52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_0247 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011901  Tgr7_0247  Cold-shock protein DNA-binding  100 
 
 		 192 aa  390  1e-108  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1214  hypothetical protein  60.22 
 
 		 190 aa  219  1.9999999999999999e-56  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2438  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  58.76 
 
 		 182 aa  217  8.999999999999998e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1208  hypothetical protein  59.68 
 
 		 190 aa  216  2e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.8 
 
 		 189 aa  201  6e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.282479  normal  0.669398 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4090  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.2 
 
 		 188 aa  191  4e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.25862 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2991  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.18 
 
 		 186 aa  165  2.9999999999999998e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49880  Cold-shock domain-containing protein  45.41 
 
 		 189 aa  165  4e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.335771  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0905  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  44.51 
 
 		 195 aa  154  6e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.489949  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0142  cold shock protein  43.26 
 
 		 183 aa  151  5e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2184  ribosomal subunit interface protein domain/'cold-shock' DNA-binding domain-containing protein  42.7 
 
 		 178 aa  150  1e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0149492  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2405  cold-shock DNA-binding domain protein  43.5 
 
 		 195 aa  142  3e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0142448  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0458  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.61 
 
 		 197 aa  142  3e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1457  DNA-binding cold-shock protein  42.86 
 
 		 194 aa  140  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.616969  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1031  ribosomal subunit interface protein, putative  61.21 
 
 		 119 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.248083  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2492  Cold-shock protein DNA-binding  41.81 
 
 		 195 aa  139  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1447  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  42.25 
 
 		 189 aa  139  3e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.12501  normal  0.434118 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0545  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.41 
 
 		 187 aa  134  6.0000000000000005e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0821  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  41.3 
 
 		 181 aa  129  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4049  cold-shock protein, DNA-binding  37.78 
 
 		 176 aa  121  7e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000700497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3849  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  39.44 
 
 		 196 aa  119  3e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4848  cold-shock DNA-binding domain protein  36.31 
 
 		 207 aa  107  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00619999  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2828  cold shock domain-contain protein  51.11 
 
 		 90 aa  94.7  7e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2770  cold-shock protein, DNA-binding  31.38 
 
 		 194 aa  85.9  4e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1221  cold-shock protein DNA-binding  30.9 
 
 		 188 aa  84.7  7e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.34226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0073  ribosomal subunit interface protein, putative  40.35 
 
 		 126 aa  82.8  0.000000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2124  sigma 54 modulation protein, putative  40.18 
 
 		 212 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3352  putative ribosomal subunit interface protein YfiA  36.04 
 
 		 109 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0772066  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2358  ribosomal subunit interface protein  36.04 
 
 		 109 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1952  ribosomal subunit interface protein  36.04 
 
 		 109 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1460  ribosomal subunit interface protein YfiA, putative  36.04 
 
 		 109 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.105702  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2475  RedA  36.04 
 
 		 160 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2317  ribosomal subunit interface protein  36.04 
 
 		 160 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.127274  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1599  sigma 54 modulation protein, putative  33.33 
 
 		 105 aa  67.4  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000251677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2274  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  34.02 
 
 		 109 aa  65.1  0.0000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1677  cold-shock protein DNA-binding  26.37 
 
 		 209 aa  58.5  0.00000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.220197 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4544  ribosomal subunit interface protein  29.47 
 
 		 105 aa  50.1  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00451099 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4411  ribosomal subunit interface protein  29.47 
 
 		 105 aa  50.1  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.895647 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1384  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  30.83 
 
 		 186 aa  48.1  0.00008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.0000667858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0882  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  27.87 
 
 		 113 aa  46.6  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.250852  normal  0.0625663 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2852  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  25.71 
 
 		 111 aa  45.8  0.0004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1457  hypothetical protein  35.9 
 
 		 78 aa  45.1  0.0007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.897377  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3076  translation inhibitor protein RaiA  26.67 
 
 		 113 aa  44.7  0.0009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0669935  normal  0.024625 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2993  translation inhibitor protein RaiA  25.71 
 
 		 112 aa  41.6  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2776  translation inhibitor protein RaiA  25.71 
 
 		 112 aa  41.6  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000925343  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2860  translation inhibitor protein RaiA  25.71 
 
 		 112 aa  41.6  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0227345 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2881  translation inhibitor protein RaiA  25.71 
 
 		 112 aa  41.6  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.286639 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2879  translation inhibitor protein RaiA  25.71 
 
 		 112 aa  41.6  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.767989  normal  0.852356 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4529  hypothetical protein  29.75 
 
 		 113 aa  41.6  0.008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.469544  normal  0.0452511 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4396  hypothetical protein  29.75 
 
 		 113 aa  41.6  0.008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.505361  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01002  ribosome-associated protein Y  24.27 
 
 		 108 aa  41.6  0.008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1000  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  27.37 
 
 		 111 aa  41.2  0.01  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.594807  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>