More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3537 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3248  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein, putative  63.28 
 
 
540 aa  681    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.49035  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4044  extracellular solute-binding protein family 5  60.63 
 
 
536 aa  699    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3867  extracellular solute-binding protein family 5  60.45 
 
 
536 aa  695    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2706  extracellular solute-binding protein  56.74 
 
 
538 aa  654    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.723031  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3371  extracellular solute-binding protein family 5  60.07 
 
 
536 aa  694    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1878  extracellular solute-binding protein  67.3 
 
 
536 aa  732    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.419127 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3537  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
556 aa  1148    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1880  extracellular solute-binding protein  60.04 
 
 
536 aa  634  1e-180  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.70178  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5173  extracellular solute-binding protein family 5  36.73 
 
 
528 aa  352  7e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.12226  normal  0.127243 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5442  extracellular solute-binding protein family 5  37.31 
 
 
528 aa  352  1e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0169825 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1878  extracellular solute-binding protein family 5  37.94 
 
 
531 aa  348  2e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.558624  normal  0.335683 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1692  extracellular solute-binding protein family 5  37.38 
 
 
531 aa  341  2e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.122173  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2326  extracellular solute-binding protein  38.66 
 
 
546 aa  341  2e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.294702  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3852  extracellular solute-binding protein family 5  35.67 
 
 
547 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4180  extracellular solute-binding protein family 5  35.67 
 
 
547 aa  337  2.9999999999999997e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.336386  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3829  extracellular solute-binding protein  39.09 
 
 
569 aa  334  2e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.847313 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0038  extracellular solute-binding protein  39.63 
 
 
532 aa  326  6e-88  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.216937  normal  0.341252 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3888  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  35.37 
 
 
550 aa  325  2e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.799639  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1248  extracellular solute-binding protein  35.77 
 
 
537 aa  322  1.9999999999999998e-86  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1906  extracellular solute-binding protein  37.34 
 
 
543 aa  319  6e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0377443  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3088  extracellular solute-binding protein  34.41 
 
 
538 aa  310  4e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.902972  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3528  extracellular solute-binding protein  34.4 
 
 
564 aa  309  9e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.61993  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2465  extracellular solute-binding protein  34.26 
 
 
529 aa  296  4e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.352303 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0372  extracellular solute-binding protein  34.71 
 
 
529 aa  288  2e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.132597  normal  0.149219 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4004  extracellular solute-binding protein  36.14 
 
 
535 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1030  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  31.91 
 
 
534 aa  287  4e-76  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.180664  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4479  extracellular solute-binding protein  36.4 
 
 
533 aa  286  5e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.027731  normal  0.668994 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5714  extracellular solute-binding protein  36.62 
 
 
533 aa  286  7e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0573169 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4061  extracellular solute-binding protein  35.74 
 
 
529 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.707761  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3777  extracellular solute-binding protein  36.4 
 
 
533 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4591  extracellular solute-binding protein  36.4 
 
 
533 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0140228  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3198  extracellular solute-binding protein  36.8 
 
 
547 aa  284  2.0000000000000002e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.271789  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4474  extracellular solute-binding protein  34.96 
 
 
529 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0385001  normal  0.989495 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4012  extracellular solute-binding protein  34.96 
 
 
529 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0256267  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0807  ABC dipeptide transporter, substrate-binding subunit DdpA  33.27 
 
 
538 aa  283  6.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.123514  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7644  extracellular solute-binding protein  33.27 
 
 
528 aa  283  7.000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.938913  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1253  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  36.19 
 
 
533 aa  282  1e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4017  extracellular solute-binding protein  35.97 
 
 
533 aa  282  1e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0465332  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4056  extracellular solute-binding protein  37.18 
 
 
489 aa  281  3e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0799  extracellular solute-binding protein  35.7 
 
 
531 aa  278  1e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.162067  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1392  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.9 
 
 
533 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00928392  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0518  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.9 
 
 
533 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.886694  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0247  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.9 
 
 
533 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.279993  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1274  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.9 
 
 
533 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.834925  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2562  periplasmic solute-binding protein  34.9 
 
 
533 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1050  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.9 
 
 
533 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6301  extracellular solute-binding protein family 5  34.68 
 
 
535 aa  274  3e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1311  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.9 
 
 
533 aa  274  4.0000000000000004e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.251362  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3783  extracellular solute-binding protein  34.89 
 
