193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nmul_A0905 on replicon NC_007614
Organism: Nitrosospira multiformis ATCC 25196



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007614  Nmul_A0905  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  100 
 
 		 195 aa  400  1e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.489949  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1447  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  61.33 
 
 		 189 aa  221  7e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.12501  normal  0.434118 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3849  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  54.64 
 
 		 196 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2438  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  52.25 
 
 		 182 aa  187  1e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4090  cold-shock DNA-binding protein family protein  50 
 
 		 188 aa  185  4e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.25862 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0821  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  52.54 
 
 		 181 aa  182  3e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.77 
 
 		 189 aa  180  1e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.282479  normal  0.669398 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0142  cold shock protein  48.31 
 
 		 183 aa  179  2e-44  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2184  ribosomal subunit interface protein domain/'cold-shock' DNA-binding domain-containing protein  47.75 
 
 		 178 aa  177  7e-44  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0149492  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2991  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.11 
 
 		 186 aa  161  7e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4049  cold-shock protein, DNA-binding  43.93 
 
 		 176 aa  158  5e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000700497  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0247  Cold-shock protein DNA-binding  44.51 
 
 		 192 aa  154  7e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1214  hypothetical protein  40.43 
 
 		 190 aa  147  1.0000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49880  Cold-shock domain-containing protein  39.67 
 
 		 189 aa  147  1.0000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.335771  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1208  hypothetical protein  39.89 
 
 		 190 aa  144  6e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1031  ribosomal subunit interface protein, putative  62.07 
 
 		 119 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.248083  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0458  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.44 
 
 		 197 aa  131  6e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4848  cold-shock DNA-binding domain protein  42.16 
 
 		 207 aa  125  5e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00619999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1457  DNA-binding cold-shock protein  37.99 
 
 		 194 aa  123  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.616969  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0545  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.66 
 
 		 187 aa  122  3e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2492  Cold-shock protein DNA-binding  35.98 
 
 		 195 aa  122  4e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2405  cold-shock DNA-binding domain protein  35.98 
 
 		 195 aa  121  6e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0142448  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1460  ribosomal subunit interface protein YfiA, putative  47.71 
 
 		 109 aa  107  1e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.105702  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1952  ribosomal subunit interface protein  47.71 
 
 		 109 aa  107  1e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3352  putative ribosomal subunit interface protein YfiA  47.71 
 
 		 109 aa  107  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0772066  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2358  ribosomal subunit interface protein  47.71 
 
 		 109 aa  107  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2475  RedA  47.71 
 
 		 160 aa  106  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2317  ribosomal subunit interface protein  47.71 
 
 		 160 aa  105  3e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.127274  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2770  cold-shock protein, DNA-binding  33.69 
 
 		 194 aa  100  9e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2124  sigma 54 modulation protein, putative  49.02 
 
 		 212 aa  99.8  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0073  ribosomal subunit interface protein, putative  42.74 
 
 		 126 aa  93.2  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1221  cold-shock protein DNA-binding  31.89 
 
 		 188 aa  92.4  3e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.34226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1677  cold-shock protein DNA-binding  33.92 
 
 		 209 aa  86.7  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.220197 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2828  cold shock domain-contain protein  46.25 
 
 		 90 aa  82.4  0.000000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2274  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  35.11 
 
 		 109 aa  70.9  0.00000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4544  ribosomal subunit interface protein  32.69 
 
 		 105 aa  70.5  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00451099 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4411  ribosomal subunit interface protein  32.69 
 
 		 105 aa  70.5  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.895647 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1599  sigma 54 modulation protein, putative  34.95 
 
 		 105 aa  66.6  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000251677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2236  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.71 
 
 		 67 aa  49.7  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000182228  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1457  hypothetical protein  77.78 
 
 		 78 aa  49.3  0.00004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.897377  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2944  cold shock protein CspA  38.71 
 
 		 67 aa  48.9  0.00005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000000190383  hitchhiker  0.00000000328218 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1909  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.1 
 
 		 69 aa  48.9  0.00005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00215125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2387  cold shock protein CspA  38.71 
 
 		 67 aa  48.9  0.00005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000343372  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2454  cold shock protein CspA  38.71 
 
 		 67 aa  48.1  0.00007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000000020427  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2257  cold shock protein CspA  38.71 
 
 		 67 aa  48.1  0.00007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000681816  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2216  cold shock protein  38.71 
 
 		 67 aa  48.1  0.00007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  9.62754e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2177  cold shock protein  38.71 
 
 		 67 aa  48.1  0.00007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000147175  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2422  cold shock protein CspA  38.71 
 
