195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_4049 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008554  Sfum_4049  cold-shock protein, DNA-binding  100 
 
 		 176 aa  353  5.999999999999999e-97  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000700497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4090  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.96 
 
 		 188 aa  176  2e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.25862 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2438  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  47.22 
 
 		 182 aa  171  5e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0905  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  43.93 
 
 		 195 aa  158  4e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.489949  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2184  ribosomal subunit interface protein domain/'cold-shock' DNA-binding domain-containing protein  39.31 
 
 		 178 aa  140  9.999999999999999e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0149492  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0458  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.75 
 
 		 197 aa  140  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0142  cold shock protein  39.31 
 
 		 183 aa  140  9.999999999999999e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1457  DNA-binding cold-shock protein  40.78 
 
 		 194 aa  134  8e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.616969  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2405  cold-shock DNA-binding domain protein  39.01 
 
 		 195 aa  132  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0142448  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2492  Cold-shock protein DNA-binding  39.01 
 
 		 195 aa  132  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.57 
 
 		 189 aa  131  3.9999999999999996e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.282479  normal  0.669398 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1447  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  37.5 
 
 		 189 aa  129  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.12501  normal  0.434118 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49880  Cold-shock domain-containing protein  39.66 
 
 		 189 aa  128  5.0000000000000004e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.335771  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2991  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.46 
 
 		 186 aa  128  5.0000000000000004e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0821  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  37.14 
 
 		 181 aa  127  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0545  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.78 
 
 		 187 aa  125  4.0000000000000003e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0247  Cold-shock protein DNA-binding  37.78 
 
 		 192 aa  121  5e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4848  cold-shock DNA-binding domain protein  38.92 
 
 		 207 aa  120  7e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00619999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2770  cold-shock protein, DNA-binding  37.57 
 
 		 194 aa  119  3e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3849  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  32.37 
 
 		 196 aa  110  9e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1214  hypothetical protein  35.71 
 
 		 190 aa  107  7.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1208  hypothetical protein  35.16 
 
 		 190 aa  105  3e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1031  ribosomal subunit interface protein, putative  45.61 
 
 		 119 aa  94.4  7e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.248083  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1677  cold-shock protein DNA-binding  32.26 
 
 		 209 aa  93.2  2e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.220197 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1221  cold-shock protein DNA-binding  32.97 
 
 		 188 aa  88.6  4e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.34226  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2828  cold shock domain-contain protein  47.56 
 
 		 90 aa  81.6  0.000000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1460  ribosomal subunit interface protein YfiA, putative  39.62 
 
 		 109 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.105702  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2475  RedA  39.62 
 
 		 160 aa  76.3  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1952  ribosomal subunit interface protein  39.62 
 
 		 109 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3352  putative ribosomal subunit interface protein YfiA  39.62 
 
 		 109 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0772066  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2358  ribosomal subunit interface protein  39.62 
 
 		 109 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2317  ribosomal subunit interface protein  39.62 
 
 		 160 aa  75.5  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.127274  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2124  sigma 54 modulation protein, putative  35.85 
 
 		 212 aa  68.2  0.00000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0073  ribosomal subunit interface protein, putative  34.75 
 
 		 126 aa  67.8  0.00000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2274  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  31.31 
 
 		 109 aa  56.2  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1599  sigma 54 modulation protein, putative  29.41 
 
 		 105 aa  54.3  0.0000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000251677  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0985  cold-shock domain-contain protein  35.44 
 
 		 165 aa  50.4  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.693181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.29 
 
 		 73 aa  50.4  0.00001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2186  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.29 
 
 		 73 aa  50.4  0.00001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.541208  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0990  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.25 
 
 		 70 aa  50.4  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0731178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4411  ribosomal subunit interface protein  26.92 
 
 		 105 aa  50.1  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.895647 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4544  ribosomal subunit interface protein  26.92 
 
 		 105 aa  50.1  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00451099 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1407  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.91 
 
 		 69 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0231172  normal  0.970454 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4145  cold shock protein CapB  33.75 
 
 		 69 aa  47.8  0.00008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3884  cold-shock protein, DNA-binding  33.75 
 
 		 69 aa  47.8  0.00008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.218294  normal  0.489383 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1201  cold-shock DNA-binding protein family protein  33.75 
 
 		 69 aa  47.8  0.00008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1523  cold shock protein  36.25 
 
