More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1288 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1288  GDP-mannose 6-dehydrogenase  100 
 
 		 438 aa  898    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.534034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4561  GDP-mannose 6-dehydrogenase  98.4 
 
 		 438 aa  886    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1605  GDP-mannose 6-dehydrogenase AlgD  78.54 
 
 		 439 aa  722    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.952196  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1243  GDP-mannose 6-dehydrogenase AlgD  84.47 
 
 		 438 aa  779    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0889  nucleotide sugar dehydrogenase  96.8 
 
 		 438 aa  872    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1063  GDP-mannose 6-dehydrogenase  85.16 
 
 		 438 aa  784    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.763895 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0960  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  85.62 
 
 		 438 aa  785    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4437  GDP-mannose 6-dehydrogenase  99.77 
 
 		 438 aa  898    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.379553  normal  0.963128 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10970  GDP-mannose 6-dehydrogenase  73.97 
 
 		 436 aa  679    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1031  GDP-mannose 6-dehydrogenase  80.82 
 
 		 436 aa  735    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18580  GDP-mannose 6-dehydrogenase AlgD  78.77 
 
 		 436 aa  723    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.156779 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1678  GDP-mannose 6-dehydrogenase  74.66 
 
 		 436 aa  679    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.165535  normal  0.684751 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0655  GDP-mannose 6-dehydrogenase  55.71 
 
 		 438 aa  478  1e-133  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.634375  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5882  nucleotide sugar dehydrogenase  47.26 
 
 		 437 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.969972  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0673  GDP-mannose 6-dehydrogenase  47.84 
 
 		 438 aa  423  1e-117  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0577586  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3792  GDP-mannose 6-dehydrogenase  44.83 
 
 		 429 aa  382  1e-105  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1896  GDP-mannose 6-dehydrogenase  41.93 
 
 		 469 aa  349  5e-95  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.883945  normal  0.0307058 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2940  nucleotide sugar dehydrogenase  43.19 
 
 		 447 aa  345  8e-94  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3220  GDP-mannose 6-dehydrogenase  40.76 
 
 		 421 aa  333  4e-90  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.712763  n/a   
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3885  nucleotide sugar dehydrogenase  41.13 
 
 		 420 aa  312  7.999999999999999e-84  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1796  UDP-glucose 6-dehydrogenase  37.89 
 
 		 431 aa  297  2e-79  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.101485  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2263  GDP-mannose 6-dehydrogenase  39.83 
 
 		 451 aa  293  4e-78  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3078  UDP-glucose 6-dehydrogenase  37.53 
 
 		 426 aa  273  3e-72  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.455066  normal  0.236804 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1699  GDP-mannose 6-dehydrogenase  39.28 
 
 		 419 aa  271  2e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1719  UDP-glucose 6-dehydrogenase  43.49 
 
 		 447 aa  271  2e-71  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1764  UDP-glucose 6-dehydrogenase  40.34 
 
 		 425 aa  250  3e-65  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.796911  normal  0.409605 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1505  UDP-glucose 6-dehydrogenase  36.12 
 
 		 424 aa  249  6e-65  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00000902471  normal  0.721727 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2781  nucleotide sugar dehydrogenase  39.4 
 
 		 429 aa  248  1e-64  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1430  nucleotide sugar dehydrogenase  38.73 
 
 		 431 aa  245  9e-64  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2015  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.37 
 
 		 463 aa  243  3.9999999999999997e-63  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2113  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.22 
 
 		 428 aa  242  9e-63  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0207  UDP-glucose 6-dehydrogenase  40.59 
 
 		 421 aa  239  5e-62  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1858  nucleotide sugar dehydrogenase  34.77 
 
 		 450 aa  232  8.000000000000001e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.840288  n/a   
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0130  udp-glucose 6-dehydrogenase  36.02 
 
 		 443 aa  231  2e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1141  nucleotide sugar dehydrogenase  37.57 
 
 		 432 aa  231  2e-59  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4070  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.52 
 
 		 449 aa  230  3e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.476098  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1110  nucleotide sugar dehydrogenase  35.04 
 
 		 446 aa  229  6e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.6072  unclonable  0.0000000437012 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1130  nucleotide sugar dehydrogenase  36.52 
 
 		 453 aa  229  8e-59  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1081  UDP-glucose 6-dehydrogenase  38.06 
 
 		 425 aa  229  8e-59  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.151094  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22770  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.66 
 
 		 460 aa  228  1e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1236  nucleotide sugar dehydrogenase  34.03 
 
 		 448 aa  228  2e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.038693  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0917  nucleotide sugar dehydrogenase  34.63 
 
 		 486 aa  227  3e-58  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.834794  n/a   
 
 
-
 
NC_010181  BcerKBAB4_5424  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.97 
 
 		 429 aa  227  3e-58  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2616  nucleotide sugar dehydrogenase  34.28 
 
 		 449 aa  227  4e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.587392  normal  0.111464 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0866  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.17 
 
 		 467 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.359864 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2536  nucleotide sugar dehydrogenase  35.67 
 
