More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2860 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2860  helicase domain protein  100 
 
 
459 aa  958    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00993541  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2494  hypothetical protein  47.55 
 
 
2106 aa  426  1e-118  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1675  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.35 
 
 
2104 aa  335  1e-90  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4091  helicase domain-containing protein  40.98 
 
 
1422 aa  314  1.9999999999999998e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2038  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.92 
 
 
2120 aa  313  4.999999999999999e-84  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.104871 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3886  helicase superfamily protein  38.68 
 
 
2104 aa  290  3e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4827  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.46 
 
 
2104 aa  288  1e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5807  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.24 
 
 
2104 aa  286  5e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3253  DEAD/DEAH box helicase-like  29.86 
 
 
2093 aa  157  3e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.224571  normal  0.0428877 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2319  DEAD/DEAH box helicase domain protein  28.57 
 
 
1525 aa  137  3.0000000000000003e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.102202  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1673  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.41 
 
 
1589 aa  136  7.000000000000001e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1124  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  28.65 
 
 
1561 aa  136  8e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.416463  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0511  helicase  26.85 
 
 
1578 aa  131  2.0000000000000002e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.769472  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2269  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.5 
 
 
1607 aa  130  7.000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1404  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.34 
 
 
1602 aa  127  3e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1543  DEAD/DEAH box helicase-like protein  30.24 
 
 
1711 aa  127  5e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1539  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.05 
 
 
1542 aa  126  7e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3298  DEAD/DEAH box helicase domain protein  26.71 
 
 
1741 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0806  DEAD/DEAH box helicase-like protein  29.74 
 
 
1543 aa  120  4.9999999999999996e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0821  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.74 
 
 
1543 aa  120  4.9999999999999996e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.301369 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4772  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.73 
 
 
1741 aa  120  7e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal  0.232543 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1679  helicase superfamily protein  26.97 
 
 
1784 aa  119  9.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0631  DEAD/DEAH box helicase domain protein  25.65 
 
 
1740 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0293  DEAD/DEAH box helicase domain protein  27 
 
 
1787 aa  117  5e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0240  helicase superfamily protein  26.72 
 
 
2097 aa  114  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3883  helicase superfamily protein  26.91 
 
 
2113 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0319703  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4830  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.91 
 
 
2113 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5810  DEAD/DEAH box helicase domain protein  26.91 
 
 
2113 aa  110  5e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2729  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.84 
 
 
1722 aa  110  7.000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.631527  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3296  DEAD/DEAH box helicase domain protein  26 
 
 
1734 aa  107  4e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2665  DEAD/DEAH box helicase domain protein  25.98 
 
 
1698 aa  106  7e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3653  hypothetical protein  47.78 
 
 
906 aa  105  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0352  DEAD/DEAH box helicase-like  28.73 
 
 
1704 aa  105  2e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2015  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.03 
 
 
1743 aa  104  3e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.724661  normal  0.480876 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7833  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.73 
 
 
1723 aa  104  4e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1711  DEAD/DEAH box helicase domain protein  25.6 
 
 
1764 aa  103  5e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0302  putative helicase  28.52 
 
 
1878 aa  103  6e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4896  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.36 
 
 
2113 aa  101  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1353  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.72 
 
 
2099 aa  100  7e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0274  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.4 
 
 
1754 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1467  DEAD/DEAH box helicase domain protein  28.15 
 
 
1948 aa  97.4  5e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.160999  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2590  DEAD/DEAH box helicase domain protein  28.87 
 
 
1672 aa  97.1  6e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000259422 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1954  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25 
 
 
1695 aa  96.7  8e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1418  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.09 
 
 
2136 aa  94.7  3e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411331  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1527  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.01 
 
 
1725 aa  92.8  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.46826  normal  0.102614 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1964  helicase domain protein  26.4 
 
 
1780 aa  92  2e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.285846  normal  0.0141604 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0742  DEAD/DEAH box helicase domain protein  26.76 
 
 
1861 aa  91.7  3e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0354  Protein of unknown function DUF1998  27.04 
 
 
2087 aa  90.9  5e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2672  DEAD/DEAH box helicase domain protein  26.07 
 
 
1770 aa  90.1  8e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.47983 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0223  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.66 
 
 
1711 aa  86.7  8e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.229884  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0833  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.11 
 
 
1765 aa  85.1  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.888983 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1423  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.96 
 
 
1723 aa  84  0.000000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1302  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.96 
 
