More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_3220 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_3220  GDP-mannose 6-dehydrogenase  100 
 
 
421 aa  858    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.712763  n/a   
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3885  nucleotide sugar dehydrogenase  59.86 
 
 
420 aa  533  1e-150  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1699  GDP-mannose 6-dehydrogenase  57.24 
 
 
419 aa  485  1e-136  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1288  GDP-mannose 6-dehydrogenase  40.76 
 
 
438 aa  333  4e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.534034  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4437  GDP-mannose 6-dehydrogenase  40.52 
 
 
438 aa  332  6e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.379553  normal  0.963128 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4561  GDP-mannose 6-dehydrogenase  40.52 
 
 
438 aa  332  9e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0889  nucleotide sugar dehydrogenase  40.05 
 
 
438 aa  330  3e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1063  GDP-mannose 6-dehydrogenase  40.28 
 
 
438 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.763895 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1243  GDP-mannose 6-dehydrogenase AlgD  40.28 
 
 
438 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0960  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  40.52 
 
 
438 aa  325  7e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1031  GDP-mannose 6-dehydrogenase  40.05 
 
 
436 aa  325  7e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0655  GDP-mannose 6-dehydrogenase  41.45 
 
 
438 aa  318  1e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.634375  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10970  GDP-mannose 6-dehydrogenase  39.2 
 
 
436 aa  315  8e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1605  GDP-mannose 6-dehydrogenase AlgD  39.48 
 
 
439 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.952196  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5882  nucleotide sugar dehydrogenase  38.35 
 
 
437 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.969972  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18580  GDP-mannose 6-dehydrogenase AlgD  39.48 
 
 
436 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.156779 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1678  GDP-mannose 6-dehydrogenase  39.59 
 
 
436 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.165535  normal  0.684751 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2940  nucleotide sugar dehydrogenase  43.52 
 
 
447 aa  300  4e-80  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3792  GDP-mannose 6-dehydrogenase  43.56 
 
 
429 aa  288  1e-76  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0673  GDP-mannose 6-dehydrogenase  38.8 
 
 
438 aa  288  2e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0577586  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1896  GDP-mannose 6-dehydrogenase  37.23 
 
 
469 aa  270  4e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.883945  normal  0.0307058 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1764  UDP-glucose 6-dehydrogenase  37.36 
 
 
425 aa  243  6e-63  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.796911  normal  0.409605 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1796  UDP-glucose 6-dehydrogenase  37.33 
 
 
431 aa  240  4e-62  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.101485  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3078  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.49 
 
 
426 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.455066  normal  0.236804 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1859  nucleotide sugar dehydrogenase  32.71 
 
 
466 aa  233  6e-60  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0463  nucleotide sugar dehydrogenase subfamily protein  31.96 
 
 
440 aa  230  4e-59  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1110  nucleotide sugar dehydrogenase  35.07 
 
 
446 aa  228  1e-58  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.6072  unclonable  0.0000000437012 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0207  UDP-glucose 6-dehydrogenase  38 
 
 
421 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1145  nucleotide sugar dehydrogenase  32.27 
 
 
444 aa  226  5.0000000000000005e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.91161  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1505  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.14 
 
 
424 aa  225  9e-58  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00000902471  normal  0.721727 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2042  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.68 
 
 
445 aa  225  1e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1223  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.63 
 
 
445 aa  225  1e-57  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000260089  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1130  nucleotide sugar dehydrogenase  33.61 
 
 
453 aa  224  2e-57  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0276  nucleotide sugar dehydrogenase  33.24 
 
 
441 aa  223  4e-57  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1305  nucleotide sugar dehydrogenase  33.25 
 
 
454 aa  223  4.9999999999999996e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.80175  hitchhiker  0.0000457117 
 
 
-
 
NC_002950  PG1143  sugar dehydrogenase  34.51 
 
 
522 aa  221  9.999999999999999e-57  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2263  GDP-mannose 6-dehydrogenase  35.6 
 
 
451 aa  222  9.999999999999999e-57  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3255  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.09 
 
 
434 aa  221  1.9999999999999999e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.564317  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4447  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.48 
 
 
438 aa  220  3e-56  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1142  nucleotide sugar dehydrogenase  32.27 
 
 
451 aa  220  3e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0901  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.63 
 
 
440 aa  220  3.9999999999999997e-56  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.665804  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3394  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.63 
 
 
440 aa  220  3.9999999999999997e-56  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.852833  normal  0.0959511 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3925  nucleotide sugar dehydrogenase  31.87 
 
 
437 aa  219  6e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.107099  normal  0.0149623 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2536  nucleotide sugar dehydrogenase  34.17 
 
 
427 aa  219  6e-56  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.171539 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3615  nucleotide sugar dehydrogenase  31.87 
 
 
437 aa  219  6e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.285308  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2113  UDP-glucose 6-dehydrogenase  31.87 
 
