More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2648 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2648  methylisocitrate lyase  100 
 
 		 305 aa  615  1e-175  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.843725  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0650  methylisocitrate lyase  80.33 
 
 		 304 aa  472  1e-132  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0622  methylisocitrate lyase  77.3 
 
 		 304 aa  467  9.999999999999999e-131  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4791  2,3-dimethylmalate lyase  76.9 
 
 		 307 aa  461  1e-129  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.147274  normal  0.246336 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3510  methylisocitrate lyase  76.49 
 
 		 306 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.120815  normal  0.0535493 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1346  methylisocitrate lyase  80.67 
 
 		 304 aa  455  1e-127  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.183799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2320  2,3-dimethylmalate lyase  75.67 
 
 		 306 aa  449  1e-125  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0895569  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2317  methylisocitrate lyase  50.67 
 
 		 302 aa  305  4.0000000000000004e-82  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2158  methylisocitrate lyase  50.34 
 
 		 302 aa  305  6e-82  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.081733  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2127  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  50.67 
 
 		 302 aa  305  7e-82  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2113  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  50.67 
 
 		 302 aa  305  7e-82  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2369  methylisocitrate lyase  50.67 
 
 		 302 aa  305  7e-82  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3008  methylisocitrate lyase  50.34 
 
 		 302 aa  304  1.0000000000000001e-81  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.62358 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2378  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  50.34 
 
 		 302 aa  303  2.0000000000000002e-81  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.628231  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2190  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  50.67 
 
 		 302 aa  303  2.0000000000000002e-81  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2350  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  50.67 
 
 		 302 aa  303  2.0000000000000002e-81  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2452  methylisocitrate lyase  50.34 
 
 		 302 aa  303  2.0000000000000002e-81  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.344607  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1726  methylisocitrate lyase  50.67 
 
 		 302 aa  303  3.0000000000000004e-81  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0800  methylisocitrate lyase  49.17 
 
 		 307 aa  302  4.0000000000000003e-81  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0629223  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1702  methylisocitrate lyase  51.24 
 
 		 304 aa  285  9e-76  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0394396 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0624  2,3-dimethylmalate lyase  51.59 
 
 		 306 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0783  methylisocitrate lyase  48.21 
 
 		 312 aa  276  3e-73  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.649003 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0781  methylisocitrate lyase  50.53 
 
 		 311 aa  275  9e-73  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0396  methylisocitrate lyase  49.43 
 
 		 285 aa  271  9e-72  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0696555  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0101  methylisocitrate lyase  46.24 
 
 		 308 aa  265  5e-70  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.248963  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0279  2,3-dimethylmalate lyase  47.55 
 
 		 274 aa  260  2e-68  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.577564  normal  0.130845 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2209  2-methylisocitrate lyase  46.93 
 
 		 294 aa  240  2e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.629465  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2479  methylisocitrate lyase  45.39 
 
 		 304 aa  238  5.999999999999999e-62  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0974909  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2085  2-methylisocitrate lyase  45.58 
 
 		 297 aa  236  2e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.36601  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2287  methylisocitrate lyase  45.58 
 
 		 297 aa  236  3e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.298126  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4755  2-methylisocitrate lyase  46.04 
 
 		 297 aa  235  8e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.730915  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5344  2-methylisocitrate lyase  46.04 
 
 		 297 aa  235  8e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0562563  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5517  2-methylisocitrate lyase  46.04 
 
 		 297 aa  235  8e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.36505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3287  2-methylisocitrate lyase  45.32 
 
 		 297 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.179718  normal  0.0341449 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0571  2-methylisocitrate lyase  46.53 
 
 		 298 aa  234  2.0000000000000002e-60  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1808  2-methylisocitrate lyase  44.52 
 
 		 302 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.988873  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0506  2-methylisocitrate lyase  46.53 
 
 		 298 aa  233  2.0000000000000002e-60  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2400  2-methylisocitrate lyase  46.57 
 
 		 311 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.951557  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0122  2-methylisocitrate lyase  46.64 
 
 		 298 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.528863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0141  2-methylisocitrate lyase  45.68 
 
 		 297 aa  232  5e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.758126  normal  0.590891 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2189  2-methylisocitrate lyase  45.68 
 
 		 297 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1831  2-methylisocitrate lyase  44.37 
 
 		 298 aa  231  9e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.464615 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03370  2-methylisocitrate lyase  42.05 
 
 		 291 aa  231  2e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1072  2-methylisocitrate lyase  45.68 
 
 		 301 aa  231  2e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.765825  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2334  2-methylisocitrate lyase  43.82 
 
 		 296 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.474392  hitchhiker  0.0000364152 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1820  2-methylisocitrate lyase  42.45 
 
 		 292 aa  229  3e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1587  2-methylisocitrate lyase  44.01 
 
 		 302 aa  229  4e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000235696  normal  0.470108 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3436  2-methylisocitrate lyase  43.82 
 
 		 296 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00574123  normal  0.104863 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0408  2-methylisocitrate lyase  43.46 
 
 		 295 aa  229  6e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000002587 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0420  2-methylisocitrate lyase  43.46 
 
