More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0960 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_1031  GDP-mannose 6-dehydrogenase  80.82 
 
 
436 aa  744    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1288  GDP-mannose 6-dehydrogenase  85.62 
 
 
438 aa  785    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.534034  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1243  GDP-mannose 6-dehydrogenase AlgD  89.27 
 
 
438 aa  814    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1063  GDP-mannose 6-dehydrogenase  89.27 
 
 
438 aa  812    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.763895 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1678  GDP-mannose 6-dehydrogenase  73.97 
 
 
436 aa  682    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.165535  normal  0.684751 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0960  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  100 
 
 
438 aa  896    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10970  GDP-mannose 6-dehydrogenase  76.48 
 
 
436 aa  704    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4561  GDP-mannose 6-dehydrogenase  85.62 
 
 
438 aa  787    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4437  GDP-mannose 6-dehydrogenase  85.39 
 
 
438 aa  784    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.379553  normal  0.963128 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1605  GDP-mannose 6-dehydrogenase AlgD  78.08 
 
 
439 aa  720    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.952196  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18580  GDP-mannose 6-dehydrogenase AlgD  77.85 
 
 
436 aa  719    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.156779 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0889  nucleotide sugar dehydrogenase  85.84 
 
 
438 aa  783    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0655  GDP-mannose 6-dehydrogenase  55.24 
 
 
438 aa  474  1e-132  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.634375  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5882  nucleotide sugar dehydrogenase  47.03 
 
 
437 aa  436  1e-121  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.969972  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0673  GDP-mannose 6-dehydrogenase  48.06 
 
 
438 aa  426  1e-118  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0577586  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3792  GDP-mannose 6-dehydrogenase  46.23 
 
 
429 aa  384  1e-105  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1896  GDP-mannose 6-dehydrogenase  42.92 
 
 
469 aa  358  9.999999999999999e-98  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.883945  normal  0.0307058 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2940  nucleotide sugar dehydrogenase  42.96 
 
 
447 aa  347  3e-94  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3220  GDP-mannose 6-dehydrogenase  40.52 
 
 
421 aa  325  8.000000000000001e-88  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.712763  n/a   
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3885  nucleotide sugar dehydrogenase  40.74 
 
 
420 aa  306  5.0000000000000004e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2263  GDP-mannose 6-dehydrogenase  40.47 
 
 
451 aa  293  4e-78  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1796  UDP-glucose 6-dehydrogenase  36.04 
 
 
431 aa  281  1e-74  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.101485  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1699  GDP-mannose 6-dehydrogenase  38.86 
 
 
419 aa  274  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1719  UDP-glucose 6-dehydrogenase  42.11 
 
 
447 aa  269  8.999999999999999e-71  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3078  UDP-glucose 6-dehydrogenase  36.65 
 
 
426 aa  260  3e-68  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.455066  normal  0.236804 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2781  nucleotide sugar dehydrogenase  40.83 
 
 
429 aa  258  1e-67  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1430  nucleotide sugar dehydrogenase  36.55 
 
 
431 aa  254  2.0000000000000002e-66  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1505  UDP-glucose 6-dehydrogenase  36.2 
 
 
424 aa  248  1e-64  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00000902471  normal  0.721727 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1764  UDP-glucose 6-dehydrogenase  40.06 
 
 
425 aa  247  3e-64  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.796911  normal  0.409605 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0207  UDP-glucose 6-dehydrogenase  38.42 
 
 
421 aa  242  1e-62  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2113  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.84 
 
 
428 aa  240  4e-62  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1141  nucleotide sugar dehydrogenase  35.78 
 
 
432 aa  238  2e-61  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1130  nucleotide sugar dehydrogenase  37.36 
 
 
453 aa  237  3e-61  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0917  nucleotide sugar dehydrogenase  35.61 
 
 
486 aa  234  2.0000000000000002e-60  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.834794  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1858  nucleotide sugar dehydrogenase  35.01 
 
 
450 aa  233  6e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.840288  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2015  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.41 
 
 
463 aa  230  3e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1110  nucleotide sugar dehydrogenase  36.9 
 
 
446 aa  228  1e-58  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.6072  unclonable  0.0000000437012 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1081  UDP-glucose 6-dehydrogenase  38.06 
 
 
425 aa  228  2e-58  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.151094  n/a   
 
 
-
 
NC_010181  BcerKBAB4_5424  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.05 
 
 
429 aa  227  3e-58  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0130  udp-glucose 6-dehydrogenase  36.48 
 
 
443 aa  226  7e-58  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4614  nucleotide sugar dehydrogenase  35.51 
 
 
431 aa  226  9e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4070  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.97 
 
 
449 aa  224  3e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.476098  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4305  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.83 
 
 
436 aa  224  3e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.434047  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0866  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.98 
 
 
467 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.359864 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1236  nucleotide sugar dehydrogenase  34.21 
 
 
448 aa  223  7e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.038693  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2616  nucleotide sugar dehydrogenase  34.37 
 
 
449 aa  223  7e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.587392  normal  0.111464 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0276  nucleotide sugar dehydrogenase  37.6 
 