 
1719 aa  84  0.000000000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35200  helicase family protein with metal-binding cysteine cluster  24.63 
 
 
2082 aa  82.4  0.00000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0588  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.43 
 
 
1759 aa  79  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3350  hypothetical protein  25 
 
 
1838 aa  77  0.0000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.168378  normal  0.500488 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3086  helicase superfamily protein  24.08 
 
 
2125 aa  75.9  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.652376  hitchhiker  0.00603337 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1319  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.06 
 
 
2213 aa  74.3  0.000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5422  helicase superfamily protein  32.26 
 
 
2224 aa  67  0.0000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.383128 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0546  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.32 
 
 
740 aa  65.9  0.000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5321  DEAD/DEAH box helicase domain protein  30.07 
 
 
764 aa  65.9  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0653251  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1020  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.17 
 
 
744 aa  63.5  0.000000007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  hitchhiker  1.28402e-16 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25230  helicase family protein with metal-binding cysteine cluster  31.73 
 
 
780 aa  62.4  0.00000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1002  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.38 
 
 
739 aa  60.8  0.00000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1457  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.99 
 
 
744 aa  60.8  0.00000004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.507421  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3881  Protein of unknown function DUF1998  27.61 
 
 
795 aa  60.8  0.00000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.911773  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_40984  predicted protein  30.77 
 
 
815 aa  58.5  0.0000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.954801  normal  0.413505 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3741  Protein of unknown function DUF1998  21.94 
 
 
2124 aa  58.9  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26090  helicase family protein with metal-binding cysteine cluster  32.08 
 
 
833 aa  58.9  0.0000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  decreased coverage  0.00586248  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1523  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.99 
 
 
744 aa  58.9  0.0000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.750209  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1650  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.93 
 
 
751 aa  58.9  0.0000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1391  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.52 
 
 
781 aa  58.2  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.036578  normal  0.532638 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0123  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  30.77 
 
 
761 aa  57.8  0.0000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0336832  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5399  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.33 
 
 
782 aa  57.8  0.0000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.265021  normal  0.178291 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0313  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.96 
 
 
815 aa  57.8  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.178927 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0493  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.35 
 
 
815 aa  57.8  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18140  helicase family protein with metal-binding cysteine cluster  32 
 
 
865 aa  57.4  0.0000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.716362  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13678  helicase  30.22 
 
 
771 aa  57.8  0.0000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00132558  normal  0.157688 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2771  Protein of unknown function DUF1998  30.77 
 
 
866 aa  57.8  0.0000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00683804  hitchhiker  0.000025981 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0220  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.67 
 
 
902 aa  57.4  0.0000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0370  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.97 
 
 
778 aa  57  0.0000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0213184  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2258  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.25 
 
 
897 aa  57  0.0000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.22294  normal  0.971461 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8451  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.99 
 
 
806 aa  57  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000113754 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4829  DEAD/DEAH box helicase domain protein  30.53 
 
 
807 aa  56.6  0.0000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0625  DEAD/DEAH box helicase domain protein  26.92 
 
 
803 aa  56.2  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0482  DEAD/DEAH box helicase domain protein  29.09 
 
 
812 aa  55.8  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.016003  hitchhiker  0.00542226 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4799  DEAD/DEAH box helicase-like protein  30.53 
 
 
775 aa  56.2  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33220  helicase family protein with metal-binding cysteine cluster  32.69 
 
 
891 aa  56.6  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.442514  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3367  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.77 
 
 
804 aa  56.6  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5185  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.53 
 
 
775 aa  56.2  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00159348 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4885  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.53 
 
 
775 aa  56.2  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.60576  normal  0.0979046 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1732  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.26 
 
 
768 aa  56.2  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.199645  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2218  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.69 
 
 
861 aa  55.8  0.000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.344745 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14630  DEAD/DEAH box helicase domain protein  31.58 
 
 
751 aa  55.5  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000706515  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4301  DEAD/DEAH box helicase-like  28.57 
 
 
804 aa  55.5  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0732  DEAD/DEAH box helicase-like protein  26.4 
 
 
944 aa  55.5  0.000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2375  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.53 
 
 
758 aa  55.1  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1443  DEAD/DEAH box helicase domain protein  30.69 
 
 
803 aa  55.5  0.000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111055  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3155  Helicase superfamily 1 and 2 ATP-binding  30.77 
 
 
795 aa  55.8  0.000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.36643 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1303  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.33 
 
 
756 aa  55.1  0.000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  decreased coverage  0.000031195  normal  0.342253 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>