More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1243 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1288  GDP-mannose 6-dehydrogenase  84.47 
 
 
438 aa  779    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.534034  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10970  GDP-mannose 6-dehydrogenase  77.85 
 
 
436 aa  711    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1243  GDP-mannose 6-dehydrogenase AlgD  100 
 
 
438 aa  895    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1063  GDP-mannose 6-dehydrogenase  97.49 
 
 
438 aa  878    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.763895 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0960  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  89.27 
 
 
438 aa  814    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4437  GDP-mannose 6-dehydrogenase  84.25 
 
 
438 aa  778    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.379553  normal  0.963128 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1678  GDP-mannose 6-dehydrogenase  75.57 
 
 
436 aa  697    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.165535  normal  0.684751 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1605  GDP-mannose 6-dehydrogenase AlgD  78.77 
 
 
439 aa  731    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.952196  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0889  nucleotide sugar dehydrogenase  84.7 
 
 
438 aa  775    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1031  GDP-mannose 6-dehydrogenase  82.19 
 
 
436 aa  755    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4561  GDP-mannose 6-dehydrogenase  84.25 
 
 
438 aa  779    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18580  GDP-mannose 6-dehydrogenase AlgD  78.77 
 
 
436 aa  731    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.156779 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0655  GDP-mannose 6-dehydrogenase  54.52 
 
 
438 aa  470  1.0000000000000001e-131  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.634375  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5882  nucleotide sugar dehydrogenase  47.72 
 
 
437 aa  443  1e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.969972  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0673  GDP-mannose 6-dehydrogenase  47.61 
 
 
438 aa  423  1e-117  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0577586  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3792  GDP-mannose 6-dehydrogenase  45.75 
 
 
429 aa  380  1e-104  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1896  GDP-mannose 6-dehydrogenase  43.09 
 
 
469 aa  347  4e-94  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.883945  normal  0.0307058 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2940  nucleotide sugar dehydrogenase  44.22 
 
 
447 aa  342  8e-93  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3220  GDP-mannose 6-dehydrogenase  40.28 
 
 
421 aa  326  4.0000000000000003e-88  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.712763  n/a   
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3885  nucleotide sugar dehydrogenase  39.6 
 
 
420 aa  297  3e-79  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2263  GDP-mannose 6-dehydrogenase  43.82 
 
 
451 aa  292  6e-78  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1796  UDP-glucose 6-dehydrogenase  37.03 
 
 
431 aa  291  2e-77  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.101485  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1699  GDP-mannose 6-dehydrogenase  38.69 
 
 
419 aa  270  4e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1719  UDP-glucose 6-dehydrogenase  43.77 
 
 
447 aa  270  4e-71  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3078  UDP-glucose 6-dehydrogenase  36.81 
 
 
426 aa  262  6.999999999999999e-69  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.455066  normal  0.236804 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2781  nucleotide sugar dehydrogenase  39.58 
 
 
429 aa  255  9e-67  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1764  UDP-glucose 6-dehydrogenase  36.18 
 
 
425 aa  250  4e-65  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.796911  normal  0.409605 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1430  nucleotide sugar dehydrogenase  39.79 
 
 
431 aa  250  4e-65  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0207  UDP-glucose 6-dehydrogenase  36.9 
 
 
421 aa  247  2e-64  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2113  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.33 
 
 
428 aa  243  7e-63  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1505  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.29 
 
 
424 aa  241  2e-62  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00000902471  normal  0.721727 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1141  nucleotide sugar dehydrogenase  34.64 
 
 
432 aa  237  2e-61  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2015  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.65 
 
 
463 aa  233  4.0000000000000004e-60  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1130  nucleotide sugar dehydrogenase  37.09 
 
 
453 aa  233  7.000000000000001e-60  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1710  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.7 
 
 
448 aa  232  8.000000000000001e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0481028  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1081  UDP-glucose 6-dehydrogenase  42.9 
 
 
425 aa  232  1e-59  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.151094  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0917  nucleotide sugar dehydrogenase  35.37 
 
 
486 aa  231  2e-59  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.834794  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1110  nucleotide sugar dehydrogenase  34.8 
 
 
446 aa  231  3e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.6072  unclonable  0.0000000437012 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1858  nucleotide sugar dehydrogenase  34.05 
 
 
450 aa  229  9e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.840288  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1121  nucleotide sugar dehydrogenase  37.47 
 
 
447 aa  227  3e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.396392  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22770  UDP-glucose 6-dehydrogenase  37.05 
 
 
460 aa  226  5.0000000000000005e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1142  nucleotide sugar dehydrogenase  35.45 
 
 
451 aa  226  7e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010181  BcerKBAB4_5424  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.31 
 
 
429 aa  224  2e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0130  udp-glucose 6-dehydrogenase  37.25 
 
 
443 aa  223  4e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2487  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.41 
 
 
442 aa  223  4.9999999999999996e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0698  nucleotide sugar dehydrogenase  34.93 
 
 
459 aa  223  4.9999999999999996e-57  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2536  nucleotide sugar dehydrogenase  35.44 
 
