60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1447 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1447  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  100 
 
 		 189 aa  385  1e-106  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.12501  normal  0.434118 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0905  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  61.33 
 
 		 195 aa  221  7e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.489949  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4090  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.41 
 
 		 188 aa  193  2e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.25862 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0821  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  51.38 
 
 		 181 aa  179  2.9999999999999997e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3849  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  51.32 
 
 		 196 aa  177  5.999999999999999e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0142  cold shock protein  46.29 
 
 		 183 aa  164  5e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2184  ribosomal subunit interface protein domain/'cold-shock' DNA-binding domain-containing protein  45.71 
 
 		 178 aa  164  1.0000000000000001e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0149492  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2438  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  47.51 
 
 		 182 aa  163  2.0000000000000002e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.85 
 
 		 189 aa  155  3e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.282479  normal  0.669398 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2991  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.67 
 
 		 186 aa  151  7e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49880  Cold-shock domain-containing protein  40 
 
 		 189 aa  141  4e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.335771  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1214  hypothetical protein  39.56 
 
 		 190 aa  140  9.999999999999999e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0247  Cold-shock protein DNA-binding  42.25 
 
 		 192 aa  139  3e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1208  hypothetical protein  39.01 
 
 		 190 aa  138  6e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4049  cold-shock protein, DNA-binding  37.5 
 
 		 176 aa  129  3e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000700497  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1031  ribosomal subunit interface protein, putative  55.75 
 
 		 119 aa  125  4.0000000000000003e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.248083  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0458  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.78 
 
 		 197 aa  122  3e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2492  Cold-shock protein DNA-binding  37.63 
 
 		 195 aa  120  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2405  cold-shock DNA-binding domain protein  37.63 
 
 		 195 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0142448  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1457  DNA-binding cold-shock protein  38.89 
 
 		 194 aa  118  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.616969  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0545  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.7 
 
 		 187 aa  106  2e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4848  cold-shock DNA-binding domain protein  35.68 
 
 		 207 aa  100  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00619999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3352  putative ribosomal subunit interface protein YfiA  48.11 
 
 		 109 aa  99.4  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0772066  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1952  ribosomal subunit interface protein  48.11 
 
 		 109 aa  99.4  2e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2358  ribosomal subunit interface protein  48.11 
 
 		 109 aa  99.4  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1460  ribosomal subunit interface protein YfiA, putative  48.11 
 
 		 109 aa  99.4  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.105702  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2475  RedA  48.11 
 
 		 160 aa  99  4e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2317  ribosomal subunit interface protein  48.11 
 
 		 160 aa  98.6  5e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.127274  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2124  sigma 54 modulation protein, putative  50 
 
 		 212 aa  94.4  8e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2770  cold-shock protein, DNA-binding  32.8 
 
 		 194 aa  94  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0073  ribosomal subunit interface protein, putative  43.7 
 
 		 126 aa  89  4e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1221  cold-shock protein DNA-binding  33.15 
 
 		 188 aa  80.5  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.34226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1599  sigma 54 modulation protein, putative  39.6 
 
 		 105 aa  76.6  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000251677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2274  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  35.35 
 
 		 109 aa  75.5  0.0000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1677  cold-shock protein DNA-binding  29.12 
 
 		 209 aa  68.2  0.00000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.220197 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4411  ribosomal subunit interface protein  36.17 
 
 		 105 aa  65.9  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.895647 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4544  ribosomal subunit interface protein  36.17 
 
 		 105 aa  65.9  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00451099 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2828  cold shock domain-contain protein  41.57 
 
 		 90 aa  65.5  0.0000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1937  ribosome-associated protein Y (PSrp-1)  28.3 
 
 		 182 aa  51.2  0.000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1457  hypothetical protein  44.83 
 
 		 78 aa  48.9  0.00005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.897377  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01002  ribosome-associated protein Y  31.43 
 
 		 108 aa  48.5  0.00006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004397  ribosome hibernation protein YfiA  28.87 
 
 		 108 aa  45.4  0.0004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4396  hypothetical protein  33.68 
 
 		 113 aa  45.1  0.0007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.505361  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4529  hypothetical protein  33.68 
 
 		 113 aa  45.1  0.0007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.469544  normal  0.0452511 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4264  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  30.21 
 
 		 102 aa  43.5  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3573  hypothetical protein  28.57 
 
 		 142 aa  43.1  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.298179 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4649  hypothetical protein  28.57 
 
 		 142 aa  43.1  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0975  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  26.53 
 
 		 182 aa  42.7  0.003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1384  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  27.55 
 
 		 186 aa  43.1  0.003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.0000667858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0958  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  29.17 
 
 		 102 aa  42.4  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0659414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5036  hypothetical protein  30.77 
 
 		 102 aa  42.4  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225205  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0990  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  29.17 
 
 		 102 aa  42.4  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0951  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  29.17 
 
 		 102 aa  42.4  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.115791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57950  hypothetical protein  29.67 
 
 		 102 aa  42  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1909  cold-shock DNA-binding protein family protein  34.43 
 
 		 69 aa  41.6  0.008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00215125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0370  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  28.85 
 
 		 176 aa  41.2  0.009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000278696  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3575  sigma 54 modulation protein, putative  28.42 
 
 		 112 aa  41.2  0.009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.455211 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4651  sigma 54 modulation protein, putative  28.42 
 
 		 112 aa  41.2  0.009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0236  putative sigma-54 modulation protein  29.25 
 
 		 108 aa  41.2  0.009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0662  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 		 75 aa  41.2  0.009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000214016  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>