 		 295 aa  229  6e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0232158 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1775  2-methylisocitrate lyase  44.52 
 
 		 296 aa  229  6e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.367112  hitchhiker  0.000175442 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3825  2-methylisocitrate lyase  43.42 
 
 		 292 aa  228  7e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0315  2-methylisocitrate lyase  43.42 
 
 		 292 aa  228  7e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2000  2-methylisocitrate lyase  43.75 
 
 		 303 aa  228  1e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.440629  normal  0.42713 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0345  2-methylisocitrate lyase  43.42 
 
 		 292 aa  228  1e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0402  2-methylisocitrate lyase  43.46 
 
 		 295 aa  228  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2155  2-methylisocitrate lyase  44.01 
 
 		 298 aa  228  1e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0722195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0400  2-methylisocitrate lyase  43.46 
 
 		 295 aa  228  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0664462  hitchhiker  0.000000000169441 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2822  2-methylisocitrate lyase  42.09 
 
 		 296 aa  227  2e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3861  2-methylisocitrate lyase  44.17 
 
 		 298 aa  227  2e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1935  2-methylisocitrate lyase  43.46 
 
 		 294 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146073  hitchhiker  0.00000021306 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3975  2-methylisocitrate lyase  44.17 
 
 		 298 aa  227  2e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.583072 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0925  2-methylisocitrate lyase  43.11 
 
 		 292 aa  227  2e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3629  2-methylisocitrate lyase  43.42 
 
 		 292 aa  227  2e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14150  methylisocitrate lyase  40.83 
 
 		 312 aa  226  3e-58  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0462  2-methylisocitrate lyase  43.11 
 
 		 295 aa  226  5.0000000000000005e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.237337  hitchhiker  0.00000000745318 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0568  methylisocitrate lyase  46.86 
 
 		 298 aa  225  6e-58  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1311  2-methylisocitrate lyase  44.33 
 
 		 296 aa  225  6e-58  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0110415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0108  methylisocitrate lyase  45.28 
 
 		 302 aa  225  7e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0279515  normal  0.0353052 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1110  2-methylisocitrate lyase  44.33 
 
 		 296 aa  225  8e-58  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.452189 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02397  2-methylisocitrate lyase  41.49 
 
 		 298 aa  224  1e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2322  2-methylisocitrate lyase  40.65 
 
 		 292 aa  224  1e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.458801  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0403  2-methylisocitrate lyase  42.41 
 
 		 296 aa  224  1e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1764  2-methylisocitrate lyase  43.46 
 
 		 296 aa  224  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.662627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2655  2,3-dimethylmalate lyase  45.65 
 
 		 292 aa  224  1e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.147366  normal  0.299253 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0356  2-methylisocitrate lyase  42.36 
 
 		 296 aa  224  1e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1869  2-methylisocitrate lyase  42.24 
 
 		 292 aa  224  1e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.127999 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4021  2-methylisocitrate lyase  42.35 
 
 		 292 aa  224  2e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00286  2-methylisocitrate lyase  42.01 
 
 		 296 aa  223  2e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3275  methylisocitrate lyase  42.01 
 
 		 296 aa  223  2e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1509  2-methylisocitrate lyase  44.06 
 
 		 299 aa  224  2e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.265222  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4047  2-methylisocitrate lyase  42.35 
 
 		 292 aa  224  2e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4722  2-methylisocitrate lyase  43.82 
 
 		 298 aa  223  2e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3293  2-methylisocitrate lyase  42.01 
 
 		 296 aa  223  2e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0397  2-methylisocitrate lyase  42.01 
 
 		 296 aa  223  2e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23210  2-methylisocitrate lyase  43.66 
 
 		 295 aa  223  2e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00290  hypothetical protein  42.01 
 
 		 296 aa  223  2e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1857  2-methylisocitrate lyase  41.01 
 
 		 292 aa  224  2e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3945  2-methylisocitrate lyase  42.35 
 
 		 292 aa  224  2e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53940  2-methylisocitrate lyase  43.82 
 
 		 298 aa  223  2e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3294  2-methylisocitrate lyase  43.06 
 
 		 294 aa  223  4e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.203078 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0363  2-methylisocitrate lyase  42.09 
 
 		 296 aa  222  6e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2080  2-methylisocitrate lyase  43.66 
 
 		 295 aa  222  6e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.734153  normal  0.114818 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4140  2-methylisocitrate lyase  41.99 
 
 		 292 aa  221  8e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3644  2-methylisocitrate lyase  41.99 
 
 		 292 aa  221  8e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1664  2-methylisocitrate lyase  41.01 
 
 		 292 aa  221  9e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2499  2-methylisocitrate lyase  40.29 
 
 		 292 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.741837  normal  0.047618 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1122  2-methylisocitrate lyase  43.06 
 
 		 304 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3496  methylisocitrate lyase  41.73 
 
 		 314 aa  221  1.9999999999999999e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.146967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0865  2-methylisocitrate lyase  44.49 
 
 		 299 aa  220  1.9999999999999999e-56  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.698029  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>