 
529 aa  272  9e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.44101  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5720  extracellular solute-binding protein  34.89 
 
 
529 aa  272  9e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.174819  normal  0.308845 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4585  extracellular solute-binding protein  34.89 
 
 
529 aa  272  9e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1917  extracellular solute-binding protein  31.73 
 
 
518 aa  271  2e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1442  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.71 
 
 
563 aa  271  2e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.663118  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0197  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.48 
 
 
535 aa  271  2e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.415604  normal  0.0839796 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1258  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  33.65 
 
 
543 aa  270  4e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1427  solute-binding family 5 protein  34.4 
 
 
533 aa  270  7e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0232  solute-binding family 5 protein  34.48 
 
 
530 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.79785  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1261  solute-binding family 5 protein  34.48 
 
 
530 aa  266  8e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.24251  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0504  solute-binding family 5 protein  34.48 
 
 
530 aa  266  8e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2574  solute-binding family 5 protein  34.48 
 
 
530 aa  266  8e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1329  solute-binding family 5 protein  34.48 
 
 
530 aa  266  8e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.492206  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1065  solute-binding family 5 protein  34.48 
 
 
530 aa  266  8e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3993  extracellular solute-binding protein family 5  30.89 
 
 
531 aa  265  2e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0135  extracellular solute-binding protein family 5  30.41 
 
 
531 aa  264  3e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2047  extracellular solute-binding protein  33 
 
 
529 aa  263  8e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101703  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1410  solute-binding family 5 protein  34.42 
 
 
530 aa  262  1e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.139309  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2713  extracellular solute-binding protein  32.25 
 
 
529 aa  262  1e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3741  extracellular solute-binding protein  29.92 
 
 
532 aa  239  9e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2056  extracellular solute-binding protein  30.25 
 
 
521 aa  238  3e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.149494  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3686  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 
522 aa  228  2e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3551  ABC dipeptide/oligopeptide/nickel transporter, periplasmic dipeptide/oligopeptide/nickel-binding protein  28.63 
 
 
522 aa  228  2e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2916  4-phytase  30.82 
 
 
522 aa  227  5.0000000000000005e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2911  extracellular solute-binding protein  29.24 
 
 
524 aa  216  5.9999999999999996e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.628741  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1105  extracellular solute-binding protein  29.03 
 
 
522 aa  216  8e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0553  extracellular solute-binding protein  29.8 
 
 
522 aa  207  3e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.727867  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2532  extracellular solute-binding protein family 5  30.57 
 
 
525 aa  206  1e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1763  extracellular solute-binding protein family 5  29.12 
 
 
536 aa  202  9.999999999999999e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1799  extracellular solute-binding protein family 5  27.93 
 
 
531 aa  198  2.0000000000000003e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0907769  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0925  extracellular solute-binding protein family 5  30.74 
 
 
523 aa  190  5.999999999999999e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.182407  normal  0.30323 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2920  extracellular solute-binding protein family 5  28.26 
 
 
515 aa  171  3e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0882  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  28.96 
 
 
539 aa  170  5e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  24.55 
 
 
534 aa  164  3e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  24.8 
 
 
524 aa  153  7e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2347  extracellular solute-binding protein  26.28 
 
 
516 aa  150  5e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.33855  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  24.64 
 
 
535 aa  147  5e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  27.16 
 
 
532 aa  146  7.0000000000000006e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  25.77 
 
 
520 aa  143  7e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  28.38 
 
 
509 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0389  extracellular solute-binding protein  27.51 
 
 
527 aa  140  8.999999999999999e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000716553  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  26.75 
 
 
509 aa  138  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2769  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 
507 aa  137  5e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.12042  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4534  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  27.45 
 
 
504 aa  136  8e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2645  4-phytase  24.29 
 
 
532 aa  135  1.9999999999999998e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.292677  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3158  extracellular solute-binding protein  27.08 
 
 
535 aa  134  5e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1562  extracellular solute-binding protein  27.72 
 
 
556 aa  133  6.999999999999999e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.278775  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0490  extracellular solute-binding protein family 5  27.48 
 
 
531 aa  133  9e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  26.52 
 
 
528 aa  133  9e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  27.33 
 
 
544 aa  133  1.0000000000000001e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2532  extracellular solute-binding protein  27.69 
 
 
535 aa  132  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00384928 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0263  extracellular solute-binding protein family 5  25.05 
 
 
516 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0801202  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>