 		 67 aa  48.1  0.00007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000271714  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2521  cold shock protein CspA  38.71 
 
 		 67 aa  48.1  0.00007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000175758  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2440  cold shock protein CspA  38.71 
 
 		 67 aa  48.1  0.00007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.11145 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2200  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 		 66 aa  48.1  0.00008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000689795  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0979  cold-shock DNA-binding domain protein  38.71 
 
 		 67 aa  47  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.327909 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0990  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.7 
 
 		 70 aa  47  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0731178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1407  cold-shock DNA-binding protein family protein  36.67 
 
 		 69 aa  47  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0231172  normal  0.970454 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0985  cold-shock domain-contain protein  38.33 
 
 		 165 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.693181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4396  hypothetical protein  33.04 
 
 		 113 aa  46.2  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.505361  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1523  cold shock protein  35.82 
 
 		 69 aa  46.2  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00439829  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1777  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.71 
 
 		 67 aa  46.2  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555984  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4529  hypothetical protein  33.04 
 
 		 113 aa  46.2  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.469544  normal  0.0452511 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4145  cold shock protein CapB  35 
 
 		 69 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3884  cold-shock protein, DNA-binding  35 
 
 		 69 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.218294  normal  0.489383 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1201  cold-shock DNA-binding protein family protein  35 
 
 		 69 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00522  cold shock protein  33.87 
 
 		 69 aa  45.8  0.0004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1128  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.07 
 
 		 69 aa  45.4  0.0005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0226  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.71 
 
 		 65 aa  45.4  0.0005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000017804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3242  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.1 
 
 		 66 aa  45.4  0.0005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000134861  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1264  cold-shock DNA-binding domain protein  40.98 
 
 		 66 aa  45.4  0.0005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000176373  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4313  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.07 
 
 		 69 aa  45.4  0.0005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4233  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.7 
 
 		 70 aa  45.4  0.0006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3523  cold-shock DNA-binding protein family protein  36.07 
 
 		 70 aa  45.1  0.0006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.32154 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 73 aa  44.7  0.0008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2186  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 73 aa  44.7  0.0008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.541208  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1099  cold-shock domain-contain protein  36.67 
 
 		 69 aa  44.7  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0660556  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3553  cold shock protein CspB  37.1 
 
 		 66 aa  44.3  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000960966  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1274  cold shock domain family protein  36.67 
 
 		 70 aa  44.7  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3333  cold shock protein CspB  37.1 
 
 		 66 aa  44.3  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000000736097  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3297  cold shock protein  37.1 
 
 		 66 aa  44.3  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.0310600000000001e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3248  cold shock protein  37.1 
 
 		 66 aa  44.3  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000222014  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17950  Cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35 
 
 		 69 aa  43.9  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140008  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1139  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.67 
 
 		 69 aa  44.7  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159877  normal  0.955199 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2041  hypothetical protein  33.33 
 
 		 69 aa  43.9  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2039  hypothetical protein  33.33 
 
 		 69 aa  44.3  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4395  cold-shock DNA-binding protein  36.67 
 
 		 70 aa  43.9  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.314613 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4749  cold-shock DNA-binding domain protein  37.1 
 
 		 65 aa  43.9  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000498779  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3594  cold shock protein CspB  37.1 
 
 		 66 aa  44.3  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000632893  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16470  putative cold-shock DNA-binding domain protein  38.78 
 
 		 67 aa  44.3  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.463030000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4649  hypothetical protein  28.92 
 
 		 142 aa  44.7  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3573  hypothetical protein  28.92 
 
 		 142 aa  44.7  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.298179 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3557  cold shock protein CspB  37.1 
 
 		 66 aa  44.3  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000616269  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1670  cold shock protein CspB  37.1 
 
 		 66 aa  44.3  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000143673  decreased coverage  2.4479999999999998e-23 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0290  cold-shock DNA-binding protein family protein  36.92 
 
 		 67 aa  43.9  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4651  sigma 54 modulation protein, putative  29.47 
 
 		 112 aa  44.7  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3575  sigma 54 modulation protein, putative  29.47 
 
 		 112 aa  44.7  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.455211 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3548  cold shock protein CspB  37.1 
 
 		 66 aa  44.3  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  4.8624399999999996e-45 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2221  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.7 
 
 		 66 aa  44.3  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000348612  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.92 
 
 		 67 aa  43.9  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000424325  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3647  cold shock protein CspB  37.1 
 
 		 66 aa  44.3  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000702498  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 68 aa  43.5  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1094  cold-shock protein, DNA-binding  36.67 
 
 		 70 aa  43.9  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00306206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 68 aa  43.5  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>