269 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_2701 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_2701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 
189 aa  385  1e-106  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.282479  normal  0.669398 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2438  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  55.56 
 
 
182 aa  212  1.9999999999999998e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4090  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.6 
 
 
188 aa  211  2.9999999999999995e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.25862 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49880  Cold-shock domain-containing protein  49.21 
 
 
189 aa  202  3e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.335771  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0247  Cold-shock protein DNA-binding  53.8 
 
 
192 aa  201  5e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0905  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  46.77 
 
 
195 aa  180  1e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.489949  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2991  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.83 
 
 
186 aa  179  2e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1214  hypothetical protein  47.89 
 
 
190 aa  171  5e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1208  hypothetical protein  47.37 
 
 
190 aa  168  4e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0545  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.03 
 
 
187 aa  162  3e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1447  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  43.85 
 
 
189 aa  155  3e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.12501  normal  0.434118 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2405  cold-shock DNA-binding domain protein  41.76 
 
 
195 aa  154  9e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0142448  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0821  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  46.74 
 
 
181 aa  153  2e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0458  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.89 
 
 
197 aa  150  8.999999999999999e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1457  DNA-binding cold-shock protein  41.34 
 
 
194 aa  150  1e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.616969  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0142  cold shock protein  43.82 
 
 
183 aa  148  5e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2492  Cold-shock protein DNA-binding  39.56 
 
 
195 aa  147  9e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2184  ribosomal subunit interface protein domain/'cold-shock' DNA-binding domain-containing protein  43.26 
 
 
178 aa  146  1.0000000000000001e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0149492  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3849  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  45.11 
 
 
196 aa  143  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1031  ribosomal subunit interface protein, putative  54.31 
 
 
119 aa  137  6e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.248083  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4848  cold-shock DNA-binding domain protein  37.43 
 
 
207 aa  132  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00619999  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4049  cold-shock protein, DNA-binding  37.57 
 
 
176 aa  131  5e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000700497  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2828  cold shock domain-contain protein  57.78 
 
 
90 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2770  cold-shock protein, DNA-binding  35.75 
 
 
194 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1221  cold-shock protein DNA-binding  32.97 
 
 
188 aa  105  4e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.34226  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0073  ribosomal subunit interface protein, putative  42.5 
 
 
126 aa  91.3  8e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1677  cold-shock protein DNA-binding  29.73 
 
 
209 aa  87.4  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.220197 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1460  ribosomal subunit interface protein YfiA, putative  37.84 
 
 
109 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.105702  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2358  ribosomal subunit interface protein  37.84 
 
 
109 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3352  putative ribosomal subunit interface protein YfiA  37.84 
 
 
109 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0772066  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2475  RedA  37.84 
 
 
160 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1952  ribosomal subunit interface protein  37.84 
 
 
109 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2317  ribosomal subunit interface protein  37.84 
 
 
160 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.127274  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2124  sigma 54 modulation protein, putative  37.84 
 
 
212 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2274  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  32.32 
 
 
109 aa  73.2  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1599  sigma 54 modulation protein, putative  33.64 
 
 
105 aa  62.8  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000251677  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2944  cold shock protein CspA  41.67 
 
 
67 aa  52.8  0.000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000000190383  hitchhiker  0.00000000328218 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2387  cold shock protein CspA  41.67 
 
 
67 aa  52.8  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000343372  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2236  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.67 
 
 
67 aa  51.6  0.000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000182228  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2221  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.34 
 
 
66 aa  50.4  0.00001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000348612  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1777  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 
67 aa  50.8  0.00001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555984  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3242  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.71 
 
 
66 aa  50.4  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000134861  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3553  cold shock protein CspB  38.71 
 
 
66 aa  50.4  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000960966  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3333  cold shock protein CspB  38.71 
 
 
66 aa  50.4  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000000736097  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3297  cold shock protein  38.71 
 
 
66 aa  50.4  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.0310600000000001e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4411  ribosomal subunit interface protein  29.29 
 
 
105 aa  50.1  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.895647 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3248  cold shock protein  38.71 
 
 
66 aa  50.4  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000222014  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4544  ribosomal subunit interface protein  29.29 
 
 
105 aa  50.1  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00451099 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3594  cold shock protein CspB  38.71 
 
 
66 aa  50.4  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000632893  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3557  cold shock protein CspB  38.71 
 
 
66 aa  50.4  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000616269  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3647  cold shock protein CspB  38.71 
 