 		 427 aa  226  5.0000000000000005e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.171539 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1142  nucleotide sugar dehydrogenase  35.22 
 
 		 451 aa  225  1e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3344  nucleotide sugar dehydrogenase  38.94 
 
 		 457 aa  225  1e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1761  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.38 
 
 		 446 aa  225  1e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.385474  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1352  UDP-glucose 6-dehydrogenase  36.84 
 
 		 443 aa  225  1e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000465012  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2306  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.69 
 
 		 434 aa  224  2e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.595452  normal  0.13158 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0653  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.69 
 
 		 434 aa  224  2e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0616726  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1244  nucleotide sugar dehydrogenase  35.39 
 
 		 450 aa  224  2e-57  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.170617  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0076  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.27 
 
 		 434 aa  224  2e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1276  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35 
 
 		 450 aa  224  3e-57  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1710  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.01 
 
 		 448 aa  224  3e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0481028  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0712  nucleotide sugar dehydrogenase  36.23 
 
 		 438 aa  223  4.9999999999999996e-57  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3767  nucleotide sugar dehydrogenase  33.64 
 
 		 473 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0312169 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2076  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.65 
 
 		 428 aa  222  9.999999999999999e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1408  nucleotide sugar dehydrogenase  36.01 
 
 		 445 aa  222  9.999999999999999e-57  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0334536  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2178  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.29 
 
 		 447 aa  221  1.9999999999999999e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0276  nucleotide sugar dehydrogenase  37.33 
 
 		 441 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1305  nucleotide sugar dehydrogenase  33.5 
 
 		 454 aa  220  3e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.80175  hitchhiker  0.0000457117 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1022  UDP-glucose 6-dehydrogenase  36.95 
 
 		 452 aa  220  3e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000993362  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1806  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.71 
 
 		 467 aa  219  5e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3200  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.13 
 
 		 446 aa  219  5e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.421836  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0289  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.89 
 
 		 447 aa  219  6e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1405  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.77 
 
 		 440 aa  219  7.999999999999999e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1143  sugar dehydrogenase  35.18 
 
 		 522 aa  218  1e-55  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2487  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.62 
 
 		 442 aa  218  1e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2308  UDP-glucose 6-dehydrogenase  36.69 
 
 		 450 aa  218  1e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000179328  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4156  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.93 
 
 		 438 aa  218  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4447  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.56 
 
 		 438 aa  218  2e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1257  UDP-glucose 6-dehydrogenase  36.24 
 
 		 445 aa  218  2e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1121  nucleotide sugar dehydrogenase  35.54 
 
 		 447 aa  218  2e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.396392  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2363  nucleotide sugar dehydrogenase  34.22 
 
 		 448 aa  218  2e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00000065452  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1843  nucleotide sugar dehydrogenase  35.97 
 
 		 441 aa  217  4e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.0000229884  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0894  nucleotide sugar dehydrogenase  34.04 
 
 		 449 aa  215  9.999999999999999e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0920  nucleotide sugar dehydrogenase  34.04 
 
 		 449 aa  215  9.999999999999999e-55  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0799029  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0698  nucleotide sugar dehydrogenase  33.09 
 
 		 459 aa  215  9.999999999999999e-55  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4305  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.44 
 
 		 436 aa  214  1.9999999999999998e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.434047  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1502  nucleotide sugar dehydrogenase  33.85 
 
 		 445 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.239103  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2339  nucleotide sugar dehydrogenase  32.19 
 
 		 443 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.247119  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3290  nucleotide sugar dehydrogenase  33.33 
 
 		 457 aa  214  2.9999999999999995e-54  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2817  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.17 
 
 		 446 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0500  nucleotide sugar dehydrogenase  33.33 
 
 		 440 aa  214  2.9999999999999995e-54  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.64439  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1223  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.29 
 
 		 445 aa  214  2.9999999999999995e-54  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000260089  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29960  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase protein  34.83 
 
 		 440 aa  213  4.9999999999999996e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5066  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.36 
 
 		 440 aa  213  5.999999999999999e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4460  nucleotide sugar dehydrogenase  35 
 
 		 436 aa  213  7e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1430  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  33.89 
 
 		 450 aa  213  7e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000289789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3775  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.41 
 
 		 434 aa  213  7e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4441  nucleotide sugar dehydrogenase  35 
 
 		 435 aa  213  7.999999999999999e-54  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0579  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.64 
 
 		 437 aa  212  9e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0396175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3526  nucleotide sugar dehydrogenase  35.18 
 
 		 443 aa  212  9e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3180  nucleotide sugar dehydrogenase  35.57 
 
 		 449 aa  212  1e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000062373  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3027  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.39 
 
 		 457 aa  211  2e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1185  nucleotide sugar dehydrogenase  35.16 
 
 		 437 aa  211  2e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1116  nucleotide sugar dehydrogenase  35.16 
 
 		 437 aa  211  2e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3703  nucleotide sugar dehydrogenase  35.77 
 
 		 470 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.757511  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>