 
427 aa  223  4.9999999999999996e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.171539 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4070  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.78 
 
 
449 aa  222  8e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.476098  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1244  nucleotide sugar dehydrogenase  34.68 
 
 
450 aa  222  9.999999999999999e-57  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.170617  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1276  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.44 
 
 
450 aa  221  1.9999999999999999e-56  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1223  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.37 
 
 
445 aa  221  1.9999999999999999e-56  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000260089  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2616  nucleotide sugar dehydrogenase  34.13 
 
 
449 aa  221  1.9999999999999999e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.587392  normal  0.111464 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4447  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.1 
 
 
438 aa  221  1.9999999999999999e-56  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1022  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.49 
 
 
452 aa  220  3e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000993362  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1236  nucleotide sugar dehydrogenase  32.85 
 
 
448 aa  220  3.9999999999999997e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.038693  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4460  nucleotide sugar dehydrogenase  35.28 
 
 
436 aa  220  5e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4441  nucleotide sugar dehydrogenase  35.28 
 
 
435 aa  220  5e-56  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4305  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.28 
 
 
436 aa  219  5e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.434047  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0289  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.75 
 
 
447 aa  220  5e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2363  nucleotide sugar dehydrogenase  33.88 
 
 
448 aa  219  6e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00000065452  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2178  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.71 
 
 
447 aa  219  7e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1352  UDP-glucose 6-dehydrogenase  36.01 
 
 
443 aa  218  2e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000465012  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1408  nucleotide sugar dehydrogenase  35.22 
 
 
445 aa  218  2e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0334536  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1761  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.93 
 
 
446 aa  217  2.9999999999999998e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.385474  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3180  nucleotide sugar dehydrogenase  36.13 
 
 
449 aa  217  2.9999999999999998e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000062373  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2308  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.97 
 
 
450 aa  217  4e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000179328  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0866  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.13 
 
 
467 aa  216  5e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.359864 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0463  nucleotide sugar dehydrogenase subfamily protein  33.78 
 
 
440 aa  216  7e-55  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0076  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.25 
 
 
434 aa  216  7e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0500  nucleotide sugar dehydrogenase  34.21 
 
 
440 aa  216  8e-55  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.64439  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29960  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase protein  34.56 
 
 
440 aa  215  9.999999999999999e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1257  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.57 
 
 
445 aa  215  9.999999999999999e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1185  nucleotide sugar dehydrogenase  32.85 
 
 
437 aa  214  1.9999999999999998e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2076  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.43 
 
 
428 aa  215  1.9999999999999998e-54  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0276  nucleotide sugar dehydrogenase  35.93 
 
 
441 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0712  nucleotide sugar dehydrogenase  35.44 
 
 
438 aa  214  1.9999999999999998e-54  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1116  nucleotide sugar dehydrogenase  34.76 
 
 
437 aa  213  3.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1003  nucleotide sugar dehydrogenase  35.28 
 
 
445 aa  213  3.9999999999999995e-54  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.783372 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1843  nucleotide sugar dehydrogenase  35.69 
 
 
441 aa  213  3.9999999999999995e-54  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.0000229884  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1502  nucleotide sugar dehydrogenase  33.01 
 
 
445 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.239103  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3344  nucleotide sugar dehydrogenase  36.41 
 
 
457 aa  213  4.9999999999999996e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3767  nucleotide sugar dehydrogenase  32.94 
 
 
473 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0312169 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3724  nucleotide sugar dehydrogenase  33.41 
 
 
470 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.114247  normal  0.168718 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0618  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  32.87 
 
 
434 aa  213  5.999999999999999e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0769  nucleotide sugar dehydrogenase  32.87 
 
 
434 aa  213  5.999999999999999e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3001  nucleotide sugar dehydrogenase  32.65 
 
 
438 aa  213  5.999999999999999e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0713  nucleotide sugar dehydrogenase  31.98 
 
 
437 aa  213  5.999999999999999e-54  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.227984 
 
 
-
 
NC_002950  PG1143  sugar dehydrogenase  34.53 
 
 
522 aa  212  7.999999999999999e-54  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1057  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.97 
 
 
437 aa  213  7.999999999999999e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5547  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.34 
 
 
470 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.143587  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1305  nucleotide sugar dehydrogenase  34.15 
 
 
454 aa  212  1e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.80175  hitchhiker  0.0000457117 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0961  UDP-glucose dehydrogenase  32.22 
 
 
440 aa  212  1e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.837953  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3703  nucleotide sugar dehydrogenase  33.65 
 
 
470 aa  212  1e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.757511  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4542  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.65 
 
 
470 aa  212  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3821  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.65 
 
 
470 aa  212  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.893051 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1806  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.48 
 
 
467 aa  211  2e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3200  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.48 
 
 
446 aa  211  2e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.421836  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28520  nucleotide sugar dehydrogenase  32.32 
 
 
494 aa  211  2e-53  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.55315  normal  0.0721644 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2817  UDP-glucose 6-dehydrogenase  31.65 
 
 
446 aa  210  3e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3027  UDP-glucose 6-dehydrogenase  36.24 
 
 
457 aa  211  3e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>