More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3248 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3248  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein, putative  100 
 
 		 540 aa  1107    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.49035  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1878  extracellular solute-binding protein  69.87 
 
 		 536 aa  761    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.419127 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3537  extracellular solute-binding protein  63.28 
 
 		 556 aa  681    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1880  extracellular solute-binding protein  59.11 
 
 		 536 aa  630  1e-179  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.70178  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3371  extracellular solute-binding protein family 5  54.82 
 
 		 536 aa  613  9.999999999999999e-175  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4044  extracellular solute-binding protein family 5  54.63 
 
 		 536 aa  613  9.999999999999999e-175  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3867  extracellular solute-binding protein family 5  54.63 
 
 		 536 aa  611  1e-173  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2706  extracellular solute-binding protein  54.94 
 
 		 538 aa  601  1.0000000000000001e-171  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.723031  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4180  extracellular solute-binding protein family 5  36.57 
 
 		 547 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.336386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3852  extracellular solute-binding protein family 5  36.57 
 
 		 547 aa  337  2.9999999999999997e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2326  extracellular solute-binding protein  35.55 
 
 		 546 aa  328  1.0000000000000001e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.294702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3829  extracellular solute-binding protein  35.47 
 
 		 569 aa  327  3e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.847313 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5173  extracellular solute-binding protein family 5  34.46 
 
 		 528 aa  323  7e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.12226  normal  0.127243 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5442  extracellular solute-binding protein family 5  34.46 
 
 		 528 aa  322  9.999999999999999e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0169825 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3888  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  35.43 
 
 		 550 aa  319  7e-86  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.799639  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1692  extracellular solute-binding protein family 5  34.97 
 
 		 531 aa  307  4.0000000000000004e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.122173  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1878  extracellular solute-binding protein family 5  34.97 
 
 		 531 aa  306  5.0000000000000004e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.558624  normal  0.335683 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1248  extracellular solute-binding protein  35.06 
 
 		 537 aa  301  2e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4061  extracellular solute-binding protein  38.3 
 
 		 529 aa  301  3e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.707761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4474  extracellular solute-binding protein  37.06 
 
 		 529 aa  300  4e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0385001  normal  0.989495 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4012  extracellular solute-binding protein  37.06 
 
 		 529 aa  300  5e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0256267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4479  extracellular solute-binding protein  37.61 
 
 		 533 aa  296  6e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.027731  normal  0.668994 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4004  extracellular solute-binding protein  35.66 
 
 		 535 aa  296  8e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3777  extracellular solute-binding protein  36.86 
 
 		 533 aa  293  4e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4591  extracellular solute-binding protein  36.86 
 
 		 533 aa  293  4e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0140228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3528  extracellular solute-binding protein  33.08 
 
 		 564 aa  294  4e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.61993  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5720  extracellular solute-binding protein  36.65 
 
 		 529 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.174819  normal  0.308845 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3783  extracellular solute-binding protein  36.65 
 
 		 529 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.44101  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4585  extracellular solute-binding protein  36.65 
 
 		 529 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1906  extracellular solute-binding protein  34.23 
 
 		 543 aa  292  1e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0377443  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1253  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  36.65 
 
 		 533 aa  291  2e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4017  extracellular solute-binding protein  37.18 
 
 		 533 aa  291  2e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0465332  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5714  extracellular solute-binding protein  36.44 
 
 		 533 aa  290  4e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0573169 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1258  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  36.23 
 
 		 543 aa  288  1e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0038  extracellular solute-binding protein  34.77 
 
 		 532 aa  288  1e-76  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.216937  normal  0.341252 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0197  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.74 
 
 		 535 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.415604  normal  0.0839796 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6301  extracellular solute-binding protein family 5  36.74 
 
 		 535 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1274  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.76 
 
 		 533 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.834925  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2562  periplasmic solute-binding protein  35.76 
 
 		 533 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1311  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.76 
 
 		 533 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.251362  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1050  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.76 
 
 		 533 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0247  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.76 
 
 		 533 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.279993  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0518  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.76 
 
 		 533 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.886694  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1392  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.76 
 
 		 533 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00928392  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1442  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.43 
 
 		 563 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.663118  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4056  extracellular solute-binding protein  37.64 
 
 		 489 aa  280  4e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7644  extracellular solute-binding protein  32.64 
 
 		 528 aa  276  8e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.938913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1065  solute-binding family 5 protein  35.56 
 
 		 530 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1261  solute-binding family 5 protein  35.56 
 
 		 530 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.24251  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2574  solute-binding family 5 protein  35.56 
 
 		 530 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1329  solute-binding family 5 protein  35.56 
 
