More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_2113 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_2113  inner-membrane translocator  100 
 
 		 302 aa  574  1.0000000000000001e-163  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.216632  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  36.57 
 
 		 294 aa  132  9e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  35.91 
 
 		 287 aa  128  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  33.56 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1483  inner-membrane translocator  34.93 
 
 		 295 aa  123  3e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  34.35 
 
 		 291 aa  123  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2739  inner-membrane translocator  32.09 
 
 		 290 aa  121  9.999999999999999e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0998  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.86 
 
 		 289 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.301783  normal  0.758902 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3010  inner-membrane translocator  33.56 
 
 		 291 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000508141  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3499  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 291 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2753  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.35 
 
 		 290 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0110353  normal  0.248126 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2039  inner-membrane translocator  33.89 
 
 		 294 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000380808 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0528  inner-membrane translocator  31.46 
 
 		 292 aa  115  6e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00118598  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4038  inner-membrane translocator  35.61 
 
 		 816 aa  115  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.354929 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 290 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0478  inner-membrane translocator  34.59 
 
 		 290 aa  113  4.0000000000000004e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.164888  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6490  inner-membrane translocator  33 
 
 		 291 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0479005  normal  0.485877 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6586  inner-membrane translocator  32.67 
 
 		 291 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.788549  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2129  inner-membrane translocator  32.76 
 
 		 294 aa  110  3e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7078  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livH  32.78 
 
 		 292 aa  109  6e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.666733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0466  inner-membrane translocator  32.8 
 
 		 316 aa  108  9.000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0964978  normal  0.176189 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0399  branched chain amino acid ABC transporter permease  31.13 
 
 		 294 aa  108  1e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.615306  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  33.77 
 
 		 319 aa  107  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  36.43 
 
 		 290 aa  107  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0996  inner-membrane translocator  31.19 
 
 		 293 aa  107  3e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3508  inner-membrane translocator  31.6 
 
 		 297 aa  107  3e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.771205  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1696  inner-membrane translocator  33.11 
 
 		 291 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.699777 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0229  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  31.46 
 
 		 308 aa  106  4e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.689889 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3500  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 291 aa  106  4e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.334303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  30.87 
 
 		 287 aa  106  4e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  34.83 
 
 		 290 aa  106  4e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  28.57 
 
 		 300 aa  106  5e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0105  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  32.23 
 
 		 308 aa  105  6e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1408  inner-membrane translocator  36.7 
 
 		 317 aa  105  7e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.616079  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2500  inner-membrane translocator  32.19 
 
 		 287 aa  105  7e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3207  inner-membrane translocator  32.79 
 
 		 301 aa  105  8e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  31.89 
 
 		 292 aa  105  8e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6015  inner-membrane translocator  34.12 
 
 		 291 aa  105  9e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00174131 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3583  inner-membrane translocator  31.91 
 
 		 289 aa  105  9e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.967515  normal  0.356444 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1212  inner-membrane translocator  33.23 
 
 		 316 aa  105  1e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.273488  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2283  inner-membrane translocator  28.72 
 
 		 295 aa  104  2e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0099  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  31.89 
 
 		 308 aa  104  2e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.39 
 
 		 291 aa  104  2e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4058  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  31.37 
 
 		 308 aa  103  3e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3980  ABC transporter permease  31.77 
 
 		 287 aa  103  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0118656 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7157  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  30.41 
 
 		 293 aa  103  5e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.751279  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3535  inner-membrane translocator  31.49 
 
 		 291 aa  103  5e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.152281  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4242  inner-membrane translocator  34.65 
 
 		 292 aa  102  5e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2545  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.62 
 
 		 293 aa  102  7e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.281842  normal  0.322886 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0367  inner-membrane translocator  34.03 
 
 		 291 aa  102  8e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622442  unclonable  0.0000000514338 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3871  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  30 
 
 		 308 aa  102  1e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.911793  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1003  inner-membrane translocator  30.54 
 
 		 290 aa  102  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0550  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 293 aa  101  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.255736  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43770  inner-membrane translocator  32.2 
 
 		 293 aa  102  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.150883  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1391  inner-membrane translocator  29.97 
 
 		 294 aa  102  1e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1136  inner-membrane translocator  32.56 
 
 		 286 aa  101  2e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0602243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0350  inner-membrane translocator  34.88 
 
 		 292 aa  101  2e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.018915  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3765  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  32.13 
 
 		 308 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2749  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  32.88 
 
 		 293 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0611972  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3875  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  32.13 
 
 		 308 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3754  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  32.13 
 
 		 308 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3934  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  32.13 
 
 		 308 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4940  inner-membrane translocator  29.63 
 
 		 291 aa  100  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3832  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  32.13 
 
 		 308 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377986  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2239  inner-membrane translocator  31.92 
 
 		 293 aa  99.8  4e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3552  inner-membrane translocator  37.72 
 
 		 289 aa  100  4e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3004  inner-membrane translocator  33.11 
 
 		 293 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.961727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1619  inner-membrane translocator  30.17 
 
 		 290 aa  99.8  5e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.755467  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03306  leucine/isoleucine/valine transporter subunit  31.8 
 
 		 308 aa  99.4  6e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0258  inner-membrane translocator  31.8 
 
 		 308 aa  99.4  6e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3973  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  30.74 
 
 		 308 aa  99.4  6e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.883814  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03259  hypothetical protein  31.8 
 
 		 308 aa  99.4  6e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3624  inner-membrane translocator  29.87 
 
 		 308 aa  99.8  6e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4774  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  31.8 
 
 		 308 aa  99.4  6e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3667  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  30.74 
 
 		 308 aa  99.4  6e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.344938  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0773  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.97 
 
 		 308 aa  99.4  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2139  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  29.97 
 
 		 308 aa  99.4  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.270395  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1822  inner-membrane translocator  31.65 
 
 		 294 aa  99.8  6e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0863  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.97 
 
 		 308 aa  99.4  6e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1865  inner-membrane translocator  31.54 
 
 		 294 aa  99.4  6e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5008  inner-membrane translocator  30.82 
 
 		 309 aa  99.8  6e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0245  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  30.74 
 
 		 308 aa  99.4  6e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3655  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  31.8 
 
 		 308 aa  99.4  6e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0259  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  31.8 
 
 		 308 aa  99.4  6e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4925  inner-membrane translocator  29.67 
 
 		 293 aa  99.8  6e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0402653  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3936  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  31.8 
 
 		 308 aa  99.4  6e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3865  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  31.8 
 
 		 308 aa  99.4  6e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3292  hypothetical protein  31.85 
 
 		 301 aa  99.8  6e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00518243 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3860  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  30.74 
 
 		 308 aa  99.4  7e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0932593 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3739  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  31.8 
 
 		 308 aa  99.4  7e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3609  inner-membrane translocator  33.87 
 
 		 309 aa  98.6  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566086 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  29.97 
 
 		 308 aa  98.6  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.56 
 
 		 294 aa  97.8  2e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.844252  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0336  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.56 
 
 		 294 aa  97.8  2e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  31.82 
 
 		 311 aa  97.8  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1751  inner-membrane translocator  31.42 
 
 		 304 aa  98.2  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.48853  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1742  inner-membrane translocator  33.99 
 
 		 292 aa  97.8  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0350501  normal  0.0888724 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0611  inner-membrane translocator  29.49 
 
 		 300 aa  97.4  2e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3363  inner-membrane translocator  33.01 
 
 		 309 aa  97.4  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1652  inner-membrane translocator  31.56 
 
 		 291 aa  97.1  3e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.124335  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>