More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2713 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007802  Jann_2047  extracellular solute-binding protein  76.79 
 
 		 529 aa  818    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101703  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2713  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 529 aa  1084    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2056  extracellular solute-binding protein  44.68 
 
 		 521 aa  454  1.0000000000000001e-126  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.149494  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1248  extracellular solute-binding protein  43.82 
 
 		 537 aa  452  1.0000000000000001e-126  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3686  extracellular solute-binding protein  44.62 
 
 		 522 aa  447  1.0000000000000001e-124  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3551  ABC dipeptide/oligopeptide/nickel transporter, periplasmic dipeptide/oligopeptide/nickel-binding protein  44.62 
 
 		 522 aa  447  1.0000000000000001e-124  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2465  extracellular solute-binding protein  43.39 
 
 		 529 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.352303 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2916  4-phytase  45.08 
 
 		 522 aa  444  1e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0038  extracellular solute-binding protein  44.25 
 
 		 532 aa  444  1e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.216937  normal  0.341252 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0553  extracellular solute-binding protein  46.15 
 
 		 522 aa  441  9.999999999999999e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.727867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0372  extracellular solute-binding protein  43.59 
 
 		 529 aa  437  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.132597  normal  0.149219 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0807  ABC dipeptide transporter, substrate-binding subunit DdpA  43.79 
 
 		 538 aa  437  1e-121  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.123514  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1105  extracellular solute-binding protein  43.9 
 
 		 522 aa  435  1e-121  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0799  extracellular solute-binding protein  41.93 
 
 		 531 aa  426  1e-118  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.162067  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2326  extracellular solute-binding protein  42.44 
 
 		 546 aa  426  1e-118  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.294702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3829  extracellular solute-binding protein  42.53 
 
 		 569 aa  427  1e-118  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.847313 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3888  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  41.84 
 
 		 550 aa  420  1e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.799639  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4180  extracellular solute-binding protein family 5  39.77 
 
 		 547 aa  421  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.336386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3852  extracellular solute-binding protein family 5  39.39 
 
 		 547 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1906  extracellular solute-binding protein  41.78 
 
 		 543 aa  416  9.999999999999999e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0377443  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4474  extracellular solute-binding protein  41.17 
 
 		 529 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0385001  normal  0.989495 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1427  solute-binding family 5 protein  42.55 
 
 		 533 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3528  extracellular solute-binding protein  41.63 
 
 		 564 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.61993  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1261  solute-binding family 5 protein  42.21 
 
 		 530 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.24251  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2574  solute-binding family 5 protein  42.21 
 
 		 530 aa  402  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1329  solute-binding family 5 protein  42.21 
 
 		 530 aa  402  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.492206  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4061  extracellular solute-binding protein  41.35 
 
 		 529 aa  403  1e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.707761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1065  solute-binding family 5 protein  42.21 
 
 		 530 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4012  extracellular solute-binding protein  41.28 
 
 		 529 aa  405  1e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0256267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0504  solute-binding family 5 protein  42.21 
 
 		 530 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1258  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  41.17 
 
 		 543 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3777  extracellular solute-binding protein  41.54 
 
 		 533 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4591  extracellular solute-binding protein  41.54 
 
 		 533 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0140228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0232  solute-binding family 5 protein  42.01 
 
 		 530 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.79785  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1253  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  41.63 
 
 		 533 aa  396  1e-109  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5720  extracellular solute-binding protein  41.17 
 
 		 529 aa  398  1e-109  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.174819  normal  0.308845 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3783  extracellular solute-binding protein  41.17 
 
 		 529 aa  398  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.44101  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1410  solute-binding family 5 protein  42.03 
 
 		 530 aa  397  1e-109  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.139309  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4017  extracellular solute-binding protein  41.13 
 
 		 533 aa  396  1e-109  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0465332  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5714  extracellular solute-binding protein  41.29 
 
 		 533 aa  395  1e-109  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0573169 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4585  extracellular solute-binding protein  41.17 
 
 		 529 aa  398  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4479  extracellular solute-binding protein  40.94 
 
 		 533 aa  395  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.027731  normal  0.668994 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4056  extracellular solute-binding protein  42.31 
 
 		 489 aa  394  1e-108  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3198  extracellular solute-binding protein  41.14 
 
 		 547 aa  394  1e-108  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.271789  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4004  extracellular solute-binding protein  40.75 
 
 		 535 aa  392  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1274  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  40.59 
 
 		 533 aa  385  1e-106  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.834925  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1050  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  40.59 
 
 		 533 aa  385  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1442  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  40.92 
 
 		 563 aa  385  1e-106  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.663118  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0247  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  40.59 
 
 		 533 aa  385  1e-106  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.279993  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0518  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  40.59 
 
 		 533 aa  385  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.886694  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2562  periplasmic solute-binding protein  40.59 
 