 		 530 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.492206  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0504  solute-binding family 5 protein  35.56 
 
 		 530 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0232  solute-binding family 5 protein  35.34 
 
 		 530 aa  274  3e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.79785  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2465  extracellular solute-binding protein  33.2 
 
 		 529 aa  273  5.000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.352303 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1410  solute-binding family 5 protein  35.51 
 
 		 530 aa  273  6e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.139309  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1427  solute-binding family 5 protein  34.32 
 
 		 533 aa  269  1e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1917  extracellular solute-binding protein  30.12 
 
 		 518 aa  266  7e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3198  extracellular solute-binding protein  35.39 
 
 		 547 aa  265  1e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.271789  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0799  extracellular solute-binding protein  35.54 
 
 		 531 aa  264  3e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.162067  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0807  ABC dipeptide transporter, substrate-binding subunit DdpA  32.81 
 
 		 538 aa  261  2e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.123514  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3993  extracellular solute-binding protein family 5  31.08 
 
 		 531 aa  256  8e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0135  extracellular solute-binding protein family 5  31.21 
 
 		 531 aa  255  2.0000000000000002e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0372  extracellular solute-binding protein  32.81 
 
 		 529 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.132597  normal  0.149219 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2047  extracellular solute-binding protein  31.92 
 
 		 529 aa  250  4e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101703  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3088  extracellular solute-binding protein  29.34 
 
 		 538 aa  249  1e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.902972  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2713  extracellular solute-binding protein  30.71 
 
 		 529 aa  245  9.999999999999999e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3741  extracellular solute-binding protein  27.82 
 
 		 532 aa  224  3e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2916  4-phytase  29.16 
 
 		 522 aa  224  4e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1030  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.97 
 
 		 534 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.180664  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1105  extracellular solute-binding protein  28.08 
 
 		 522 aa  218  2.9999999999999998e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2911  extracellular solute-binding protein  29.73 
 
 		 524 aa  215  9.999999999999999e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.628741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3686  extracellular solute-binding protein  28.69 
 
 		 522 aa  213  4.9999999999999996e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3551  ABC dipeptide/oligopeptide/nickel transporter, periplasmic dipeptide/oligopeptide/nickel-binding protein  28.69 
 
 		 522 aa  213  4.9999999999999996e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2056  extracellular solute-binding protein  27.8 
 
 		 521 aa  213  5.999999999999999e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.149494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0553  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 522 aa  190  5.999999999999999e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.727867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0882  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  29.77 
 
 		 539 aa  178  3e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2532  extracellular solute-binding protein family 5  26.82 
 
 		 525 aa  173  9e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1763  extracellular solute-binding protein family 5  27.73 
 
 		 536 aa  170  7e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1799  extracellular solute-binding protein family 5  26.05 
 
 		 531 aa  168  2.9999999999999998e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0907769  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0925  extracellular solute-binding protein family 5  27.29 
 
 		 523 aa  161  2e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.182407  normal  0.30323 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2920  extracellular solute-binding protein family 5  27.62 
 
 		 515 aa  159  9e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  24.75 
 
 		 524 aa  156  9e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  25.39 
 
 		 535 aa  146  8.000000000000001e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  26.43 
 
 		 532 aa  146  1e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  24.68 
 
 		 534 aa  144  4e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4660  extracellular solute-binding protein  29.71 
 
 		 540 aa  139  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.845725  normal  0.101671 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3174  dipeptide ABC transporter substrate-binding protein  27.41 
 
 		 523 aa  138  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0716  peptide/oligopeptide/nickel ABC transporter substrate-binding protein  29.11 
 
 		 541 aa  138  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1660  extracellular solute-binding protein family 5  29.26 
 
 		 539 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.40005  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2418  ABC transporter extracellular solute-binding protein  29.06 
 
 		 544 aa  135  3e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.311467  hitchhiker  0.0000215968 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4049  twin-arginine translocation pathway signal  28.47 
 
 		 539 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.684503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  25.29 
 
 		 541 aa  131  3e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4392  extracellular solute-binding protein  27.15 
 
 		 521 aa  129  9.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  26.62 
 
 		 531 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0609  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  24.47 
 
 		 543 aa  127  4.0000000000000003e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2645  4-phytase  25.2 
 
 		 532 aa  127  4.0000000000000003e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.292677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2347  extracellular solute-binding protein  24.81 
 
 		 516 aa  127  6e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.33855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2113  putative ABC transporter substrate-binding protein  24.95 
 
 		 539 aa  127  6e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0389  extracellular solute-binding protein  25.6 
 
 		 527 aa  126  1e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000716553  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  27.11 
 
 		 544 aa  126  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>