More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3885 on replicon NC_010578
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010578  Bind_3885  nucleotide sugar dehydrogenase  100 
 
 
420 aa  866    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3220  GDP-mannose 6-dehydrogenase  59.86 
 
 
421 aa  533  1e-150  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.712763  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1699  GDP-mannose 6-dehydrogenase  58.81 
 
 
419 aa  512  1e-144  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0655  GDP-mannose 6-dehydrogenase  42.3 
 
 
438 aa  315  7e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.634375  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4561  GDP-mannose 6-dehydrogenase  41.63 
 
 
438 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4437  GDP-mannose 6-dehydrogenase  41.38 
 
 
438 aa  312  5.999999999999999e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.379553  normal  0.963128 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1288  GDP-mannose 6-dehydrogenase  41.13 
 
 
438 aa  312  6.999999999999999e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.534034  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0889  nucleotide sugar dehydrogenase  41.29 
 
 
438 aa  310  2e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0960  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  40.74 
 
 
438 aa  306  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1031  GDP-mannose 6-dehydrogenase  43.12 
 
 
436 aa  306  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1063  GDP-mannose 6-dehydrogenase  40.92 
 
 
438 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.763895 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1678  GDP-mannose 6-dehydrogenase  39.62 
 
 
436 aa  300  3e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.165535  normal  0.684751 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1243  GDP-mannose 6-dehydrogenase AlgD  39.6 
 
 
438 aa  297  3e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10970  GDP-mannose 6-dehydrogenase  39.34 
 
 
436 aa  294  2e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18580  GDP-mannose 6-dehydrogenase AlgD  40.78 
 
 
436 aa  294  2e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.156779 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1605  GDP-mannose 6-dehydrogenase AlgD  40.78 
 
 
439 aa  294  2e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.952196  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5882  nucleotide sugar dehydrogenase  37.56 
 
 
437 aa  280  2e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.969972  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0673  GDP-mannose 6-dehydrogenase  36.81 
 
 
438 aa  277  2e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0577586  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3792  GDP-mannose 6-dehydrogenase  42.3 
 
 
429 aa  278  2e-73  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2940  nucleotide sugar dehydrogenase  41.24 
 
 
447 aa  276  4e-73  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1896  GDP-mannose 6-dehydrogenase  39.12 
 
 
469 aa  264  2e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.883945  normal  0.0307058 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1796  UDP-glucose 6-dehydrogenase  38.61 
 
 
431 aa  241  2e-62  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.101485  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1764  UDP-glucose 6-dehydrogenase  36.46 
 
 
425 aa  231  2e-59  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.796911  normal  0.409605 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3078  UDP-glucose 6-dehydrogenase  36.49 
 
 
426 aa  226  6e-58  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.455066  normal  0.236804 
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0130  udp-glucose 6-dehydrogenase  35 
 
 
443 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2113  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.75 
 
 
428 aa  217  2.9999999999999998e-55  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0618  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  36.59 
 
 
434 aa  213  4.9999999999999996e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0769  nucleotide sugar dehydrogenase  36.59 
 
 
434 aa  213  4.9999999999999996e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1505  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.25 
 
 
424 aa  212  1e-53  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00000902471  normal  0.721727 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1110  nucleotide sugar dehydrogenase  33.79 
 
 
446 aa  211  2e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.6072  unclonable  0.0000000437012 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12150  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.07 
 
 
458 aa  209  1e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.875801  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1145  nucleotide sugar dehydrogenase  32.62 
 
 
444 aa  207  3e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.91161  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2263  GDP-mannose 6-dehydrogenase  34.05 
 
 
451 aa  207  4e-52  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1130  nucleotide sugar dehydrogenase  31.94 
 
 
453 aa  206  5e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2024  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  32.61 
 
 
450 aa  206  6e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0276  nucleotide sugar dehydrogenase  33.15 
 
 
441 aa  204  2e-51  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3255  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.61 
 
 
434 aa  204  3e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.564317  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3925  nucleotide sugar dehydrogenase  32.2 
 
 
437 aa  204  3e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.107099  normal  0.0149623 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3615  nucleotide sugar dehydrogenase  32.2 
 
 
437 aa  204  3e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.285308  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4305  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.96 
 
 
436 aa  203  4e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.434047  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4447  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.8 
 
 
438 aa  203  5e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1223  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.65 
 
 
445 aa  202  7e-51  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000260089  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0463  nucleotide sugar dehydrogenase subfamily protein  33.52 
 
 
440 aa  202  9e-51  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4441  nucleotide sugar dehydrogenase  32.96 
 
 
435 aa  202  9e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1143  sugar dehydrogenase  32.34 
 
 
522 aa  202  9.999999999999999e-51  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4460  nucleotide sugar dehydrogenase  32.96 
 
 
436 aa  202  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1710  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.79 
 
 
448 aa  202  9.999999999999999e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0481028  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0712  nucleotide sugar dehydrogenase  33.52 
 
