More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3449 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3449  twitching motility protein  100 
 
 		 338 aa  683    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0548659  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3606  twitching motility protein  92.01 
 
 		 338 aa  631  1e-180  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.8457  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0761  twitching motility protein  68.66 
 
 		 340 aa  468  1.0000000000000001e-131  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0776  twitching motility protein  66.97 
 
 		 346 aa  454  1e-127  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.322077  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0831  twitching motility protein  60.12 
 
 		 374 aa  395  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.859854  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0833  twitching motility protein  60.12 
 
 		 374 aa  395  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.213742  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4029  twitching motility protein  63.64 
 
 		 340 aa  386  1e-106  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.364781  hitchhiker  0.00141346 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3294  twitching motility family protein  59.45 
 
 		 326 aa  379  1e-104  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3092  twitching motility family protein  59.15 
 
 		 341 aa  375  1e-103  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000184946 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02780  predicted transporter  58.54 
 
 		 326 aa  371  1e-102  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.374196  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0745  twitching motility protein  58.84 
 
 		 326 aa  372  1e-102  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.55991  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4253  twitching motility family protein  58.54 
 
 		 341 aa  373  1e-102  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.626068  normal  0.518101 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02743  hypothetical protein  58.54 
 
 		 326 aa  371  1e-102  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.390847  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0764  twitching motility protein  58.54 
 
 		 326 aa  373  1e-102  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.160619  hitchhiker  0.0000267931 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3110  twitching motility family protein  58.54 
 
 		 326 aa  373  1e-102  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3382  twitching motility family protein  58.84 
 
 		 326 aa  369  1e-101  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3356  twitching motility protein  58.54 
 
 		 326 aa  364  1e-99  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00189861 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3338  twitching mobility protein  56.71 
 
 		 326 aa  353  2.9999999999999997e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.394919 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3346  twitching mobility protein  56.71 
 
 		 326 aa  352  5e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.732924  normal  0.263184 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3262  twitching mobility protein  56.1 
 
 		 326 aa  352  7e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3273  twitching mobility protein  56.71 
 
 		 326 aa  352  8e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0500481 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3442  twitching motility protein PilT  56.71 
 
 		 326 aa  350  2e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.091783 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0544  twitching mobility protein PilT, type II/IV secretion system protein  51.82 
 
 		 345 aa  343  2e-93  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0014  twitching motility protein PilT  50.91 
 
 		 345 aa  342  4e-93  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2419  pilus retraction ATPase PilT  49.7 
 
 		 347 aa  338  7e-92  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3039  type II secretion system protein (twitching motility protein) (PilT)  49.85 
 
 		 344 aa  338  8e-92  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.37999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03577  hypothetical protein  49.85 
 
 		 346 aa  337  1.9999999999999998e-91  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2476  twitching motility protein  50.45 
 
 		 345 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0342  twitching motility protein  50.76 
 
 		 345 aa  337  1.9999999999999998e-91  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002458  twitching motility protein PilT  49.55 
 
 		 346 aa  336  2.9999999999999997e-91  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1138  twitching motility protein  49.85 
 
 		 345 aa  335  5e-91  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.236895 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1194  pilus retraction ATPase PilT  50.15 
 
 		 345 aa  335  7.999999999999999e-91  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0809497  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1265  pilus retraction ATPase PilT  50.15 
 
 		 345 aa  335  7.999999999999999e-91  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00395146  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3351  twitching motility protein PilT  50.15 
 
 		 345 aa  335  9e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3182  twitching motility protein  50.15 
 
 		 345 aa  334  1e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000300358  normal  0.0171368 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3039  twitching motility protein  50.15 
 
 		 345 aa  334  1e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00110048  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1339  twitching motility protein  50.15 
 
 		 345 aa  334  1e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0176269  hitchhiker  0.0000000675214 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2686  twitching motility protein  49.85 
 
 		 345 aa  333  2e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2681  twitching motility protein  49.85 
 
 		 349 aa  333  2e-90  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.172502  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1195  pilus retraction ATPase PilT  49.85 
 
 		 345 aa  333  2e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.035221  normal  0.726938 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1128  twitching motility protein  50.15 
 
 		 345 aa  332  4e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0169735  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3024  twitching motility protein  49.85 
 
 		 345 aa  332  6e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00035663  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3717  twitching motility protein  49.55 
 
 		 347 aa  332  6e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2859  twitching motility protein  49.4 
 
 		 345 aa  331  1e-89  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00311104  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3662  twitching motility protein PilT  48.81 
 
 		 347 aa  330  2e-89  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.69581  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1990  hypothetical protein  48.66 
 
 		 344 aa  330  2e-89  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3878  twitching motility protein  49.4 
 
 		 347 aa  330  2e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0576559  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1333  twitching motility protein  50.15 
 
 		 345 aa  330  2e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0112575 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1233  twitching motility protein PilT  50.15 
 