 		 533 aa  385  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1311  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  40.59 
 
 		 533 aa  385  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.251362  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1917  extracellular solute-binding protein  40 
 
 		 518 aa  382  1e-105  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1392  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  40.59 
 
 		 533 aa  385  1e-105  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00928392  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2911  extracellular solute-binding protein  40.58 
 
 		 524 aa  380  1e-104  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.628741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6301  extracellular solute-binding protein family 5  40.2 
 
 		 535 aa  380  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7644  extracellular solute-binding protein  39.76 
 
 		 528 aa  376  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.938913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0197  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.6 
 
 		 535 aa  373  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.415604  normal  0.0839796 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3741  extracellular solute-binding protein  36.59 
 
 		 532 aa  365  1e-99  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1763  extracellular solute-binding protein family 5  39.08 
 
 		 536 aa  356  6.999999999999999e-97  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1799  extracellular solute-binding protein family 5  38.24 
 
 		 531 aa  353  5e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0907769  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3993  extracellular solute-binding protein family 5  35.63 
 
 		 531 aa  343  4e-93  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0135  extracellular solute-binding protein family 5  35.24 
 
 		 531 aa  342  7e-93  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1692  extracellular solute-binding protein family 5  35.45 
 
 		 531 aa  301  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.122173  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1878  extracellular solute-binding protein family 5  34.87 
 
 		 531 aa  295  1e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.558624  normal  0.335683 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3371  extracellular solute-binding protein family 5  34.56 
 
 		 536 aa  291  2e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3867  extracellular solute-binding protein family 5  34.36 
 
 		 536 aa  290  4e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2706  extracellular solute-binding protein  33.87 
 
 		 538 aa  288  1e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.723031  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1030  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  32.89 
 
 		 534 aa  286  4e-76  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.180664  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4044  extracellular solute-binding protein family 5  33.78 
 
 		 536 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2532  extracellular solute-binding protein family 5  32.53 
 
 		 525 aa  275  1.0000000000000001e-72  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1878  extracellular solute-binding protein  34.13 
 
 		 536 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.419127 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3088  extracellular solute-binding protein  33.27 
 
 		 538 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.902972  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0925  extracellular solute-binding protein family 5  32.52 
 
 		 523 aa  273  5.000000000000001e-72  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.182407  normal  0.30323 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5173  extracellular solute-binding protein family 5  32.88 
 
 		 528 aa  270  4e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.12226  normal  0.127243 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5442  extracellular solute-binding protein family 5  33.01 
 
 		 528 aa  266  5e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0169825 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3537  extracellular solute-binding protein  32.25 
 
 		 556 aa  262  1e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3248  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein, putative  30.71 
 
 		 540 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.49035  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1880  extracellular solute-binding protein  31.38 
 
 		 536 aa  240  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.70178  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2920  extracellular solute-binding protein family 5  30.36 
 
 		 515 aa  207  3e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5772  extracellular solute-binding protein  31.02 
 
 		 534 aa  192  2e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.228919  normal  0.273878 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2347  extracellular solute-binding protein  29.93 
 
 		 516 aa  192  2e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.33855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2170  extracellular solute-binding protein  28.71 
 
 		 516 aa  186  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.233404  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2099  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  28.52 
 
 		 516 aa  184  3e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1572  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  28.33 
 
 		 516 aa  183  9.000000000000001e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1686  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  28.14 
 
 		 516 aa  181  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2160  extracellular solute-binding protein family 5  28.33 
 
 		 516 aa  180  5.999999999999999e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0024579  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01445  D-ala-D-a la transporter subunit  28.33 
 
 		 516 aa  180  7e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1750  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  28.14 
 
 		 516 aa  178  2e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.843018  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4121  extracellular solute-binding protein  29.39 
 
 		 521 aa  172  9e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1255  extracellular solute-binding protein family 5  27.36 
 
 		 566 aa  170  6e-41  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0602  extracellular solute-binding protein  26.15 
 
 		 545 aa  155  1e-36  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.497567  hitchhiker  0.000000266408 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0927  extracellular solute-binding protein family 5  29.38 
 
 		 544 aa  155  2e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.887829  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1084  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  27.09 
 
 		 539 aa  154  4e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3666  extracellular solute-binding protein family 5  29.74 
 
 		 563 aa  154  4e-36  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1494  extracellular solute-binding protein  27 
 
 		 526 aa  152  1e-35  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.69615 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1600  extracellular solute-binding protein  27.58 
 
 		 501 aa  152  1e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1666  extracellular solute-binding protein  27.02 
 
 		 501 aa  151  3e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  28.12 
 
 		 510 aa  150  5e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1661  extracellular solute-binding protein  28.95 
 
 		 511 aa  150  6e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.226847 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>