 
438 aa  202  9.999999999999999e-51  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3344  nucleotide sugar dehydrogenase  35.65 
 
 
457 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4156  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.81 
 
 
438 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1761  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.61 
 
 
446 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.385474  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1858  nucleotide sugar dehydrogenase  33.15 
 
 
450 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.840288  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2536  nucleotide sugar dehydrogenase  34.08 
 
 
427 aa  201  3e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.171539 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1839  nucleotide sugar dehydrogenase  34.25 
 
 
434 aa  201  3e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.158743  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1642  nucleotide sugar dehydrogenase  34.72 
 
 
427 aa  200  3.9999999999999996e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3217  nucleotide sugar dehydrogenase  34.25 
 
 
438 aa  199  5e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2015  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.7 
 
 
463 aa  199  6e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0207  UDP-glucose 6-dehydrogenase  36.31 
 
 
421 aa  199  7.999999999999999e-50  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3290  nucleotide sugar dehydrogenase  32.38 
 
 
457 aa  199  9e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2781  nucleotide sugar dehydrogenase  34.15 
 
 
429 aa  199  1.0000000000000001e-49  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3526  nucleotide sugar dehydrogenase  32.04 
 
 
443 aa  199  1.0000000000000001e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3094  nucleotide sugar dehydrogenase  32.43 
 
 
440 aa  198  1.0000000000000001e-49  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1719  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.7 
 
 
447 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0064  nucleotide sugar dehydrogenase  33.33 
 
 
442 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0265709  normal  0.16241 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2076  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.26 
 
 
428 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2639  nucleotide sugar dehydrogenase  34.34 
 
 
434 aa  198  2.0000000000000003e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.404662  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2363  nucleotide sugar dehydrogenase  31.96 
 
 
448 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00000065452  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3213  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.25 
 
 
503 aa  198  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0775  nucleotide sugar dehydrogenase  34.89 
 
 
452 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1581  nucleotide sugar dehydrogenase  31.93 
 
 
434 aa  197  3e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000172348  hitchhiker  5.43312e-21 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3252  nucleotide sugar dehydrogenase  33.7 
 
 
438 aa  197  3e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.597555 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5192  nucleotide sugar dehydrogenase  33.52 
 
 
440 aa  197  3e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.602765  normal  0.0285875 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3028  nucleotide sugar dehydrogenase  33.7 
 
 
438 aa  197  3e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1236  nucleotide sugar dehydrogenase  32.79 
 
 
448 aa  197  3e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.038693  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1081  UDP-glucose 6-dehydrogenase  36.77 
 
 
425 aa  197  3e-49  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.151094  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3180  nucleotide sugar dehydrogenase  33.33 
 
 
449 aa  197  4.0000000000000005e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000062373  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0795  nucleotide sugar dehydrogenase  34.71 
 
 
434 aa  197  4.0000000000000005e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22770  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.87 
 
 
460 aa  196  5.000000000000001e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1859  nucleotide sugar dehydrogenase  30.77 
 
 
466 aa  196  6e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2477  UDP-glucose 6-dehydrogenase  31.85 
 
 
471 aa  196  6e-49  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0541405  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0698  nucleotide sugar dehydrogenase  33.52 
 
 
459 aa  196  7e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2755  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.07 
 
 
436 aa  196  7e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0289  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.42 
 
 
447 aa  196  7e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1513  nucleotide sugar dehydrogenase  31.58 
 
 
437 aa  196  8.000000000000001e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1142  nucleotide sugar dehydrogenase  31.19 
 
 
451 aa  196  8.000000000000001e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1022  UDP-glucose 6-dehydrogenase  31.18 
 
 
452 aa  196  9e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000993362  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1947  nucleotide sugar dehydrogenase  34.07 
 
 
463 aa  195  1e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.620289  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1948  nucleotide sugar dehydrogenase  33.97 
 
 
434 aa  195  1e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.286781  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1244  nucleotide sugar dehydrogenase  31.62 
 
 
450 aa  194  2e-48  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.170617  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3027  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.44 
 
 
457 aa  194  2e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2329  nucleotide sugar dehydrogenase  32.89 
 
 
439 aa  194  2e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.129467 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2489  UDP-glucose 6-dehydrogenase  31.59 
 
 
436 aa  194  2e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.656583  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4084  nucleotide sugar dehydrogenase  33.98 
 
 
458 aa  194  2e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1388  UDP-glucose 6-dehydrogenase  31.06 
 
 
442 aa  195  2e-48  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4079  nucleotide sugar dehydrogenase  34.35 
 
 
458 aa  194  3e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4994  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.98 
 
 
456 aa  194  3e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5066  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.04 
 
 
440 aa  194  3e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0920  nucleotide sugar dehydrogenase  29.43 
 
 
449 aa  194  3e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0799029  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0894  nucleotide sugar dehydrogenase  29.43 
 
 
449 aa  194  3e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3681  nucleotide sugar dehydrogenase  33.7 
 
 
433 aa  194  4e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.72238  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>