 
441 aa  221  9.999999999999999e-57  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1710  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.73 
 
 
448 aa  222  9.999999999999999e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0481028  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2536  nucleotide sugar dehydrogenase  35.11 
 
 
427 aa  221  9.999999999999999e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.171539 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0289  UDP-glucose 6-dehydrogenase  36.34 
 
 
447 aa  221  1.9999999999999999e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1352  UDP-glucose 6-dehydrogenase  36.01 
 
 
443 aa  221  1.9999999999999999e-56  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000465012  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2178  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.01 
 
 
447 aa  221  1.9999999999999999e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1143  sugar dehydrogenase  36.01 
 
 
522 aa  221  3e-56  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4441  nucleotide sugar dehydrogenase  35.83 
 
 
435 aa  220  3.9999999999999997e-56  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0076  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.44 
 
 
434 aa  220  3.9999999999999997e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4460  nucleotide sugar dehydrogenase  35.83 
 
 
436 aa  220  3.9999999999999997e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1244  nucleotide sugar dehydrogenase  36.36 
 
 
450 aa  219  7e-56  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.170617  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1121  nucleotide sugar dehydrogenase  33.81 
 
 
447 aa  219  7.999999999999999e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.396392  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2076  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.88 
 
 
428 aa  219  1e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4447  UDP-glucose 6-dehydrogenase  36.67 
 
 
438 aa  218  2e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1142  nucleotide sugar dehydrogenase  35.14 
 
 
451 aa  218  2e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1276  UDP-glucose 6-dehydrogenase  36.1 
 
 
450 aa  217  4e-55  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22770  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.38 
 
 
460 aa  216  8e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4589  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  33.03 
 
 
462 aa  216  9e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.272386  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2708  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.08 
 
 
447 aa  215  9.999999999999999e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0287014  decreased coverage  0.0000651143 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2363  nucleotide sugar dehydrogenase  34.22 
 
 
448 aa  215  9.999999999999999e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00000065452  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0920  nucleotide sugar dehydrogenase  35.55 
 
 
449 aa  215  9.999999999999999e-55  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0799029  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0698  nucleotide sugar dehydrogenase  34.65 
 
 
459 aa  215  9.999999999999999e-55  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0894  nucleotide sugar dehydrogenase  35.55 
 
 
449 aa  215  9.999999999999999e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1502  nucleotide sugar dehydrogenase  34.38 
 
 
445 aa  215  9.999999999999999e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.239103  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2487  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.34 
 
 
442 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2308  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.2 
 
 
450 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000179328  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1408  nucleotide sugar dehydrogenase  35.46 
 
 
445 aa  214  1.9999999999999998e-54  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0334536  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0500  nucleotide sugar dehydrogenase  34.21 
 
 
440 aa  214  1.9999999999999998e-54  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.64439  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1003  nucleotide sugar dehydrogenase  34.75 
 
 
445 aa  214  2.9999999999999995e-54  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.783372 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2817  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.37 
 
 
446 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3255  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.1 
 
 
434 aa  214  2.9999999999999995e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.564317  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3200  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.41 
 
 
446 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.421836  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3767  nucleotide sugar dehydrogenase  33.33 
 
 
473 aa  214  3.9999999999999995e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0312169 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1305  nucleotide sugar dehydrogenase  34.38 
 
 
454 aa  213  3.9999999999999995e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.80175  hitchhiker  0.0000457117 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29960  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase protein  34.83 
 
 
440 aa  213  3.9999999999999995e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1761  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.01 
 
 
446 aa  213  4.9999999999999996e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.385474  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0618  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  32.25 
 
 
434 aa  213  5.999999999999999e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0769  nucleotide sugar dehydrogenase  32.25 
 
 
434 aa  213  5.999999999999999e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1223  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.65 
 
 
445 aa  213  5.999999999999999e-54  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000260089  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1022  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.01 
 
 
452 aa  213  5.999999999999999e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000993362  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2477  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.25 
 
 
471 aa  212  7.999999999999999e-54  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0541405  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1257  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.81 
 
 
445 aa  211  1e-53  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1843  nucleotide sugar dehydrogenase  35.29 
 
 
441 aa  211  2e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.0000229884  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1185  nucleotide sugar dehydrogenase  32.61 
 
 
437 aa  211  2e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1806  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.98 
 
 
467 aa  211  2e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4156  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.77 
 
 
438 aa  211  2e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0463  nucleotide sugar dehydrogenase subfamily protein  33.98 
 
 
440 aa  211  3e-53  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1116  nucleotide sugar dehydrogenase  34.97 
 
 
437 aa  211  3e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27790  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.53 
 
 
440 aa  210  3e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1072  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.61 
 
 
457 aa  210  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3290  nucleotide sugar dehydrogenase  31.57 
 
 
457 aa  210  4e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1405  UDP-glucose 6-dehydrogenase  36.64 
 
 
440 aa  210  4e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3180  nucleotide sugar dehydrogenase  35.57 
 
 
449 aa  210  4e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000062373  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3703  nucleotide sugar dehydrogenase  35.77 
 
 
470 aa  210  5e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.757511  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>