 		 344 aa  329  5.0000000000000004e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000670856  normal  0.482312 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03090  Pilus retraction protein  50.45 
 
 		 344 aa  328  6e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.166876  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0396  twitching motility protein  49.4 
 
 		 347 aa  328  6e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.203182 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03297  twitching motility protein PilT  49.26 
 
 		 349 aa  328  7e-89  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.987753  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0537  twitching motility protein  48.96 
 
 		 344 aa  328  8e-89  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0931  twitching motility protein  49.55 
 
 		 345 aa  327  1.0000000000000001e-88  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.413956  normal  0.826545 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1995  hypothetical protein  48.36 
 
 		 344 aa  327  2.0000000000000001e-88  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3883  pilus retraction protein PilT  49.11 
 
 		 347 aa  327  2.0000000000000001e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1537  twitching motility protein PilT  48.22 
 
 		 344 aa  326  3e-88  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4149  twitching motility protein  48.96 
 
 		 344 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.84862 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0412  twitching motility protein  49.4 
 
 		 347 aa  325  6e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0420  twitching motility protein  49.4 
 
 		 347 aa  325  6e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01993  twitching motility protein  49.55 
 
 		 345 aa  325  6e-88  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.913118  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1841  twitching motility protein  49.25 
 
 		 349 aa  325  8.000000000000001e-88  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.616267  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2506  twitching motility protein  48.67 
 
 		 347 aa  324  1e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.876718 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2918  twitching motility protein  48.67 
 
 		 347 aa  324  1e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3640  twitching motility protein PilT  48.96 
 
 		 344 aa  324  1e-87  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1750  twitching motility protein  48.06 
 
 		 345 aa  323  2e-87  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0316  twitching motility protein  49.85 
 
 		 345 aa  323  3e-87  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.436596  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0495  twitching motility protein PilT  48.66 
 
 		 344 aa  323  3e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05180  twitching motility protein PilT  48.66 
 
 		 344 aa  323  3e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5318  pilus retraction protein PilT  49.85 
 
 		 344 aa  322  4e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0278  twitching motility protein  48.49 
 
 		 347 aa  322  5e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0637  twitching motility protein  49.1 
 
 		 347 aa  322  6e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4813  twitching motility protein  49.4 
 
 		 347 aa  322  6e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3703  twitching motility protein  49.1 
 
 		 347 aa  321  9.999999999999999e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3004  pilus retraction protein PilT  48.5 
 
 		 345 aa  320  1.9999999999999998e-86  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1068  twitching motility protein  49.4 
 
 		 347 aa  320  3e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.365161 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2107  twitching motility protein  47.89 
 
 		 347 aa  319  5e-86  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3053  twitching motility protein  50.15 
 
 		 346 aa  319  5e-86  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.39006  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1253  twitching motility protein  48.66 
 
 		 344 aa  319  6e-86  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1221  twitching motility protein  48.66 
 
 		 344 aa  319  6e-86  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.475571  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0264  twitching motility protein PilT  48.37 
 
 		 349 aa  318  9e-86  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0441  twitching motility protein  48.37 
 
 		 349 aa  318  9e-86  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000176811 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0478  pilus retraction protein PilT  47.76 
 
 		 344 aa  317  1e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1688  twitching motility protein  47.89 
 
 		 347 aa  318  1e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.802614 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1553  twitching motility protein  51.49 
 
 		 339 aa  316  4e-85  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0974985 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2682  twitching motility protein  47.2 
 
 		 347 aa  315  9e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.310327 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1631  twitching motility protein  48.8 
 
 		 347 aa  314  9.999999999999999e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0179805 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3760  Pili biogenesis ATPase  49.4 
 
 		 347 aa  314  9.999999999999999e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.112866  normal  0.149271 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5045  twitching motility protein  47.76 
 
 		 344 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.597487  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2936  twitching motility protein  46.9 
 
 		 347 aa  312  4.999999999999999e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.745836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2918  twitching motility protein PilT  46.57 
 
 		 344 aa  311  6.999999999999999e-84  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.683879  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1724  twitching motility protein  47.51 
 
 		 360 aa  310  2e-83  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0806  twitching motility protein  46.88 
 
 		 360 aa  310  2.9999999999999997e-83  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0874  twitching motility protein  46.65 
 
 		 360 aa  308  1.0000000000000001e-82  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_793  twitching mobility protein  45.99 
 
 		 360 aa  308  1.0000000000000001e-82  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1609  twitching motility protein  46.57 
 
 		 345 aa  308  1.0000000000000001e-82  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.409997 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2800  pilus retraction protein PilT  47.2 
 
 		 347 aa  307  2.0000000000000002e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4696  twitching motility protein  47.67 
 
 		 374 aa  307  2.0000000000000002e-82  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.787911 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3527  twitching motility protein  47.2 
 
 		 344 aa  306  3e-82  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.318184  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0922  twitching mobility protein  45.99 
 
 		 363 aa  306  4.0000000000000004e-82  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.987668  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>