 
66 aa  50.4  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000702498  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1670  cold shock protein CspB  38.71 
 
 
66 aa  50.4  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000143673  decreased coverage  2.4479999999999998e-23 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3548  cold shock protein CspB  38.71 
 
 
66 aa  50.4  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  4.8624399999999996e-45 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4396  hypothetical protein  34.62 
 
 
113 aa  49.7  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.505361  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4529  hypothetical protein  34.62 
 
 
113 aa  49.7  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.469544  normal  0.0452511 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0756  cold-shock DNA-binding protein family protein  40 
 
 
66 aa  49.3  0.00003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000688666  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8911  putative cold-shock DNA-binding domain protein  35.94 
 
 
66 aa  48.5  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3076  translation inhibitor protein RaiA  26.04 
 
 
113 aa  48.5  0.00006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0669935  normal  0.024625 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0248  cold shock protein CspD  40 
 
 
66 aa  48.1  0.00008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000599312  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1264  cold-shock DNA-binding domain protein  37.7 
 
 
66 aa  47.4  0.0001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000176373  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 
66 aa  47.4  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000295831  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10888  cold shock protein B cspB  41.27 
 
 
138 aa  47.8  0.0001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.73128e-16  normal  0.272066 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1384  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  33 
 
 
186 aa  47.8  0.0001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.0000667858  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2440  cold shock protein CspA  38.33 
 
 
67 aa  47  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.11145 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2454  cold shock protein CspA  38.33 
 
 
67 aa  47  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000000020427  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0855  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.67 
 
 
67 aa  46.6  0.0002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000708983  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1092  cold shock DNA-binding domain-containing protein  34.33 
 
 
69 aa  47  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000741991  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2257  cold shock protein CspA  38.33 
 
 
67 aa  47  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000681816  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2216  cold shock protein  38.33 
 
 
67 aa  47  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  9.62754e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2177  cold shock protein  38.33 
 
 
67 aa  47  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000147175  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2422  cold shock protein CspA  38.33 
 
 
67 aa  47  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000271714  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0481  cold-shock DNA-binding domain protein  36.62 
 
 
131 aa  47  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2521  cold shock protein CspA  38.33 
 
 
67 aa  47  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000175758  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.07 
 
 
65 aa  47  0.0002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000141015  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5045  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.1 
 
 
136 aa  46.6  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0792  cold shock protein  35.38 
 
 
69 aa  45.8  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000000912185  n/a   
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C47  cold-shock DNA-binding protein family protein  34.43 
 
 
66 aa  45.8  0.0003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.94 
 
 
66 aa  46.2  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000494956  unclonable  0.00000584596 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1655  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.89 
 
 
69 aa  46.2  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.260165  normal  0.588405 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3598  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.51 
 
 
66 aa  46.2  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.851035  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.33 
 
 
66 aa  46.2  0.0003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34040  cold-shock DNA-binding protein family  38.03 
 
 
128 aa  45.8  0.0004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.51 
 
 
67 aa  45.8  0.0004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000424325  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2852  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  21.9 
 
 
111 aa  45.4  0.0004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0882  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  25.26 
 
 
113 aa  45.4  0.0005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.250852  normal  0.0625663 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.5 
 
 
70 aa  45.4  0.0005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  40.91 
 
 
70 aa  45.4  0.0005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1572  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.94 
 
 
69 aa  45.4  0.0005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.259211  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1740  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.5 
 
 
70 aa  45.4  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183326  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.33 
 
 
69 aa  45.4  0.0005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5000  cold shock protein  37.5 
 
 
70 aa  45.4  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1970  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.94 
 
 
69 aa  45.4  0.0005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00428125  normal  0.0463669 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.38 
 
 
69 aa  45.4  0.0005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.754516  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1236  Cold-shock protein DNA-binding protein  35.9 
 
 
155 aa  45.1  0.0006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.111681  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.33 
 
 
66 aa  45.1  0.0006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4858  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.1 
 
 
136 aa  45.1  0.0006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.705438  normal  0.0994336 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4562  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.1 
 
 
136 aa  45.1  0.0006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0340056 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05400  putative cold-shock DNA-binding domain protein  40 
 
 
67 aa  45.1  0.0007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  4.33246e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0226  cold-shock DNA-binding protein family protein  36.07 
 
 
65 aa  44.7  0.0007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000017804  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  35.94 
 
 
69 aa  45.1  0.0007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>