49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3292 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3292  hypothetical protein  100 
 
 		 571 aa  1155    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.764747  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03098  putative orphan protein  50.19 
 
 		 591 aa  522  1e-147  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3267  hypothetical protein  42.68 
 
 		 1123 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2564  PKD domain-containing protein  33.9 
 
 		 1107 aa  118  3.9999999999999997e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.543991 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1185  Uracil-DNA glycosylase  34.4 
 
 		 295 aa  112  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.233821 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0072  putative lipoprotein  30.45 
 
 		 480 aa  97.4  6e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4622  hypothetical protein  32.39 
 
 		 230 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.417022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2158  NHL repeat-containing protein  28.76 
 
 		 1750 aa  86.3  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001259  hypothetical protein  28.72 
 
 		 477 aa  85.9  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2076  protein of unknown function DUF1566  29.51 
 
 		 317 aa  83.6  0.000000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000300588  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05133  hypothetical protein  30.43 
 
 		 380 aa  82.4  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1733  hypothetical protein  28.57 
 
 		 746 aa  79  0.0000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.658961  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4740  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  33.04 
 
 		 1217 aa  76.6  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.51333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0451  hypothetical protein  32.35 
 
 		 1152 aa  75.9  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2974  PKD domain-containing protein  29.32 
 
 		 833 aa  72  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6125  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  28.71 
 
 		 1212 aa  70.1  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  unclonable  0.000714594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0248  PKD domain-containing protein  31.94 
 
 		 3278 aa  68.2  0.0000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.748556 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000945  chitinase  27.8 
 
 		 848 aa  63.2  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06955  chitinase  30.86 
 
 		 855 aa  60.8  0.00000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2888  glycosyl hydrolase family chitinase  30.65 
 
 		 868 aa  60.5  0.00000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2805  glycosyl hydrolase family chitinase  30.15 
 
 		 868 aa  58.9  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0797  protease domain-containing protein  34.38 
 
 		 1393 aa  59.7  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3882  leucine-rich repeat-containing protein  31.45 
 
 		 816 aa  58.5  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2984  glycosyl hydrolase family chitinase  30.41 
 
 		 868 aa  57.8  0.0000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1501  peptidase-like  30.46 
 
 		 1376 aa  57.4  0.0000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0114  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3714  PKD domain containing protein  30.6 
 
 		 1771 aa  56.6  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.333758  normal  0.0659323 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1428  chitinase  25.14 
 
 		 972 aa  56.2  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3141  protease domain-containing protein  32.6 
 
 		 1393 aa  55.1  0.000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1094  putative outer membrane adhesin like proteiin  27.6 
 
 		 11716 aa  55.1  0.000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.511917 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004053  hypothetical protein  37.23 
 
 		 994 aa  54.7  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000445976  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0106  chitinase  29.55 
 
 		 848 aa  53.9  0.000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2254  PKD domain-containing protein  28.72 
 
 		 1011 aa  53.1  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000165849  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0423  hypothetical protein  33.63 
 
 		 809 aa  53.5  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0636  carbohydrate-binding family V/XII protein  29.03 
 
 		 765 aa  52.8  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.393474  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0007  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  33.1 
 
 		 911 aa  51.6  0.00004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000289605 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1112  hypothetical protein  28.17 
 
 		 901 aa  51.6  0.00004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0403332  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2651  PKD domain-containing protein  38.55 
 
 		 611 aa  50.8  0.00007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2136  chitinase  27.47 
 
 		 869 aa  49.3  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000620509  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1180  hypothetical protein  26.89 
 
 		 902 aa  48.5  0.0004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3893  hypothetical protein  28.57 
 
 		 640 aa  47.4  0.0007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.429721 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2953  periplasmic protein TonB links inner and outer membranes-like  32.98 
 
 		 1004 aa  47  0.0009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.5475 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2474  hypothetical protein  33.04 
 
 		 826 aa  46.2  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.552746  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1644  PKD domain containing protein  28.95 
 
 		 820 aa  46.6  0.001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0825  protease domain-containing protein  36.14 
 
 		 1258 aa  45.4  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.184637  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0949  fibronectin, type III domain-containing protein  25.45 
 
 		 892 aa  45.4  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.687248  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3303  chitinase domain-containing protein  30.97 
 
 		 814 aa  45.1  0.003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3266  hypothetical protein  32.63 
 
 		 176 aa  45.4  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2921  PKD domain containing protein  29.33 
 
 		 623 aa  45.1  0.004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2857  hypothetical protein  33.65 
 
 		 1208 aa  45.1  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.145348  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>