 
428 aa  219  7e-56  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0130  udp-glucose 6-dehydrogenase  32.59 
 
 
443 aa  219  1e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0282  nucleotide sugar dehydrogenase  34.66 
 
 
445 aa  218  1e-55  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.721086 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1276  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.58 
 
 
450 aa  218  1e-55  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2616  nucleotide sugar dehydrogenase  32.89 
 
 
449 aa  218  2e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.587392  normal  0.111464 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1710  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.12 
 
 
448 aa  218  2e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0481028  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0503  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.33 
 
 
454 aa  216  5e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12150  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.41 
 
 
458 aa  216  8e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.875801  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2308  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.78 
 
 
450 aa  216  8e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000179328  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1244  nucleotide sugar dehydrogenase  32.58 
 
 
450 aa  215  9.999999999999999e-55  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.170617  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1642  nucleotide sugar dehydrogenase  34.03 
 
 
427 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1352  UDP-glucose 6-dehydrogenase  31.94 
 
 
443 aa  214  1.9999999999999998e-54  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000465012  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1513  nucleotide sugar dehydrogenase  31.87 
 
 
437 aa  214  1.9999999999999998e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2487  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.05 
 
 
442 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1257  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.97 
 
 
445 aa  214  2.9999999999999995e-54  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1693  nucleotide sugar dehydrogenase  32.88 
 
 
445 aa  213  3.9999999999999995e-54  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.110562  hitchhiker  0.00856066 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1761  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.26 
 
 
446 aa  213  3.9999999999999995e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.385474  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1185  nucleotide sugar dehydrogenase  31.76 
 
 
437 aa  213  3.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1116  nucleotide sugar dehydrogenase  31.76 
 
 
437 aa  213  3.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1806  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.42 
 
 
467 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3001  nucleotide sugar dehydrogenase  32.33 
 
 
438 aa  213  5.999999999999999e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0712  nucleotide sugar dehydrogenase  32.8 
 
 
438 aa  213  7e-54  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4305  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.98 
 
 
436 aa  213  7.999999999999999e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.434047  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1210  nucleotide sugar dehydrogenase  33.7 
 
 
430 aa  212  1e-53  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2639  nucleotide sugar dehydrogenase  33.02 
 
 
434 aa  211  2e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.404662  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1466  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.42 
 
 
445 aa  211  2e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.434969  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0544  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.89 
 
 
473 aa  211  2e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0775  nucleotide sugar dehydrogenase  35.92 
 
 
452 aa  211  2e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4084  nucleotide sugar dehydrogenase  33.42 
 
 
458 aa  211  3e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0795  nucleotide sugar dehydrogenase  33.02 
 
 
434 aa  210  3e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1435  nucleotide sugar dehydrogenase  33.24 
 
 
440 aa  210  4e-53  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3027  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.08 
 
 
457 aa  210  4e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0618  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  32.94 
 
 
434 aa  210  4e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4606  nucleotide sugar dehydrogenase  35.64 
 
 
456 aa  210  4e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.094228  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0769  nucleotide sugar dehydrogenase  32.94 
 
 
434 aa  210  4e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0289  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.42 
 
 
447 aa  210  4e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4441  nucleotide sugar dehydrogenase  33.98 
 
 
435 aa  210  5e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3252  nucleotide sugar dehydrogenase  34.42 
 
 
438 aa  209  5e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.597555 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4460  nucleotide sugar dehydrogenase  33.98 
 
 
436 aa  209  5e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1388  UDP-glucose 6-dehydrogenase  31.02 
 
 
442 aa  210  5e-53  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0119  nucleotide sugar dehydrogenase  30.57 
 
 
435 aa  209  6e-53  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.0000000027408  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2987  nucleotide sugar dehydrogenase  31.75 
 
 
441 aa  209  6e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0273296  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2339  nucleotide sugar dehydrogenase  34.07 
 
 
443 aa  209  7e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.247119  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1236  nucleotide sugar dehydrogenase  30.73 
 
 
448 aa  209  7e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.038693  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1586  putative nucleotide sugar dehydrogenase  31.72 
 
 
464 aa  209  8e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0698  nucleotide sugar dehydrogenase  32.97 
 
 
459 aa  209  9e-53  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1719  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.62 
 
 
447 aa  209  1e-52  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2622  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.44 
 
 
473 aa  208  1e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2565  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.42 
 
 
457 aa  208  1e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.208058  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2076  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.04 
 
 
428 aa  208  1e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0953  nucleotide sugar dehydrogenase  32.93 
 
 
447 aa  209  1e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4156  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.18 
 
 
438 aa  209  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5066  UDP-glucose 6-dehydrogenase  31.72 
 
 
440 aa  209  1e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18300  putative nucleotide sugar dehydrogenase  31.72 
 
 
464 aa  209  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0219649  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1022  UDP-glucose 6-dehydrogenase  31.54 
 
 
452 aa  208  1e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000993362  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>