 		 69 aa  47  0.0001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00439829  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1094  cold-shock protein, DNA-binding  35.06 
 
 		 70 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00306206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  37.18 
 
 		 70 aa  47.4  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4233  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35 
 
 		 70 aa  46.6  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1274  cold shock domain family protein  33.77 
 
 		 70 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1151  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.68 
 
 		 66 aa  46.2  0.0002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000468526  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1128  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.77 
 
 		 69 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4313  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.77 
 
 		 69 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8902  putative cold-shock DNA-binding domain protein  41.54 
 
 		 132 aa  46.2  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.197613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2955  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.11 
 
 		 68 aa  46.6  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0979  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.68 
 
 		 66 aa  46.2  0.0002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000188175  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4395  cold-shock DNA-binding protein  32.47 
 
 		 70 aa  45.8  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.314613 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1879  cold-shock DNA-binding domain protein  36.36 
 
 		 70 aa  45.8  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.753141 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17950  Cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.5 
 
 		 69 aa  45.8  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140008  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1022  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.06 
 
 		 69 aa  45.8  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.908302 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1336  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.32 
 
 		 68 aa  45.8  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3523  cold-shock DNA-binding protein family protein  31.25 
 
 		 70 aa  45.8  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.32154 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1099  cold-shock domain-contain protein  33.77 
 
 		 69 aa  45.4  0.0004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0660556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05960  putative cold-shock protein  38.96 
 
 		 69 aa  45.4  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.979044  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4713  cold-shock DNA-binding domain protein  34.85 
 
 		 67 aa  45.4  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0559  putative cold-shock protein  38.96 
 
 		 69 aa  45.4  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1139  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.77 
 
 		 69 aa  45.4  0.0004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159877  normal  0.955199 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1505  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.33 
 
 		 66 aa  45.1  0.0005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.248091  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2387  cold shock protein CspA  37.7 
 
 		 67 aa  45.1  0.0005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000343372  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2944  cold shock protein CspA  37.7 
 
 		 67 aa  45.1  0.0005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000000190383  hitchhiker  0.00000000328218 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0982  cold-shock DNA-binding domain protein  41.38 
 
 		 83 aa  44.7  0.0006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000734957  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3299  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.38 
 
 		 66 aa  45.1  0.0006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  45.9 
 
 		 70 aa  44.7  0.0007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35 
 
 		 65 aa  44.7  0.0007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000141015  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1965  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.62 
 
 		 70 aa  44.3  0.0008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000020659  normal  0.0130883 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2463  cold shock protein CspA  34.62 
 
 		 70 aa  43.9  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.222592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.92 
 
 		 66 aa  43.9  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2787  cold shock domain-contain protein  40 
 
 		 69 aa  43.9  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1855  cold acclimation protein B  32.5 
 
 		 69 aa  43.5  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0386681  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.62 
 
 		 70 aa  43.9  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.751558  normal  0.890411 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1732  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.33 
 
 		 66 aa  43.9  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000101176  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2407  cold-shock DNA-binding protein family protein  40 
 
 		 69 aa  43.9  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0284217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2477  cold-shock DNA-binding protein family protein  40 
 
 		 69 aa  43.9  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.916903  normal  0.105419 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21760  cold acclimation protein B  32.5 
 
 		 69 aa  43.5  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.342335  normal  0.456476 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0733  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.71 
 
 		 67 aa  43.9  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.0000585148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 		 66 aa  44.3  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000494956  unclonable  0.00000584596 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  40 
 
 		 69 aa  43.9  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0036  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.99 
 
 		 66 aa  44.3  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3080  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.34 
 
 		 65 aa  43.5  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000356634  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2236  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.07 
 
 		 67 aa  43.9  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000182228  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0644  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.67 
 
 		 66 aa  43.9  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000253244  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4529  cold shock DNA-binding domain-containing protein  38.6 
 
 		 68 aa  43.1  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06418  hypothetical protein  43.1 
 
 		 70 aa  43.1  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.68 
 
 		 69 aa  43.5  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0531  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.66 
 
 		 70 aa  43.1  0.002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0226  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.33 
 
 		 65 aa  43.1  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000017804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2285  cold-shock protein, DNA-binding  38.46 
 
 		 69 aa  42.7  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0526  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.66 
 
 		 70 aa  43.1  0.002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0898507  hitchhiker  0.00873644 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1572  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.46 
 
 		 69 aa  43.5  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.259211  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>