58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA2828 on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002977  MCA2828  cold shock domain-contain protein  100 
 
 		 90 aa  182  2.0000000000000003e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.78 
 
 		 189 aa  109  1.0000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.282479  normal  0.669398 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4090  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.33 
 
 		 188 aa  102  2e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.25862 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49880  Cold-shock domain-containing protein  54.95 
 
 		 189 aa  101  4e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.335771  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0247  Cold-shock protein DNA-binding  51.11 
 
 		 192 aa  94.7  3e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0545  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.55 
 
 		 187 aa  90.9  6e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1457  DNA-binding cold-shock protein  52.5 
 
 		 194 aa  87.8  4e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.616969  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2438  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  51.19 
 
 		 182 aa  87.8  5e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2405  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 		 195 aa  84  6e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0142448  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0905  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  46.25 
 
 		 195 aa  82.4  0.000000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.489949  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2492  Cold-shock protein DNA-binding  50 
 
 		 195 aa  81.6  0.000000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4049  cold-shock protein, DNA-binding  47.56 
 
 		 176 aa  81.6  0.000000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000700497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2991  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.67 
 
 		 186 aa  76.3  0.0000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0458  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.91 
 
 		 197 aa  75.9  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0821  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  44.19 
 
 		 181 aa  72.8  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3849  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  45.35 
 
 		 196 aa  72.4  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2770  cold-shock protein, DNA-binding  49.23 
 
 		 194 aa  72  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2184  ribosomal subunit interface protein domain/'cold-shock' DNA-binding domain-containing protein  45.33 
 
 		 178 aa  67.4  0.00000000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0149492  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0142  cold shock protein  45.33 
 
 		 183 aa  67  0.00000000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1447  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  41.57 
 
 		 189 aa  65.5  0.0000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.12501  normal  0.434118 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4848  cold-shock DNA-binding domain protein  42.68 
 
 		 207 aa  66.2  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00619999  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1214  hypothetical protein  39.13 
 
 		 190 aa  60.8  0.000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1208  hypothetical protein  39.13 
 
 		 190 aa  60.8  0.000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1221  cold-shock protein DNA-binding  44.16 
 
 		 188 aa  55.8  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.34226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1677  cold-shock protein DNA-binding  35.29 
 
 		 209 aa  50.1  0.000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.220197 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.92 
 
 		 66 aa  45.1  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000494956  unclonable  0.00000584596 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3711  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 66 aa  43.9  0.0007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000509741  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1909  cold-shock DNA-binding protein family protein  30.16 
 
 		 69 aa  43.5  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00215125  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0658  cold-shock DNA-binding domain protein  35.48 
 
 		 66 aa  43.5  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.18008e-25 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0792  cold shock protein  32.31 
 
 		 69 aa  42.4  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000000912185  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2200  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.92 
 
 		 66 aa  42.4  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000689795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0645  cold-shock DNA-binding domain protein  33.87 
 
 		 66 aa  42  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000000155303  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3670  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.87 
 
 		 66 aa  42  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000254143  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0855  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 67 aa  41.2  0.005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000708983  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2739  cold-shock DNA-binding domain protein  30.16 
 
 		 68 aa  41.2  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000080188  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0567  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.38 
 
 		 67 aa  40.8  0.006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000164882  normal  0.415354 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1502  cold-shock DNA-binding domain protein  30.16 
 
 		 68 aa  40.8  0.006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.683183 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2944  cold shock protein CspA  31.67 
 
 		 67 aa  40.8  0.006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000000190383  hitchhiker  0.00000000328218 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2387  cold shock protein CspA  31.67 
 
 		 67 aa  40.8  0.006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000343372  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0755  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30 
 
 		 68 aa  40.8  0.006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1266  cold-shock DNA-binding protein family protein  31.75 
 
 		 66 aa  40.8  0.006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  2.7573e-18  decreased coverage  0.00000000000100442 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1777  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.67 
 
 		 67 aa  40.8  0.007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555984  n/a   
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C47  cold-shock DNA-binding protein family protein  30.65 
 
 		 66 aa  40.4  0.008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3242  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.65 
 
 		 66 aa  40.4  0.008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000134861  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2236  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.67 
 
 		 67 aa  40.4  0.008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000182228  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4380  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.16 
 
 		 66 aa  40  0.009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000149248  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0174  cold-shock DNA-binding protein family protein  31.75 
 
 		 65 aa  40.4  0.009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000215085  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3557  cold shock protein CspB  30.65 
 
 		 66 aa  40  0.01  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000616269  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3647  cold shock protein CspB  30.65 
 
 		 66 aa  40  0.01  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000702498  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1670  cold shock protein CspB  30.65 
 
 		 66 aa  40  0.01  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000143673  decreased coverage  2.4479999999999998e-23 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  33.85 
 
 		 70 aa  40  0.01  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3548  cold shock protein CspB  30.65 
 
 		 66 aa  40  0.01  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  4.8624399999999996e-45 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3594  cold shock protein CspB  30.65 
 
 		 66 aa  40  0.01  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000632893  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3248  cold shock protein  30.65 
 
 		 66 aa  40  0.01  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000222014  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3297  cold shock protein  30.65 
 
 		 66 aa  40  0.01  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.0310600000000001e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3333  cold shock protein CspB  30.65 
 
 		 66 aa  40  0.01  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000000736097  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3553  cold shock protein CspB  30.65 
 
 		 66 aa  40  0.01  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000960966  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000590  cold shock protein CspA  29.69 
 
 		 69 aa  40  0.01  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00446829  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>