lyase  48.1 
 
 
298 aa  239  5.999999999999999e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03370  2-methylisocitrate lyase  45.07 
 
 
291 aa  238  1e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0952  2-methylisocitrate lyase  44.01 
 
 
298 aa  237  1e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0108  methylisocitrate lyase  46.95 
 
 
302 aa  236  2e-61  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0279515  normal  0.0353052 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0345  2-methylisocitrate lyase  44.64 
 
 
292 aa  237  2e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3496  methylisocitrate lyase  44.22 
 
 
314 aa  237  2e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.146967  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14150  methylisocitrate lyase  44.6 
 
 
312 aa  236  2e-61  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2499  2-methylisocitrate lyase  44.09 
 
 
292 aa  236  3e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.741837  normal  0.047618 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003388  methylisocitrate lyase  44.37 
 
 
298 aa  236  5.0000000000000005e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2322  2-methylisocitrate lyase  44.44 
 
 
292 aa  235  6e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.458801  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2822  2-methylisocitrate lyase  44.44 
 
 
296 aa  235  7e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0865  2-methylisocitrate lyase  46.59 
 
 
299 aa  235  8e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.698029  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3294  2-methylisocitrate lyase  44.8 
 
 
294 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.203078 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2111  2-methylisocitrate lyase  44.44 
 
 
292 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.12913  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3945  2-methylisocitrate lyase  43.93 
 
 
292 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1122  2-methylisocitrate lyase  46.95 
 
 
304 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>