More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3888 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_3852  extracellular solute-binding protein family 5  66 
 
 		 547 aa  770    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3888  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  100 
 
 		 550 aa  1129    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.799639  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1906  extracellular solute-binding protein  67.95 
 
 		 543 aa  744    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0377443  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2326  extracellular solute-binding protein  69.94 
 
 		 546 aa  775    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.294702  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4180  extracellular solute-binding protein family 5  65.7 
 
 		 547 aa  764    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.336386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3829  extracellular solute-binding protein  59.93 
 
 		 569 aa  655    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.847313 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2465  extracellular solute-binding protein  57.17 
 
 		 529 aa  622  1e-177  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.352303 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0807  ABC dipeptide transporter, substrate-binding subunit DdpA  56.59 
 
 		 538 aa  600  1e-170  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.123514  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3528  extracellular solute-binding protein  52.65 
 
 		 564 aa  595  1e-169  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.61993  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0372  extracellular solute-binding protein  56.2 
 
 		 529 aa  596  1e-169  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.132597  normal  0.149219 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1917  extracellular solute-binding protein  48.6 
 
 		 518 aa  512  1e-144  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1274  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  50.29 
 
 		 533 aa  502  1e-141  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.834925  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1050  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  50.29 
 
 		 533 aa  502  1e-141  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0247  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  50.29 
 
 		 533 aa  502  1e-141  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.279993  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0518  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  50.29 
 
 		 533 aa  502  1e-141  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.886694  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1392  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  50.29 
 
 		 533 aa  502  1e-141  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00928392  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2562  periplasmic solute-binding protein  50.1 
 
 		 533 aa  501  1e-140  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1311  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  50.1 
 
 		 533 aa  501  1e-140  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.251362  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7644  extracellular solute-binding protein  48.72 
 
 		 528 aa  497  1e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.938913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4479  extracellular solute-binding protein  49.71 
 
 		 533 aa  497  1e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.027731  normal  0.668994 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4004  extracellular solute-binding protein  50 
 
 		 535 aa  497  1e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3777  extracellular solute-binding protein  49.51 
 
 		 533 aa  495  1e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4017  extracellular solute-binding protein  49.9 
 
 		 533 aa  498  1e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0465332  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4591  extracellular solute-binding protein  49.51 
 
 		 533 aa  495  1e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0140228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1253  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  49.9 
 
 		 533 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5714  extracellular solute-binding protein  49.51 
 
 		 533 aa  491  1e-137  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0573169 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1442  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  48.71 
 
 		 563 aa  488  1e-137  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.663118  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0038  extracellular solute-binding protein  48.46 
 
 		 532 aa  489  1e-137  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.216937  normal  0.341252 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4056  extracellular solute-binding protein  49.8 
 
 		 489 aa  482  1e-135  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6301  extracellular solute-binding protein family 5  49.3 
 
 		 535 aa  484  1e-135  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4012  extracellular solute-binding protein  47.74 
 
 		 529 aa  482  1e-135  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0256267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4474  extracellular solute-binding protein  47.56 
 
 		 529 aa  481  1e-134  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0385001  normal  0.989495 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0799  extracellular solute-binding protein  48.75 
 
 		 531 aa  479  1e-134  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.162067  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0197  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  47.91 
 
 		 535 aa  475  1e-132  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.415604  normal  0.0839796 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1427  solute-binding family 5 protein  48.72 
 
 		 533 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4061  extracellular solute-binding protein  47.37 
 
 		 529 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.707761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1065  solute-binding family 5 protein  47.73 
 
 		 530 aa  462  1e-129  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1261  solute-binding family 5 protein  47.73 
 
 		 530 aa  462  1e-129  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.24251  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2574  solute-binding family 5 protein  47.73 
 
 		 530 aa  462  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1248  extracellular solute-binding protein  44.78 
 
 		 537 aa  463  1e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0504  solute-binding family 5 protein  47.73 
 
 		 530 aa  462  1e-129  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1329  solute-binding family 5 protein  47.73 
 
 		 530 aa  462  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.492206  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5720  extracellular solute-binding protein  46.05 
 
 		 529 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.174819  normal  0.308845 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1258  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  46.43 
 
 		 543 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3783  extracellular solute-binding protein  46.05 
 
 		 529 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.44101  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4585  extracellular solute-binding protein  46.05 
 
 		 529 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0232  solute-binding family 5 protein  47.53 
 
 		 530 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.79785  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1410  solute-binding family 5 protein  47.8 
 
 		 530 aa  458  1e-127  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.139309  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2713  extracellular solute-binding protein  41.84 
 
 		 529 aa  420  1e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0135  extracellular solute-binding protein family 5  40.3 
 
 		 531 aa  418  9.999999999999999e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3993  extracellular solute-binding protein family 5  40.87 
 
