37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1599 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1599  sigma 54 modulation protein, putative  100 
 
 		 105 aa  214  4e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000251677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2991  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41 
 
 		 186 aa  77.4  0.00000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1447  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  39.6 
 
 		 189 aa  76.6  0.0000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.12501  normal  0.434118 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0142  cold shock protein  35.64 
 
 		 183 aa  73.2  0.000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2184  ribosomal subunit interface protein domain/'cold-shock' DNA-binding domain-containing protein  34.65 
 
 		 178 aa  71.2  0.000000000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0149492  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2438  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  34.58 
 
 		 182 aa  69.7  0.00000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0247  Cold-shock protein DNA-binding  33.33 
 
 		 192 aa  67.4  0.00000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0905  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  34.95 
 
 		 195 aa  66.6  0.00000000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.489949  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1214  hypothetical protein  35.64 
 
 		 190 aa  63.2  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.64 
 
 		 189 aa  62.8  0.000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.282479  normal  0.669398 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1208  hypothetical protein  34.65 
 
 		 190 aa  60.1  0.000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4090  cold-shock DNA-binding protein family protein  29.7 
 
 		 188 aa  57.8  0.00000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.25862 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1031  ribosomal subunit interface protein, putative  30.69 
 
 		 119 aa  57  0.00000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.248083  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2124  sigma 54 modulation protein, putative  34.62 
 
 		 212 aa  57  0.00000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0821  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  27.45 
 
 		 181 aa  56.6  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49880  Cold-shock domain-containing protein  27.1 
 
 		 189 aa  54.7  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.335771  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2358  ribosomal subunit interface protein  32.69 
 
 		 109 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3352  putative ribosomal subunit interface protein YfiA  32.69 
 
 		 109 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0772066  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1952  ribosomal subunit interface protein  32.69 
 
 		 109 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1460  ribosomal subunit interface protein YfiA, putative  32.69 
 
 		 109 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.105702  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2475  RedA  32.69 
 
 		 160 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4049  cold-shock protein, DNA-binding  29.41 
 
 		 176 aa  54.3  0.0000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000700497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2317  ribosomal subunit interface protein  31.73 
 
 		 160 aa  52.8  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.127274  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4848  cold-shock DNA-binding domain protein  25.93 
 
 		 207 aa  49.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00619999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2274  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  24.24 
 
 		 109 aa  49.3  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0458  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  27.1 
 
 		 197 aa  48.9  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3849  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  28.43 
 
 		 196 aa  47.8  0.00005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1000  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  35.53 
 
 		 119 aa  45.4  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0073  ribosomal subunit interface protein, putative  28.07 
 
 		 126 aa  45.8  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0523  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  30.49 
 
 		 119 aa  43.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.895384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2178  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  30.49 
 
 		 119 aa  42.4  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2803  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  30.49 
 
 		 119 aa  42.4  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.633747 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2710  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  30.49 
 
 		 119 aa  42.4  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0445901 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2852  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  30.49 
 
 		 119 aa  42.4  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6122  sigma 54 modulation protein / SSU ribosomal protein S30P  30.49 
 
 		 119 aa  42.4  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.604598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2792  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  30.49 
 
 		 119 aa  42.4  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.345187  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4123  sigma 54 modulation protein / SSU ribosomal protein S30P  28.05 
 
 		 119 aa  41.2  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>