 		 531 aa  414  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3198  extracellular solute-binding protein  44.7 
 
 		 547 aa  414  1e-114  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.271789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3741  extracellular solute-binding protein  38.59 
 
 		 532 aa  402  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2047  extracellular solute-binding protein  40 
 
 		 529 aa  402  9.999999999999999e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101703  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3686  extracellular solute-binding protein  37.13 
 
 		 522 aa  360  5e-98  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3551  ABC dipeptide/oligopeptide/nickel transporter, periplasmic dipeptide/oligopeptide/nickel-binding protein  37.13 
 
 		 522 aa  360  5e-98  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1878  extracellular solute-binding protein  39.41 
 
 		 536 aa  354  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.419127 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2911  extracellular solute-binding protein  38.07 
 
 		 524 aa  353  5e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.628741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1105  extracellular solute-binding protein  38.81 
 
 		 522 aa  350  4e-95  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4044  extracellular solute-binding protein family 5  36.46 
 
 		 536 aa  348  2e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3867  extracellular solute-binding protein family 5  36.92 
 
 		 536 aa  347  2e-94  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3371  extracellular solute-binding protein family 5  36.94 
 
 		 536 aa  347  3e-94  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2916  4-phytase  36.87 
 
 		 522 aa  340  5.9999999999999996e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1030  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  35.67 
 
 		 534 aa  336  7e-91  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.180664  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0553  extracellular solute-binding protein  37.52 
 
 		 522 aa  336  7.999999999999999e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.727867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2056  extracellular solute-binding protein  35.76 
 
 		 521 aa  335  9e-91  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.149494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3088  extracellular solute-binding protein  34.39 
 
 		 538 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.902972  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1692  extracellular solute-binding protein family 5  35.92 
 
 		 531 aa  325  1e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.122173  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3537  extracellular solute-binding protein  35.37 
 
 		 556 aa  325  2e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2706  extracellular solute-binding protein  33.09 
 
 		 538 aa  324  3e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.723031  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3248  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein, putative  35.43 
 
 		 540 aa  319  7e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.49035  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1878  extracellular solute-binding protein family 5  35.15 
 
 		 531 aa  318  2e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.558624  normal  0.335683 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1799  extracellular solute-binding protein family 5  33.53 
 
 		 531 aa  305  2.0000000000000002e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0907769  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1763  extracellular solute-binding protein family 5  34.29 
 
 		 536 aa  304  3.0000000000000004e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1880  extracellular solute-binding protein  35.12 
 
 		 536 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.70178  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0925  extracellular solute-binding protein family 5  34.9 
 
 		 523 aa  295  1e-78  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.182407  normal  0.30323 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5173  extracellular solute-binding protein family 5  32.84 
 
 		 528 aa  292  1e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.12226  normal  0.127243 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2532  extracellular solute-binding protein family 5  34.58 
 
 		 525 aa  292  1e-77  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5442  extracellular solute-binding protein family 5  32.45 
 
 		 528 aa  288  1e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0169825 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2920  extracellular solute-binding protein family 5  33.4 
 
 		 515 aa  248  3e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  30.49 
 
 		 535 aa  196  1e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  29.81 
 
 		 534 aa  195  2e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1600  extracellular solute-binding protein  29.23 
 
 		 501 aa  189  1e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2347  extracellular solute-binding protein  29.19 
 
 		 516 aa  188  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.33855  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1255  extracellular solute-binding protein family 5  28.98 
 
 		 566 aa  186  1.0000000000000001e-45  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1666  extracellular solute-binding protein  28.46 
 
 		 501 aa  186  1.0000000000000001e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4121  extracellular solute-binding protein  29.87 
 
 		 521 aa  186  1.0000000000000001e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.157439 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01445  D-ala-D-a la transporter subunit  28.04 
 
 		 516 aa  179  1e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2160  extracellular solute-binding protein family 5  28.04 
 
 		 516 aa  179  1e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0024579  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2099  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  28.04 
 
 		 516 aa  178  3e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1572  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  27.86 
 
 		 516 aa  177  3e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1686  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  27.86 
 
 		 516 aa  177  4e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2170  extracellular solute-binding protein  27.86 
 
 		 516 aa  177  5e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.233404  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  25.99 
 
 		 531 aa  177  6e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1781  extracellular solute-binding protein  26.65 
 
 		 501 aa  173  9e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000533035  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6371  extracellular solute-binding protein family 5  29.92 
 
 		 504 aa  172  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.37487 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  27.49 
 
 		 532 aa  171  2e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1750  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  27.59 
 
 		 516 aa  171  2e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.843018  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  28.48 
 
 		 510 aa  171  2e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6191  extracellular solute-binding protein family 5  30.54 
 
 		 504 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.172417  normal  0.779113 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>